telomeric repeat amplification protocol
Recently Published Documents


TOTAL DOCUMENTS

37
(FIVE YEARS 1)

H-INDEX

12
(FIVE YEARS 0)

2021 ◽  
Vol 10 (5) ◽  
pp. 1055
Author(s):  
Alexander Glukhov ◽  
Natalya Potoldykova ◽  
Mark Taratkin ◽  
Sergey Gordeev ◽  
Konstantin Polyakovsky ◽  
...  

Purpose: To assess the diagnostic performance of urine telomerase activity (TA) in detecting bladder cancer (BCa) using the modified Telomeric Repeat Amplification Protocol (TRAP) and the Real Time Telomeric Repeat Amplification Protocol with double Polymerase Chain Reaction (RT-TRAP-2PCR). Methods: In this case-control study, matching urine (in the pre- and post-surgical period) and tissue samples from 68 patients with BCa were assessed for TA. As a control, 45 urine samples were examined from non-BCa patients. TA levels were measured using TRAP and RT-TRAP-2 PCR methods. Results: Preoperative urinary TA was elevated in 64 (94.1%) of the 68 BCa patients. Urine TA was undetectable in 44 control patients, while TA was detected in one patient with histologically verified cystitis. Sensitivity for BCa detection of 94.1% and specificity of 97.8% were observed for urinary TA, while tissue TA had 100% sensitivity and 97.8% specificity. Both urine and tissue TA levels were not significantly higher in patients with muscle-invasive disease compared to those with non-muscle invasive BCa (p > 0.05). Urine and tissue TA levels were not associated with higher tumor grade, stage, and number of tumors (p > 0.05). However, the association was found between higher urinary and tissue TA levels with tumor size ≥ 3 cm (p = 0.02 and p = 0.01, respectively). During the first postoperative year, 17 BCa patients experienced disease recurrence, and urinary TA was present in 14 (82.4%) of these patients. The sensitivity and specificity of urinary TA levels for BCa recurrence in patients with non-muscle invasive bladder cancer (NMIBC) during follow-up were 82% and 94.4%, respectively. Conclusions: This pilot study demonstrates a high diagnostic performance of urinary and tissue TA levels measured by a new RT-TRAP-2PCR method for detecting and monitoring BCa. Additionally, the association was found between higher urinary and tissue TA levels with tumor size ≥ 3 cm; however, higher TA levels failed for significant correlation with advanced tumor stage and grade. Our study could serve as a benchmark for the evaluation of novel biomarkers using the RT-TRAP-2PCR method.


2020 ◽  
Vol 17 (1) ◽  
pp. 57-67
Author(s):  
Ishan I. Panchal ◽  
Roshani Rajput ◽  
Ashish D. Patel

Objective: The series of 2-(4-Phenylamino)-N-(5-((4-nitrophenoxy)methyl) -1,3,4-oxadiazol- 2-yl)aceta-mide (5a-5e) and substituted N-(5-(Phenoxymethyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)-2- (phenylamino)acetamide (5f-5i) was designed, synthesized and investigated for Collapsin Response Mediator Protein 1 (CRMP 1) inhibitors as small lung cancer. Design: Design of compounds was determined by literature review and molecular docking studies in iGEMDOCK 2.0. Materials and Methods: Novel 1, 3, 4 Oxadiazole derivatives were synthesized and characterized by melting point, TLC, IR Spectroscopy, Mass spectroscopy and 1H NMR. In vitro biological evaluation was performed on NCI-H2066 cell line for different concentrations 10-1000μM by telomeric repeat amplification protocol assay. The assay of telomerase in cellular extracts was modified from the PCR-based Telomeric-Repeat Amplification Protocol (TRAP), using the oligonucleotides TS and CX. Results: Novel substituted 2-(4-Phenylamino)-N-(5-((4-nitrophenoxy)methyl)-1,3,4-oxadiazol-2- yl) acetamide (5a-5e) and substituted N-(5-(Phenoxymethyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)-2-(phenylamino) acetamide (5f-5i) were synthesized, and characterized using spectral and analytical data. All compounds have shown considerable % inhibition of Cell Growth with respect to Bevacizumab, but compound 5a and 5f were equipotent with respect to activity as compared to standard Bevacizumab. Conclusion: Amongst the hybrids, p-nitro substituted derivative (5a) and p-chloro substituted (5f) showed the highest activity against human lung cancer cell line NCI-H2066 by TRAP assay.


Author(s):  
Aleksandra R. Vukašinović ◽  
Jelena M. Kotur-Stevuljević ◽  
Vid Mlakar ◽  
Miron D. Sopić ◽  
Zorica P. Cvetković ◽  
...  

2014 ◽  
Author(s):  
Γεώργιος Βολιώτης

Το μήκος των τελομερών στα άκρα των ευκαρυωτικών χρωμοσωμάτων, μειώνεται με κάθε κυτταρικό διαχωρισμό, με αποτέλεσμα την γήρανση των κυττάρων. Η τελομεράση συνθέτει τελομερικό DNA, αντικαθιστώντας το απολεσθέν τελομερικό υλικό. Το οξειδωτικό stress και η χρόνια φλεγμονή, έχει αποδειχθεί ότι επισπεύδουν τη μείωση του μήκους των τελομερών. Η χρόνια νεφρική ανεπάρκεια τελικού σταδίου και η διαδικασία της αιμοκάθαρσης, χαρακτηρίζονται από αυξημένο οξειδωτικό stress και χρόνια φλεγμονή. Σκοπός της μελέτης ήταν να ερευνηθεί το μήκος των τελομερών και η δραστικότητα της τελομεράσης, σε ασθενείς με χρόνια νεφρική ανεπάρκεια υπό αιμοκάθαρση. Στην μελέτη έλαβαν μέρος 43 κλινικά σταθεροί ασθενείς, με χρόνια νεφρική ανεπάρκεια τελικού σταδίου υπό αιμοκάθαρση. Το μήκος των τελομερών των μονοπύρηνων κυττάρων του περιφερικού αίματος, μελετήθηκε με τη μέθοδο TeloTAGGG Telomere Length Assay® και η ανίχνευση της δραστικότητας της τελομεράσης έγινε με τη μέθοδο TRAP (Telomeric Repeat Amplification Protocol). Η σύγκριση έγινε με ομάδα υγιών μαρτύρων (υγιείς επισκέπτες της κλινικής και προσωπικό).Το μήκος των τελομερών των ασθενών, ήταν αντιστρόφως ανάλογο με τη διάρκεια της υποκατάστασης της νεφρικής λειτουργίας με αιμοκάθαρση. Στους ασθενείς που ανιχνεύθηκε δραστικότητα τελομεράσης, αυτή ήταν ανάλογη με το μήκος των τελομερών τους. Το μήκος των τελομερών και η δραστικότητα της τελομεράσης, δεν διέφεραν σημαντικά ανάμεσα στους ασθενείς και τους υγιείς μάρτυρες, μετά από προσαρμογή για την ηλικία. Τέλος το μήκος των τελομερών και η δραστικότητα της τελομεράσης δεν φάνηκε να επηρεάζουν την επιβίωση των ασθενών. Τα αποτελέσματα της μελέτης, δείχνουν ότι το μήκος των τελομερών και η δραστικότητα της τελομεράσης, δεν διαφέρουν ανάμεσα στους ασθενείς υπό αιμοκάθαρση και τους υγιείς. Ακόμα η μακρά διάρκεια της υποκατάστασης της νεφρικής λειτουργίας με αιμοκάθαρση, σχετίζεται με μειωμένο μήκος τελομερών, ανεξάρτητα από την ηλικία των ασθενών. Ο ακριβής παθογενετικός μηχανισμός και η κλινική σημασία αυτών των ευρημάτων, χρήζουν διερεύνησης με περαιτέρω μελέτες.


2013 ◽  
Vol 66 (5) ◽  
pp. 530 ◽  
Author(s):  
Tsz-Ying Yuen ◽  
Yu-Pong Ng ◽  
Fanny C. F. Ip ◽  
Jack L.-Y. Chen ◽  
Darcy J. Atkinson ◽  
...  

Twenty nine novel spiroketal derivatives related to the rubromycins were evaluated for their anti-telomerase activity using the real-time quantitative telomeric repeat amplification protocol assay. The parent compound γ-rubromycin exhibited the highest potency against human telomerase activity within the series. Modification of the spiroketal motif by the introduction of heteroatoms and substituents at different positions produced analogues with varying bioactivity. Variation at the isocoumarin subunit of the title compound resulted in weaker activity, indicative of its importance in telomerase inhibition.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document