Performance des PyroMark Q48 FX Age Assay auf zwei unterschiedlichen Pyrosequenzierplattformen

Zusammenfassung Hintergrund Der PyroMark Q48 FX Age Assay (Qiagen, Hilden, Deutschland) wurde von der Fa. Qiagen GmbH als kommerziell erhältliches Kit für die molekulare Altersschätzung auf der Grundlage von DNA-Methylierungsanalysen mithilfe eines PyroMark Q48 Autoprep (Qiagen, Hilden, Deutschland) vorgestellt. Fragestellung Vergleichbarkeit und Anwendbarkeit des PyroMark Q48 FX Age Assay auf den 2 unterschiedlichen Pyrosequenzierplattformen PyroMark Q48 Autoprep und PyroMark Q96 MD. Material und Methoden Es wurden 28 Mundschleimhautabriebe (MSA) und 15 Blutproben mithilfe des PyroMark Q48 FX Age Assay auf 2 Pyrosequenzierplattformen analysiert und jeweils eine Altersschätzung über das Schätzmodell von Zbiec-Piekarska et al. (2015) durchgeführt. Ergebnisse Die DNA-Methylierungswerte in den 5 Cytosin-Phosphat-Guanin(CpG)-Stellen wiesen beim Vergleich beider Geräte signifikante Unterschiede auf, wobei die DNA-Methylierungslevel des PyroMark Q96 MD sowohl in MSA als auch in den Blutproben höher waren als für den PyroMark Q48 Autoprep. So zeigte sich bei den MSA eine mittlere Abweichung der DNA-Methylierungswerte der beiden Geräte von 10,6 %, wohingegen diese bei den Blutproben 7,4 % betrug. Bei der Altersschätzung der Blutproben konnten jedoch keine deutlichen Unterschiede zwischen den Pyrosequenzern im Hinblick auf die Schätzgenauigkeit identifiziert werden. Hier beträgt die mittlere absolute Abweichung 7,9 (PyroMark Q48 Autoprep) bzw. 8,1 Jahre (PyroMark Q96 MD). Schlussfolgerung Die aufgetretenen Unterschiede in den DNA-Methylierungswerten sowohl bei den Blutproben als auch den MSA verdeutlichen die Schwierigkeit der Vergleichbarkeit von DNA-Methylierungswerten aus unterschiedlichen Geräten. Für die Verwendung dieses Assays mit anderen Pyrosequenziergeräten müssten weitere Proben analysiert werden, um mögliche signifikante Unterschiede detektieren zu können.

Asociación entre el polimorfismo rs9939609 del gen FTO y marcadores de adiposidad en población infantil chilena

La obesidad es una enfermedad inflamatoria donde la genética determina cierto nivel de riesgo. Aun cuando existen estudios que reportan asociación entre polimorfismos de FTO (fat-mass associated gene) y adiposidad, existe limitada evidencia en población infantil chilena.Objetivo: determinar la asociación entre el polimorfismo rs9939609 del FTO y marcadores de adiposidad en población infantil chilena.Pacientes y Método: Estudio de corte transversal incluyó 361 participantes (de 6 a 11 años; 50% niñas). Los datos clínicos y la recolección de muestras de sangre se realizaron entre marzo y junio de 2008. El polimorfismo SNP (rs9939609), del gen FTO, se determinó utilizando ADN genómico extraído de leucocitos, utilizando el Mini Kit QIAamp DNA Blood (Qiagen GmbH, Hilden, Alemania). Los marcadores de adiposidad estudiados fueron, índice de masa corporal (IMC), masa grasa, perímetro de cintura (PC) y razón cintura/talla, y se compararon ajustados por sexo, edad y estadío de Tanner. La asociación entre el polimorfismo estudiado y los marcadores de obesidad se realizó mediante análisis de regresión lineal.Resultados: Al ajustar los marcadores por sexo, edad y estadío de Tanner se observó una asociación significativa entre el polimorfismo e indicadores de adiposidad. Por cada copia extra del alelo de riesgo se encontró un aumento de 2,47 kg de peso corporal, (IC 19 95%: 1,39 -3,55); 1,06 kg/m2 de IMC, (IC 95%: 0,56-1,54); 2,55 cm de PC, (IC 95%: 1,26-3,85) y en 1,98 % de masa grasa, (IC 95%: 0,78-3,19). Al convertir los marcadores de adiposidad a z-score, la razón perímetro de cintura/talla arrojó la mayor asociación con el alelo de riesgo de FTO.Conclusión: Este estudio indica asociación entre el polimorfismo rs9939609 del gen FTO con marcadores de adiposidad general y central en población infantil en Chile.

First Report of Iris yellow spot virus on Garlic in India

Garlic (Allium sativum) is a spice crop of prime importance in India as well as other parts of the world. Iris yellow spot virus (IYSV; genus Tospovirus, family Bunyaviridae) is an important pathogen of onion bulb and seed crops in many parts of the world (3). The virus is also known to infect garlic and other Allium spp. (2–4). IYSV infection of garlic was reported from Reunion Island (4) and the United States (1). In February 2010, straw-colored, spindle-shaped spots with poorly defined ends were observed on the leaves of a garlic crop at the research farm of the Directorate of Onion and Garlic Research in the Pune District of Maharashtra State, India, 105 days after planting. The spots coalesced to form larger patches on the leaves, suggesting possible IYSV infection. Symptoms were visible on older leaves and more prevalent on cv. G-41, G-282, AC50, AC200, AC283, and Godavari than on other cultivars. The incidence of symptomatic plants was estimated at 5% for G-41 and AC-200, 8% for G-282 and AC283, and 10% for AC50. Leaves were sampled from 40 symptomatic plants per cultivar with each sample composited from young, middle, and older (basal) leaves of the plant. Samples were assayed by double-antibody sandwich-ELISA (Loewe Biochemica GmbH, Sauerlach, Germany) and each tested positive for the virus. Total RNA was extracted from the leaves of ELISA-positive plants using the RNAeasy Plant Mini kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) and tested by reverse transcription-PCR assay using primers IYSV-F (5′-TCAGAAATCGAGAAACTT-3′) and IYSV-R (5′-TAATTATATCTATCTTTCTTGG-3′) (2) designed to amplify 797 bp of the nucleocapsid (N) gene of IYSV. Amplicons of expected size were obtained and cloned into a pDrive vector (Qiagen GmbH). The recombinant clone was sequenced (GenBank Accession No. HM173691). Sequence comparisons showed 98 to 100% nt identity with other IYSV N gene sequences in GenBank (Nos. EU310294 and EU310286). A phylogenetic analysis of the deduced amino acid sequences of the N gene showed that the garlic isolate of IYSV grouped most closely with onion IYSV isolates from India (GenBank Nos. EU310294, EU310286, EU310300, and EU310296). To our knowledge, this is the first report of natural infection of garlic by IYSV in India. Additional surveys and evaluations are needed to obtain a better understanding of the potential impact of IYSV on garlic production in India. References: (1) S. Bag et al. Plant Dis. 93:839, 2009. (2) A. Bulajic et al. Plant Dis. 93:976, 2009. (3) D. Gent et al. Plant Dis. 90:1468, 2006. (4) I. Robène-Soustrade et al. Plant Pathol. 55:288, 2006.