NEP

SLEPc is a parallel library for the solution of various types of large-scale eigenvalue problems. Over the past few years, we have been developing a module within SLEPc, called NEP, that is intended for solving nonlinear eigenvalue problems. These problems can be defined by means of a matrix-valued function that depends nonlinearly on a single scalar parameter. We do not consider the particular case of polynomial eigenvalue problems (which are implemented in a different module in SLEPc) and focus here on rational eigenvalue problems and other general nonlinear eigenproblems involving square roots or any other nonlinear function. The article discusses how the NEP module has been designed to fit the needs of applications and provides a description of the available solvers, including some implementation details such as parallelization. Several test problems coming from real applications are used to evaluate the performance and reliability of the solvers.

PROPUESTA DE UN ALGORITMO PARALELO PARA EL PROCESO DE ALINEAMIENTO DE PARES DE SECUENCIAS BIOMOLECULARES

En la actualidad se ha producido un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoléculas biológicas (proteínas, ADN y ARN), cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. Este es el principal problema de la biología computacional, estas tareas se llevan a cabo, actualmente, por las herramientas de la bioinformática que han sido desarrolladas con algoritmos secuenciales. La programación dinámica, tanto los algoritmos de alineamiento locales (Smith-Waterman) y alineamiento global (Needleman-Wunsch) determinan el alineamiento óptimo de dos secuencias. Actualmente, las computadoras que tienen más de un núcleo están disponibles para el usuario común, y para usar los múltiples procesadores de la computadora, es necesario conocer los paradigmas de programación paralela. Este trabajo, presenta una nueva propuesta algorítmica para el alineamiento global usando la programación paralela, esto requiere de una nueva reformulación del algoritmo de Needleman Wunsh. La implementación del Algoritmo Paralelo ha requerido hacer un llenado de la matriz de scores por sus antidiagonales con todos los procesadores disponibles. El software utilizado para ello fue el C# con la librería TPL (“Task Parallel Library”), la aplicación compara el algoritmo de Needleman- Wunsch con este nuevo algoritmo, comprobando los tiempos de respuesta. Los resultados muestran que el algoritmo paralelo propuesto reduce el tiempo de respuesta en comparación con el algoritmo de alineamiento global de Needleman-Wunsch.