DNA extraction and amplification of the rbcL (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) gene of red seaweed Gracilaria sp. from Bahoi Waters, North Minahasa Regency

Title (Bahasa Indonesia): Ekstraksi DNA dan Amplifikasi gen rbcL(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) Alga Merah Gracilaria sp. dari Perairan Desa Bahoi, Kabupaten Minahasa Utara The quality of DNA extraction and gene amplification in algae are influenced by several factors includingthe characters and components of the algal cell wall. Therefore, extraction procedure that successfully works in one species of algae mayfail for another type of algae. The present study was aimed to examine several DNA extraction techniquesand rbcL (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit)gene amplifications of Gracilaria sp. collected inBahoi, North Minahasa (126043’48’’N 12501’33”E). DNA genom of Gracilariasp. was extracted using conventional method (CTAB, Cetyltrimethyl ammonium Bromide), and commercial extraction kits (innuPrep Plant DNA Kit and Geneaid Genomic Plant Mini Kit). Amplification of rbcLgene employed 2 primers (rbcL-aF; ATGTCACCACAAACAGAGACTA AAGC, rbcL-aR; GTAAAATC-AAGT CCACCRCG, and rbcL-1F ATGTCACCACAAACAGAAAC, rbcL-724R TCGCATGTA-CC TGCAGTAGC under 2 different annealing temperatures (45 and 500C). Genomic DNA of Gracilariasp. was successfully extracted using Geneaid DNA Mini Kit (Plant) indicated by a DNA band on the agarose gel. RbcLgene of Gracilaria sp. could be amplified using primer 1F-724R and annealing temperature at 500C indicated bya sharp DNA band at 300-400 bp (1kb marker, Solis Biodyne) as a partial amplification of the target gene.Kualitas hasil ekstraksi DNA dan amplifikasi gen pada alga dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya adalah karakter dan komponen penyususun dinding sel alga itu sendiri. Oleh karena itu, prosedur ekstraksi yang berhasil dilakukan pada pada satu jenis alga dapat saja gagal dilakukan untuk jenis alga lainnya. Penelitian ini dilakukan untuk mengkaji beberapa teknik ekstraksi DNA dan kondisi amplifikasi gen rbcL(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) pada alga jenis Gracilariasp. dari perairan Bahoi, Minahasa Utara (126043’48’’N 12501’33”E). Ekstraksi DNA Gracilaria sp. dilakukan menggunakan metode konvensional (CTAB, Cetyltrimethyl ammonium Bromide), dan menggunakan kit ekstraksi komersil (innuPrep Plant DNA Kitdan Geneaid Genomic Plant Mini Kit). Amplifikasi gen rbcLdilakukkan menggunakan 2 pasang primer (rbcL-aF; ATGTCACCACAAACAGAGACTA AAGC, rbcL-aR; GTAAAATCAAGTCCACCRCG, dan rbcL-1F ATGTCACCACA AACAGAAAC, rbcL-724R TCGCATGTACCTGCAGTAGC dan 2 kondisi suhu annealingberbeda(45 dan 500C). DNA genom alga (Gracilariasp.) dapat diekstraksi menggunakan prosedur Geneaid DNA Mini Kit (Plant) yang ditandai adanya pita DNA pada gel agarose. Gen rbcLof Gracilaria sp. dapat diamplifikasi menggunakan pasangan primer rbcL1F dan 724R pada suhu annealing 500C yang ditandai dengan adanya pita DNA tebal pada posisi sekitar 300-400 bp (1kb marker, Solis Biodyne). Munculnya pita DNA target pada posisi tersebut mengindikasikan keberhasilan amplifikasi gen target secara parsial.

DNA Barcoding Tanaman Daluga (Cyrtosperma spp) dari Kepulauan Sangihe Berdasarkan Gen matK (DNA Barcoding Daluga Plant (Cyrtosperma spp) of Sangihe Island Based on matK Gene)

Abstrak Tanaman daluga (Cyrtosperma spp.) termasuk dalam famili Araceae (talas-talasan), umbinya berpotensi sebagai tanaman pangan alternatif karena mempunyai nilai gizi yang tinggi. Tanaman ini banyak terdapat di Kepulauan Sangihe. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui DNA barcoding daluga hijau, kuning dan belang-belang dengan menggunakan gen matK (maturase K). Ekstraksi DNA menggunakan Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid), amplifikasi DNA menggunakan Kit PCR 5x FirePol Master Mix (Solis Biodyne) dan sepasang primer universal yaitu matK-3F-r (5’CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG 3’) dan matK-1R-f (5’ACC CAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC3’). Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman daluga hijau, daluga kuning, dan daluga belang-belang dari Kepulauan Sangihe memiliki sekuens DNA yang identik (kemiripan 100%). Daluga yang diteliti memiliki kemiripan sekuens dengan sampel di NCBI yaitu dengan Cyrtosperma macrotum (99,88%), Podolasia stipitata (99,50%), Dracontium polyphyllum (99,38 %), Pycnospatha arietina (99,38%) dan Dracontioides desciscen (99%). Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa DNA barcoding tanaman daluga dari kepulauan Sangihe berdasarkan gen matK belum dapat membedakan variasi intraspesies. Kata kunci: daluga, dalugha, Cyrtosperma spp. Abstract Daluga (Cyrtosperma spp.) plant belongs to the family Araceae, the corm is potential as an alternative food because it has a high nutritional value. The plant is widely available in Sangihe Island. This study aimed to determine the DNA barcoding of green daluga, yellow daluga and mottled daluga using matK gene (maturase K). The DNA extraction used Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid) and DNA amplification used the Kit PCR 5x FirePol Master Mix (Solis Biodyne) and universal primers matK-3F-R (5' CGTACAGTACTT TTGTGTTTACGAG 3') and matK-1R-f (5'ACCCAGAAATGGATCTCTTCCTGG TTC3'). The result showed that the green daluga, yellow daluga and mottled daluga from Sangihe Islands were identical (100% similarity). Daluga from Sangihe had similarities with the sample sequences in NCBI, namely Cyrtosperma macrotum (99.88%), Podolasia stipitata (99.50%), Dracontium polyphyllum (99,38%) Pycnospatha arietina (99.38%) and Dracontioides desciscen (99%). From these results it could be concluded that DNA barcoding of daluga plant from Sangihe based on the matK gene could not distinguish variations intraspesies. Keywords: daluga, dalugha, Cyrtosperma spp.