scholarly journals Comparative Genomics of the Pennate Diatom Phaeodactylum tricornutum

2005 ◽  
Vol 137 (2) ◽  
pp. 500-513 ◽  
Author(s):  
Anton Montsant ◽  
Kamel Jabbari ◽  
Uma Maheswari ◽  
Chris Bowler
Keyword(s):  
Comparative Genomics ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Pennate Diatom

scholarly journals Investigating mixotrophic metabolism in the model diatom Phaeodactylum tricornutum

2017 ◽  
Vol 372 (1728) ◽  
pp. 20160404 ◽  
Author(s):  
Valeria Villanova ◽  
Antonio Emidio Fortunato ◽  
Dipali Singh ◽  
Davide Dal Bo ◽  
Melissa Conte ◽  
...  
Keyword(s):  
Lipid Metabolism ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Photosynthetic Activity ◽  
Biomass Accumulation ◽  
Point Of View ◽  
Physiological Data ◽  
Pennate Diatom ◽  
Metabolic Modelling ◽  
Central Carbon ◽  
Triacylglycerol Accumulation

Diatoms are prominent marine microalgae, interesting not only from an ecological point of view, but also for their possible use in biotechnology applications. They can be cultivated in phototrophic conditions, using sunlight as the sole energy source. Some diatoms, however, can also grow in a mixotrophic mode, wherein both light and external reduced carbon contribute to biomass accumulation. In this study, we investigated the consequences of mixotrophy on the growth and metabolism of the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum , using glycerol as the source of reduced carbon. Transcriptomics, metabolomics, metabolic modelling and physiological data combine to indicate that glycerol affects the central-carbon, carbon-storage and lipid metabolism of the diatom. In particular, provision of glycerol mimics typical responses of nitrogen limitation on lipid metabolism at the level of triacylglycerol accumulation and fatty acid composition. The presence of glycerol, despite provoking features reminiscent of nutrient limitation, neither diminishes photosynthetic activity nor cell growth, revealing essential aspects of the metabolic flexibility of these microalgae and suggesting possible biotechnological applications of mixotrophy. This article is part of the themed issue ‘The peculiar carbon metabolism in diatoms'.

The mechanism of regulation of photosystem I cross-section in the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum

2020 ◽  
Author(s):  
Vasco Giovagnetti ◽  
Alexander V Ruban
Keyword(s):  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Wavelength Region ◽  
Culture Conditions ◽  
Protein Synthesis Inhibitor ◽  
Synthesis Inhibitor ◽  
Pennate Diatom ◽  
Intermittent Light ◽  
Long Wavelength ◽  
Wavelength Emission ◽  
Photosynthetic Complexes

Abstract Photosystems possess distinct fluorescence emissions at low (77K) temperature. PSI emits in the long-wavelength region at ~710–740 nm. In diatoms, a successful clade of marine primary producers, the contribution of PSI-associated emission (710–717 nm) has been shown to be relatively small. However, in the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum, the source of the long-wavelength emission at ~710 nm (F710) remains controversial. Here, we addressed the origin and modulation of F710 fluorescence in this alga grown under continuous and intermittent light. The latter condition led to a strong enhancement in F710. Biochemical and spectral properties of the photosynthetic complexes isolated from thylakoid membranes were investigated for both culture conditions. F710 emission appeared to be associated with PSI regardless of light acclimation. To further assess whether PSII could also contribute to this emission, we decreased the concentration of PSII reaction centres and core antenna by growing cells with lincomycin, a chloroplast protein synthesis inhibitor. The treatment did not diminish F710 fluorescence. Our data suggest that F710 emission originates from PSI under the conditions tested and is enhanced in intermittent light-grown cells due to increased energy flow from the FCP antenna to PSI.

scholarly journals Ultrastructure and Membrane Traffic During Cell Division in the Marine Pennate Diatom Phaeodactylum tricornutum

Protist ◽  
2015 ◽  
Vol 166 (5) ◽  
pp. 506-521 ◽  
Author(s):  
Atsuko Tanaka ◽  
Alessandra De Martino ◽  
Alberto Amato ◽  
Anton Montsant ◽  
Benjamin Mathieu ◽  
...  
Keyword(s):  
Cell Division ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Membrane Traffic ◽  
Pennate Diatom

scholarly journals Identification and functional characterization of RNA silencing key-genes in the model pennate diatom species Phaeodactylum tricornutum

2019 ◽  
Author(s):  
Αιμιλία Γρυπιώτη
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Small Rnas ◽  
Rna Silencing ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Functional Characterization ◽  
Diatom Species ◽  
Rna Dependent Rna Polymerase ◽  
Pennate Diatom ◽  
Key Genes

Ο μηχανισμός της RNA Σίγησης, γνωστός και ως μονοπάτι RNA παρεμβολής (RNA interference, RNAi), αποτελεί ένα συντηρημένο μηχανισμό ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης με τη διαμεσολάβηση μικρών RNA μορίων (sRNA), (Fire et al., 1998). Στα διάτομα, και στο διάτομο οργανισμό μοντέλο Phaeodactylum tricornutum, έχει παρατηρηθεί η σίγηση εξωγενών και ενδογενών γονιδίων μετά την εισαγωγή ανάστροφων επαναλήψεων, συμπληρωματικών μεταγράφων και τεχνητών miRNAs (De Riso et al., 2009; Kaur and Spillane, 2015). Στο P. tricornutum έχει προταθεί η παρουσία ενός ενδογενούς RNAi μονοπατιού μετά από μελέτες των sRNAs, της γονιδιακής έκφρασης και της μεθυλίωσης DNA του (Veluchamy et al., 2013; Rogato et al., 2014). Αυτό το RNAi μονοπάτι μπορεί να παίζει σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση της έκφρασης γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες και μεταθετά στοιχεία (Transposable Elements,TEs) και πιθανώς να επηρεάζει την απόκριση προσαρμογής σε συνθήκες περιορισμένων θρεπτικών (Maumus et al., 2009). Ομόλογα των βασικών RNAi γονιδίων DICER (DCR), ARGONAUTE (AGO) και RNA-Dependent RNA polymerase (RDR) έχουν αναγνωριστεί με ανάλυση in silico (De Riso et al., 2009). Ωστόσο, η εξακρίβωση του γονιδιακού μοντέλου τους, ο χαρακτηρισμός της λειτουργίας τους και ο ρόλος τους σε επίπεδο φυσιολογίας παραμένουν άγνωστα. Στην παρούσα διατριβή, επιβεβαιώνεται η ύπαρξη ενός μοναδικού γονιδίου PtDCR, PtAGO και PtRDR στο P. tricornutum μετά από εκτεταμένη ανάλυση in silico των διαθέσιμων γονιδιωματικών και μεταγραφικών δεδομένων του. Η ανεύρεση και φυλογενετική ανάλυση των DCR, AGO και RDR ομόλογων γονιδίων στα διάτομα από όλες τις διαθέσιμες βάσεις δεδομένων παρουσιάζουν μια μη αναμενόμενη διαφοροποίηση του RNAi μονοπατιού σε αυτούς τους οργανισμούς. Το cDNA των PtDCR/AGO/RDR κλωνοποιήθηκε και αναγνωρίστηκαν μετάγραφα εναλλακτικού ματίσματος των PtDCR και PtAGO. Ο υποκυτταρικός εντοπισμός των PtDCR-/AGO-/RDR-YFP διερευνήθηκε με συνεστιακή μικροσκοπία. Για τον χαρακτηρισμό της λειτουργίας των PtDCR και PtAGO γονιδίων δοκιμάστηκε αρχικά η έκφρασή τους στα ετερόλογα συστήματα της ζύμης Saccharomyces cerevisiae και του φυτού Nicotiana bethamiana. Στη συνέχεια, με την εφαρμογή της CRISPR/Cas9-καθοδηγούμενης μεταλλαξιγένεσης, πρόσφατα προσαρμοσμένη στο P. tricornutum, δημιουργήθηκαν επιτυχώς οι μεταλλαγμένες σειρές με εκτοπισμό PtDCR-KO και PtAGO-KO (KnockOut). Η μελέτη του φαινοτύπου στην ανάπτυξη των PtDCR-KO σειρών έγινε σε καλλιέργειες υπό φυσιολογικές συνθήκες, υπό συνθήκες περιορισμένων νιτρικών και μετά από UV-επαγόμενο στρες. Παράλληλα, διεξήχθη αλληλούχιση νέας γενιάς (NGS) και ανάλυση των ολικών μεταγράφων mRNA και small RNAs. Τα πειράματα των καλλιεργειών υποδεικνύουν ότι η PtDCR ίσως παίζει ρόλο στην απόκριση υπό την έλλειψη νιτρικών. Η μεταγραφική ανάλυση αποκάλυψε ότι και τα sRNA και τα mRNA μετάγραφα επηρεάστηκαν στη DCR-KO σειρά. Συνολικά, η κατανομή του μεγέθους των sRNA μετατοπίστηκε προς μεγαλύτερου μεγέθους μόρια στην PtDCR-KO σειρά. Επίσης, ο αριθμός των sRNA που εντοπίζονται σε TEs ήταν δραματικά μειωμένος στη PtDCR-KO σειρά και παρατηρήθηκε μία συνακόλουθη αύξηση του αριθμού των mRNA κάποιων TEs. Ενδιαφέρον παρουσιάζει ότι στα PtDCR-KO sRNA μετάγραφα παρατηρούνται επίσης αλλαγές στους tRNA-παραγόμενους sRNA πληθυσμούς υποδεικνύοντας ένα πιθανό ρόλο της DCR στην επεξεργασία αυτών των μορίων στα διάτομα. Έχει προταθεί ότι η κινητοποίηση των TE παίζει σημαντικό ρόλο στη εξελικτική διαφοροποίηση των διατόμων και στην ικανότητά τους για γρήγορη απόκριση και προσαρμογή σε ποικίλα περιβάλλοντα. Συμπερασματικά, τα αποτελέσματα αυτής της διατριβής δείχνουν ότι το μοναδικό γονίδιο DCR στο P. tricornutum παίζει σημαντικό ρόλο στην παραγωγή των TE-παραγόμενων sRNAs και πιθανά στην κινητοποίηση των TEs, επηρεάζοντας σημαντικά την απόκριση προσαρμογής των διατόμων και την εξέλιξή τους.

Effects of excess light energy on excitation-energy dynamics in a pennate diatom Phaeodactylum tricornutum

2019 ◽  
Vol 141 (3) ◽  
pp. 355-365 ◽  
Author(s):  
Ryo Nagao ◽  
Yoshifumi Ueno ◽  
Makio Yokono ◽  
Jian-Ren Shen ◽  
Seiji Akimoto
Keyword(s):  
Excitation Energy ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Light Energy ◽  
Pennate Diatom ◽  
Energy Dynamics ◽  
Excess Light

scholarly journals Dynamics of the Bacterial Community Associated with Phaeodactylum tricornutum Cultures

2017 ◽  
Author(s):  
Fiona Wanjiku Moejes ◽  
Ovidiu Popa ◽  
Antonella Succurro ◽  
Julie Maguire ◽  
Oliver Ebenhöh
Keyword(s):  
Bacterial Community ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Model Organism ◽  
Culture Collection ◽  
Pennate Diatom ◽  
Natural Systems ◽  
Current State ◽  
Commercial Scale ◽  
Starting Point ◽  
Minimal Media

The pennate diatom Phaeodactylum tricornutum is a model organism able to synthesize industrially-relevant molecules. Commercial-scale cultivation currently requires large monocultures, prone to bio-contamination. However, little is known about the identity of the invading organisms. To reduce the complexity of natural systems, we systematically investigated the microbiome of non-axenic P. tricornutum cultures from a culture collection in reproducible experiments. The results revealed a dynamic bacterial community that developed differently in “complete” and “minimal” media conditions. In complete media, we observed an accelerated “culture crash”, indicating a more stable culture in minimal media. The identification of only four bacterial families as major players within the microbiome suggests specific roles depending on environmental conditions. From our results we propose a network of putative interactions between P. tricornutum and these main bacterial factions. We demonstrate that, even with rather sparse data, a mathematical model can be reconstructed that qualitatively reproduces the observed population dynamics, thus indicating that our hypotheses regarding the molecular interactions are in agreement with experimental data. Whereas the model in its current state is only qualitative, we argue that it serves as a starting point to develop quantitative and predictive mathematical models, which may guide experimental efforts to synthetically construct and monitor stable communities required for robust upscaling strategies.

scholarly journals Whole-cell response of the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum to iron starvation

2008 ◽  
Vol 105 (30) ◽  
pp. 10438-10443 ◽  
Author(s):  
A. E. Allen ◽  
J. LaRoche ◽  
U. Maheswari ◽  
M. Lommer ◽  
N. Schauer ◽  
...  
Keyword(s):  
Cell Response ◽  
Phaeodactylum Tricornutum ◽  
Iron Starvation ◽  
Pennate Diatom ◽  
Whole Cell
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document