The first genomic resources for Phymatotrichopsis omnivora, a soil-borne pezizomycete pathogen with a broad host range

Phymatotrichopsis omnivora is a destructive plant pathogen causing root rot disease of alfalfa, cotton, pecan, grape, and many other important dicotyledonous species. A member of the family Rhizinaceae, in the class Pezizomycetes, P. omnivora is a soilborne ascomycete fungus that is difficult to maintain in culture, currently genetically intractable, and for which there are no publicly available genomic resources. We have generated draft genome sequences of four P. omnivora isolates obtained from cotton and alfalfa, growing in Texas and Oklahoma, USA. These genome sequences will provide new insights into the biology of the fungus, including the factors responsible for its broad host range and pathogenicity.

Prevalencia de mortalidad en Nogal Pecanero, en la región centro sur del estado de Chihuahua

La mortalidad en huertas nogaleras establecidas tiene impactos económicos importantes. La prevalencia e identificación de factores asociados a este problema son de suma importancia para la formulación de estrategias para su control. En este estudio mostramos que existe una prevalencia del 31%, de las huertas nogaleras muestreadas, con mortalidad en nogales. Se encontró significancia estadística en la prevalencia de los factores estudiados, con respecto a la mortalidad, en nogales: pudrición texana (Phymatotrichopsis omnivora) (23%), nematodo agallador (Meloidogyne spp) (14%), Gallina ciega (Phyllophaga spp) (35%) y gusano barrenador Euplatypus segnis (Chapuis) (6%). Nuestros resultados demuestran que la prevalencia de mortalidad en huertas nogaleras es multifactorial. Anticipamos que este estudio será un punto de partida para estudios posteriores que busquen la relación entre los diferentes factores etiológicos y permitirá medir la incidencia del problema, así como su impacto económico. La mortandad de nogal fue afectada en primera estancia por Phyllophaga spp, seguido de Phymatotrichopsis omnívora y Meloidogyne spp

Estado del arte Phymatotrichopsis omnivora (SHEAR) duggar, revisión y actualidad

Phymatotrichopsis omnivora es un hongo que ocasiona la pudrición de la raíz siendo considerada una de las más serias enfermedades de las plantas debido al amplio rango de hospedantes que afecta, lo que conlleva a grandes pérdidas económicas. Son varios factores son que influyen en el desarrollo de la enfermedad y la sintomatología puede variar de planta a planta. Este hongo coloniza primeramente las células corticales y forma una red que cubre la superficie de las raíces, bloqueando el sistema vascular así como el movimiento del agua en la planta. Los métodos de control químico son costosos y poco eficientes, por lo que se buscan otros métodos como la utilización de plantas resistentes, la aplicación de organismos antagonistas, o el uso de ciertos extractos vegetales, los cuales han demostrado tener cierta actividad en el control de este patógeno.

A Plant-by-Plant Method to Identify and Treat Cotton Root Rot Based on UAV Remote Sensing

Cotton root rot (CRR), caused by the fungus Phymatotrichopsis omnivora, is a destructive cotton disease that mainly affects the crop in Texas. Flutriafol fungicide applied at or soon after planting has been proven effective at protecting cotton plants from being infected by CRR. Previous research has indicated that CRR will reoccur in the same regions of a field as in past years. CRR-infected plants can be detected with aerial remote sensing (RS). As unmanned aerial vehicles (UAVs) have been introduced into agricultural RS, the spatial resolution of farm images has increased significantly, making plant-by-plant (PBP) CRR classification possible. An unsupervised classification algorithm, PBP, based on the Superpixel concept, was developed to delineate CRR-infested areas at roughly the single-plant level. Five-band multispectral data were collected with a UAV to test these methods. The results indicated that the single-plant level classification achieved overall accuracy as high as 95.94%. Compared to regional classifications, PBP classification performed better in overall accuracy, kappa coefficient, errors of commission, and errors of omission. The single-plant fungicide application was also effective in preventing CRR.

Desinfestación reductiva, suelo desecado y Trichoderma harzianum para controlar Phymatotrichopsis omnivora en vivero de nogal pecanero

En el laboratorio, suelo adicionado con glucosa 0.5-4.0 mg g-1 e inundado, el pH y el potencial oxidación-reducción (ORP) alcanzaron valores de 6.2 y -250 mV, también observamos hasta 22 mmol L-1 de ácidos grasos volátiles (VAFs). El sobrenadante del suelo se ajustó o no a pH ~ 4, luego los esclerocios de <em>P. omnivora</em> se sumergieron en él. Los esclerocios murieron solo en sobrenadantes a pH ~4 que provenían del suelo con 2.0 y 4.0 mg g-1 de glucosa añadida. En el campo, hubo seis tratamientos: un testigo o suelo no tratado (C); se agregaron 55 t ha-1 de melaza y el suelo se cubrió con plástico (M); suelo inoculado con <em>Trichoderma harzianum</em> (T); suelo desecado (DS) y sus combinaciones DS+M, DS+T y DS+M+T. Cuando se añadió melaza, el pH y el ORP alcanzaron 6.5 y -200 mV. El pH y el ORP alcanzados en suelos con glucosa y melaza son característicos de la desinfestación reductiva del suelo (RSD). En el campo, los tratamientos se aplicaron al suelo, con cuatro (repeticiones) parcelas por tratamiento y se sembraron 12 nueces por parcela. Después de tres años, no hubo diferencia en la incidencia y la mortandad de los árboles causada por<em> P. omnivora</em>, pero las raíces fueron invadidas por <em>Trichoderma</em> sp.

Actividad inhibitoria de bacterias aisladas de la rizósfera de árboles frutales, en contra de Phymatotrichopsis omnívora in vitro

Phymatotrichopsis omnivora afecta a un gran número de especies de frutales ocasionando grandes pérdidas económicas, y el uso de agroquímicos para combatirlos ocasionan efectos negativos para el medioambiente, por lo que sería muy útil encontrar alternativas que contribuyan a disminuir el uso de estos químicos. Existen microorganismos nativos del suelo con mecanismos de inhibición hacia diversos patógenos, lo que contribuye al empleo de métodos de control biológico. El objetivo de este trabajo fue seleccionar e identificar cepas de bacterias con capacidad de inhibir el crecimiento de P. omnivora, para lo cual se aislaron bacterias de raíces de árboles frutales con presencia de la enfermedad, con el fin de evaluar su efecto antagónico in vitro. Se obtuvieron 88 aislamientos bacterianos, de los cuales se evaluó la capacidad antifúngica mediante enfrentamiento simultáneo del hongo y la bacteria en ensayos por triplicado. Se inocularon semillas de algodón con las cepas que presentaron inhibición importante utilizando cultivos in vitro. Las cepas bacterianas M1, N8 y N15 presentaron mayor capacidad biocontroladora y teniendo en cuenta los resultados obtenidos, se identificaron mediante secuenciación del ADN ribosómico 16S.

Supervivencia de los esclerocios de Phymatotrichopsis omnivora en función del pH in vitro

Phymatotrichopsisomnivoraesunhongofitopatógenosque ataca a miles de especies de plantas, principalmente en suelos alcalinos. En el presente trabajo, se evaluó la capacidad de los esclerocios de P. omnivora para cambiar el pH y sobrevivir en soluciones ácidas y amortiguadoras. Los esclerocios fueron colocados dos semanas en soluciones de ácidos acético (0.4, 0.8 y 1.7 mmol L-1) y sulfúrico (0.25, 0.5 y 1 mmol L-1), éstas soluciones no se recambiaron o se hicieron una, dos o tres veces. Los esclerocios también se pusieron siete días en soluciones amortiguadoras (pH 4, 5, 8 y 9) sin diluir o diluidas a razón de 1:2, 1:4 y 1:10 v/v. Otros esclerocios se colocaron en soluciones selectas de ácido sulfúrico 0.5 mmol L-1 y amortiguadora a pH 5 diluida 1:10, luego se extrajeron y fueron sometieron a tratamientos de estrés. Estos tratamientos consintieron en colocar los esclerocios en: solución de NaOCl, arena inundada con glucosa, arena inundada, y arena a capacidad de campo. Los esclerocios cambiaron el pH de las soluciones de ácido acético sin recambio, y amortiguadoras de pH 8 y 9 diluidas 1:10. Pero, el cambio de pH de las soluciones fue marginal cuando los ácidos no se recambiaron y las soluciones amortiguadoras no se diluyeron. La supervivencia de los esclerocios fue nula con tres recambios de de ácido sulfúrico a l mmol L-1 y en soluciones amortiguadora de pH 4, pH 5 diluida 1:4 o menos, y pH 9 sin diluir; en el resto de las soluciones, algunos esclerocios lograron sobrevivir. Los tratamientos de estés tuvieron un efecto sinérgicos en disminuir la supervivencia de los esclerocios que previamente fueron colocados en las soluciones selectas (ácido sulfúrico 0.5 mmol L-1 y amortiguadora a pH 5 diluida 1:10).