SURVEY SINGKAT MAMALIA DI HUTAN DIPTEROKARPA DATARAN RENDAH, HUTAN LINDUNG BATU BEROK, LONG PAHANGAI, KALIMANTAN TIMUR

ABSTRACTThe aimed of this research is to know of mammals composition in dipterocarpa lowland forest, Batu Berok Protection Forest (BBPF), Long Pahangai, East Kalimantan. Combination method was done in this research, there is camera trapping survey, captured, direct and un-direct inventory by line transects and interview with local people. I have used 10 set of camera trapping, 50 cage traps, and 3.5 km line transect.Total 32 species of mammals were detected in this area, comprising 8 ordo (Scandentia, Dermoptera, Chiroptera, Primates, Pholidota, Rodentia, Carnivora and Artiodactyla) and 19 family (Tupaiidae, Cynocephalidae, Pteropedidae, Tarsiidae, Cercopithecidae, Hylobatidae, Manidae, Sciuridae-Sciurinae, Sciuridae-Petauristinae, Muridae, Hystricidae, Ursidae, Mustilidae, Viverridae, Felidae, Suidae, Tragulidae, Cervidae, and Bovidae) including Sun bear Helarctos malayanus, Sambar deer Rusa unicolor, Banded Palm Civet Hemigalus derbyanus, Clouded Leopard Neofelis diardi, and Tarsius Tarsius bancanus. The composition of mammals illustrates a pyramid pattern in the food chain which mean is very feasible for the habitat of mammals. Genus and Family Index illustrate the diversity of mammal in the study area 54% of mammals’ species in East Kalimantan and 56% of mammals’ species in Borneo. By IUCN redlist, 4 species included as endangered species and 8 species as vulnerable, 16 species included in appendix of CITES and 10 species included in the Indonesian government regulation (PP. 7/1999) as protected species.The diversity of mammal in BBPF by quick survey was relatively hight, but as a protected forest this area was not good managed whereas located in the central of heart of Borneo. Intervention by government program is deeply needed.Key word: camera trapping, cage trap, food chain, IUCN ABSTRAKTujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui komposisi mamalia di hutan dipterokarpa dataran rendah, Hutan Lindung Batu Berok (HLBB), Long Pahangai, Kalimantan Timur. Kombinasi metoda telah dilakukan pada penelitian ini, yaitu kamera otomatis, penangkapan, pengamatan langsung dan tidak langsung dengan transek, serta wawancara dengan masyarakat lokal. Digunakan 10 kamera otomatis, 50 perangkap mamalia kecil dan 3.5 km transek.Total 32 species mamalia telah terdeteksi di kawasan ini termasuk ke dalam 8 ordo (Scandentia, Dermoptera, Chiroptera, Primates, Pholidota, Rodentia, Carnivora and Artiodactyla) dan 19 famili (Tupaiidae, Cynocephalidae, Pteropedidae, Tarsiidae, Cercopithecidae, Hylobatidae, Manidae, Sciuridae-Sciurinae, Sciuridae-Petauristinae, Muridae, Hystricidae, Ursidae, Mustilidae, Viverridae, Felidae, Suidae, Tragulidae, Cervidae, and Bovidae), termasuk Beruang Madu (Helarctos malayanus), Rusa (Rusa unicolor), Musang Belang (Hemigalus derbyanus), Macan Dahan (Neofelis diardi), and Krabuku Ingkat (Tarsius bancanus) mamalia yang ditemukan menggambarkan pola piramida dalam rantai makanan, yang berarti bahwa kawasan ini sangat layak untuk habitat mamalia. Indeks genus dan family menggambarkan keragaman mamalia di area studi sebesar 54% dari mamalia yang ada di Kalimantan Timur dan 56% dari mamalia di Kalimantan. Berdasarkan daftar jenis species langka dan hampir punah IUCN, 4 species termasuk species terancam punah, 8 jenis termasuk species rentan, 16 species termasuk dalam lampiran CITES dan 10 species termasuk species yang dilindungi berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 7 Tahun 1999.Berdasarkan survey singkat ini keragaman mamalia di HLBB relatif tinggi, tetapi sebagai hutan lindung kawasan ini tidak dikelola dengan baik padahal kawasan ini berada di pusat jantung Kalimantan. Program pemerintah untuk mengelola kawasan ini sangat diperlukan.Kata kunci: kamera otomatis, perangkap mamalia kecil, rantai makanan, IUCN

SURVEY SINGKAT MAMALIA DI HUTAN DIPTEROKARPA DATARAN RENDAH, HUTAN LINDUNG BATU BEROK, LONG PAHANGAI, KALIMANTAN TIMUR

ABSTRACTThe aimed of this research is to know of mammals composition in dipterocarpa lowland forest, Batu Berok Protection Forest (BBPF), Long Pahangai, East Kalimantan. Combination method was done in this research, there is camera trapping survey, captured, direct and un-direct inventory by line transects and interview with local people. I have used 10 set of camera trapping, 50 cage traps, and 3.5 km line transect.Total 32 species of mammals were detected in this area, comprising 8 ordo (Scandentia, Dermoptera, Chiroptera, Primates, Pholidota, Rodentia, Carnivora and Artiodactyla) and 19 family (Tupaiidae, Cynocephalidae, Pteropedidae, Tarsiidae, Cercopithecidae, Hylobatidae, Manidae, Sciuridae-Sciurinae, Sciuridae-Petauristinae, Muridae, Hystricidae, Ursidae, Mustilidae, Viverridae, Felidae, Suidae, Tragulidae, Cervidae, and Bovidae) including Sun bear Helarctos malayanus, Sambar deer Rusa unicolor, Banded Palm Civet Hemigalus derbyanus, Clouded Leopard Neofelis diardi, and Tarsius Tarsius bancanus. The composition of mammals illustrates a pyramid pattern in the food chain which mean is very feasible for the habitat of mammals. Genus and Family Index illustrate the diversity of mammal in the study area 54% of mammals’ species in East Kalimantan and 56% of mammals’ species in Borneo. By IUCN redlist, 4 species included as endangered species and 8 species as vulnerable, 16 species included in appendix of CITES and 10 species included in the Indonesian government regulation (PP. 7/1999) as protected species.The diversity of mammal in BBPF by quick survey was relatively hight, but as a protected forest this area was not good managed whereas located in the central of heart of Borneo. Intervention by government program is deeply needed.Key word: camera trapping, cage trap, food chain, IUCN ABSTRAKTujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui komposisi mamalia di hutan dipterokarpa dataran rendah, Hutan Lindung Batu Berok (HLBB), Long Pahangai, Kalimantan Timur. Kombinasi metoda telah dilakukan pada penelitian ini, yaitu kamera otomatis, penangkapan, pengamatan langsung dan tidak langsung dengan transek, serta wawancara dengan masyarakat lokal. Digunakan 10 kamera otomatis, 50 perangkap mamalia kecil dan 3.5 km transek.Total 32 species mamalia telah terdeteksi di kawasan ini termasuk ke dalam 8 ordo (Scandentia, Dermoptera, Chiroptera, Primates, Pholidota, Rodentia, Carnivora and Artiodactyla) dan 19 famili (Tupaiidae, Cynocephalidae, Pteropedidae, Tarsiidae, Cercopithecidae, Hylobatidae, Manidae, Sciuridae-Sciurinae, Sciuridae-Petauristinae, Muridae, Hystricidae, Ursidae, Mustilidae, Viverridae, Felidae, Suidae, Tragulidae, Cervidae, and Bovidae), termasuk Beruang Madu (Helarctos malayanus), Rusa (Rusa unicolor), Musang Belang (Hemigalus derbyanus), Macan Dahan (Neofelis diardi), and Krabuku Ingkat (Tarsius bancanus) mamalia yang ditemukan menggambarkan pola piramida dalam rantai makanan, yang berarti bahwa kawasan ini sangat layak untuk habitat mamalia. Indeks genus dan family menggambarkan keragaman mamalia di area studi sebesar 54% dari mamalia yang ada di Kalimantan Timur dan 56% dari mamalia di Kalimantan. Berdasarkan daftar jenis species langka dan hampir punah IUCN, 4 species termasuk species terancam punah, 8 jenis termasuk species rentan, 16 species termasuk dalam lampiran CITES dan 10 species termasuk species yang dilindungi berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 7 Tahun 1999.Berdasarkan survey singkat ini keragaman mamalia di HLBB relatif tinggi, tetapi sebagai hutan lindung kawasan ini tidak dikelola dengan baik padahal kawasan ini berada di pusat jantung Kalimantan. Program pemerintah untuk mengelola kawasan ini sangat diperlukan.Kata kunci: kamera otomatis, perangkap mamalia kecil, rantai makanan, IUCN

Functional preservation and variation in the cone opsin genes of nocturnal tarsiers

The short-wavelength sensitive (S-) opsin gene OPN1SW is pseudogenized in some nocturnal primates and retained in others, enabling dichromatic colour vision. Debate on the functional significance of this variation has focused on dark conditions, yet many nocturnal species initiate activity under dim (mesopic) light levels that can support colour vision. Tarsiers are nocturnal, twilight-active primates and exemplary visual predators; they also express different colour vision phenotypes, raising the possibility of discrete adaptations to mesopic conditions. To explore this premise, we conducted a field study in two stages. First, to estimate the level of functional constraint on colour vision, we sequenced OPN1SW in 12 wild-caught Philippine tarsiers ( Tarsius syrichta ). Second, to explore whether the dichromatic visual systems of Philippine and Bornean ( Tarsius bancanus ) tarsiers—which express alternate versions of the medium/long-wavelength sensitive (M/L-) opsin gene OPN1MW / OPN1LW —confer differential advantages specific to their respective habitats, we used twilight and moonlight conditions to model the visual contrasts of invertebrate prey. We detected a signature of purifying selection for OPN1SW , indicating that colour vision confers an adaptive advantage to tarsiers. However, this advantage extends to a relatively small proportion of prey–background contrasts, and mostly brown arthropod prey amid leaf litter. We also found that the colour vision of T. bancanus is advantageous for discriminating prey under twilight that is enriched in shorter (bluer) wavelengths, a plausible idiosyncrasy of understorey habitats in Borneo. This article is part of the themed issue ‘Vision in dim light’.

KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4)

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.

KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4)

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.

KAJIAN DEOXYRIBONUCLEIC ACID (DNA) BARCODE PADA SPESIES Tarsius bancanus, Tarsius spectrum, DAN Tarsius dianae DENGAN MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB-UNIT I (COX1)

Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keragaman genetik gen COX1 pada Tarsius spectrum (T. spectrum), Tarsius dianae (T. dianae), dan Tarsius bancanus (T. bancanus). Sampel yang digunakan adalah 4 sampel jaringan T. spectrum asal Sulawesi Utara, 1 sampel jaringan T. dianae asal Sulawesi Tengah, 2 sampel jaringan T. bancanus asal Lampung, dan 3 sampel jaringan T. bancanus asal Kalimantan. Selanjutnya dilakukan isolasi deoxyribonucleic acid (DNA), amplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), pengurutan, dan data dianalisis menggunakan program MEGA v. 5.0. Hasil amplifikasi diperoleh produk PCR sebesar 1633 pasang basa (pb), hasil pengurutan DNA ditemukan 240 situs nukleotida dan 16 situs asam amino yang berbeda. Jarak genetika menggunakan Kimura-2 parameter paling tinggi 16,1%, paling kecil 0%, dan rata-rata 8,3%. Pohon filogenetika menggunakan metode Neighbor joining berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino COX1 dapat membedakan antara T. bancanus, T. spectrum, dan T. dianae, namun tidak dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dan T. bancanus asal Lampung.