scholarly journals In vitro characterization and analysis of probiotic species in the chicken intestine by real-time polymerase chain reaction

2019 ◽  
Vol 98 (11) ◽  
pp. 5840-5846 ◽  
Author(s):  
Revathi Shanmugasundaram ◽  
Mohamad Mortada ◽  
G Raj Murugesan ◽  
Ramesh K Selvaraj
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Chain Reaction ◽  
Chicken Intestine ◽  
In Vitro Characterization ◽  
Polymerase Chain

Quantitative expression analysis of blastocyst-derived gene transcripts in preimplantation developmental stages of in vitro-produced bovine embryos using real-time polymerase chain reaction technology

2004 ◽  
Vol 16 (8) ◽  
pp. 753 ◽  
Author(s):  
Nermin El-Halawany ◽  
Siriluck Ponsuksili ◽  
Klaus Wimmers ◽  
Markus Gilles ◽  
Dawit Tesfaye ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Expression Pattern ◽  
Embryo Development ◽  
Developmental Stages ◽  
Bovine Embryo ◽  
Chain Reaction ◽  
Quantitative Expression ◽  
Polymerase Chain

The main objective of the present study was to analyse the quantitative expression pattern of genes from a subtracted blastocyst transcriptome throughout the preimplantation developmental stages of in vitro-produced bovine oocytes and embryos. For this purpose, Day 5 morula (M) cDNAs were subtracted from Day 7 blastocyst (B) cDNAs (B–M) and used to establish a B–M subtracted cDNA library, as reported previously. From the total generated clones, 19 were analysed quantitatively. The mRNA samples isolated from pools of immature oocytes (n = 150), mature oocytes (n = 150) and two-cell (n = 80), four-cell (n = 40), eight-cell (n = 20), morula (n = 6) and blastocyst (n = 3) embryos were reverse transcribed and subjected to real-time polymerase chain reaction (PCR) using sequence-specific primers and SYBR green as the DNA dye. A relative standard curve method was used to analyse the real-time data taking the morula stage as a calibrator. Applying suppression subtractive hybridisation (SSH), a total of 71 clones, which represent 33 different expressed sequence tags, were generated and available for analysis. Most transcripts were analysed for the first time in bovine embryogenesis. The real-time PCR has validated the results of SSH positively for 84% (16/19) of transcripts, whereas 16% (3/19) showed deviation in the expression pattern from the one seen during SSH. Several transcript-specific expression patterns were observed for genes that play decisive roles in bovine embryogenesis. In addition to identification, accurately quantifying the expression profiles of transcripts during development will pave the way towards understanding the molecular mechanisms of embryogenesis and their potential role in early embryo development. Most importantly, the present study has contributed to the enrichment of bovine embryo gene collection by generating new transcripts involved in bovine embryo development.

scholarly journals Διερεύνηση του ρόλου των αδρενεργικών και ντοπαμινεργικών συστημάτων στη ρύθμιση των κυτοχρωμάτων CYP3A1/2, CYP2C11 και CYP2D1/2

2012 ◽  
Author(s):  
Ευάγγελος-Παναγιώτης Δασκαλόπουλος
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Τα ηπατικά κυτοχρώματα CYPs (P450s) είναι μια μεγάλη υπερ-οικογένεια πρωτεϊνών, οι οποίες εντοπίζονται σε όλους τους ζωντανούς οργανισμούς. Η σημασία τους είναι τεράστια, αφού μεταβολίζουν μια τεράστια ποικιλία ενδογενών ουσιών αλλά και ξενοβιοτικών. Οι πιο σημαντικές υποοικογένειες κυτοχρωμάτων CYP είναι η CYP3A, η CYP2C και η CYP2D, εξαιτίας του ρόλου τους στο μεταβολισμό της πλειονότητας των πιο συχνά συνταγογραφούμενων φαρμάκων. Η γνώση όσον αφορά τους παράγοντες, που μπορούν να προκαλέσουν επαγωγή ή αναστολή των κυτοχρωμάτων CYP είναι εξαιρετικής σημασίας, αφού κάθε μεταβολή στην έκφραση και την δραστικότητά τους μπορεί να έχει σοβαρότατες συνέπειες στην αποτελεσματικότητα της φαρμακευτικής αγωγής αλλά και στην φαρμακοτοξικότητα. Η αναστολή των ηπατικών CYPs μπορεί να οδηγήσει σε αυξημένα επίπεδα ενός φαρμάκου-υποστρώματος στο πλάσμα και στην ανάπτυξη τοξικών εκδηλώσεων. Αντίθετα, η επαγωγή των CYPs μπορεί να οδηγήσει σε μειωμένη αποτελεσματικότητα ή ακόμη και πλήρη αποτυχία της φαρμακοθεραπείας. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η διερεύνηση στον επίμυ της επίδρασης του στρες στη ρύθμιση της έκφρασης των πιο σημαντικών για τον μεταβολισμό φαρμάκων κυτοχρωμάτων, των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Επίσης, διερευνήθηκε ο ρόλος των αδρενεργικών υποδοχέων, των γλυκοκορτικοειδών καθώς και των μονοπατιών μεταγωγής σήματος (cAMP/PKA, JNK, GH/STAT5b) στη ρύθμιση των ανωτέρω κυτοχρωμάτων. Μελετήθηκε επίσης, ο ρόλος των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων στη ρύθμιση της έκφρασης των CYP γονιδίων καθώς και η συμμετοχή του μονοπατιού μεταγωγής σήματος PI3K/Akt/FoxO1, αλλά και του μεταγραφικού παράγοντα STAT5b. Για την ερευνητική προσέγγιση αυτών των θεμάτων, έγιναν τόσο in vivo πειράματα με ενήλικες αρσενικούς επίμυες, όσο και in vitro πειράματα με καλλιέργειες πρωτογενών ηπατοκυττάρων, που απομονώθηκαν από το ήπαρ επιμύων. Οι μέθοδοι, οι οποίες χρησιμοποιήθηκαν συμπεριλαμβάνουν την Υγρή Χρωματογραφία Υψηλής Απόδοσης (HPLC) για την μέτρηση την ενζυμικής δραστικότητας των υπό μελέτην CYP3A, CYP2C και CYP2D, την ανοσοαποτύπωση κατά Western για την εκτίμηση των μεταβολών σε επίπεδο αποπρωτεΐνης, καθώς και την μέθοδο real-time polymerase chain reaction (RT-PCR, q-PCR) για την ποσοτική εκτίμηση των επιπέδων mRNA των ανωτέρω CYP γονιδίων. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης κατέδειξαν ότι το ψυχολογικό στρες είναι ένας παράγοντας τεράστιας σημασίας για τη ρύθμιση της έκφρασης των CYPs. Πιο συγκεκριμένα, το στρες της μητρικής αποστέρησης, στο οποίο εκτέθηκαν οι επίμυες σε πολύ μικρή ηλικία προκάλεσε την αύξηση της έκφρασης των CYP3A1/2 και CYP2C11, ενώ το CYP2D δεν επηρεάστηκε σημαντικά. Αντιθέτως, το στρες περιορισμού προκάλεσε σημαντικές μεταβολές στην έκφραση του CYP3A2, του CYP2D και μικρότερες μεταβολές στο CYP2A. Επιπροσθέτως, επιβεβαιώθηκε η επαγωγική δράση των γλυκοκορτικοειδών στο CYP3A και η κατασταλτική τους δράση στο CYP2C. Σημαντικά ευρήματα μετά από in vivo και in vitro πειράματα, τα οποία επικεντρώθηκαν στη μελέτη των αδρενεργικών μονοπατιών φανέρωσαν ότι τα μονοπάτια cAMP/PKA, JNK και του άξονα GH/STAT5b διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον έλεγχο της ρύθμισης της έκφρασης των CYPs. Η συμμετοχή των πυρηνικών υποδοχέων PXR, RXR και HNF4α φαίνεται να είναι σημαντική στις μεταβολές που παρατηρήθηκαν στην έκφραση αυτών των CYPs. Eπιπλέον, η αναστολή των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων in vivo, οδήγησε σε μεγάλη καταστολή των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Αντιθέτως, αναστολή των ηπατικών D2-υποδοχέων in vitro, οδήγησε σε επαγωγή αυτών των CYPs. Αυτό το εύρημα οδήγησε στην υπόθεση ότι η ινσουλίνη πιθανόν διαδραματίζει στρατηγικής σημασίας ρόλο στον έλεγχο της ρύθμισης της έκφρασης των CYPs, αφού αποδείχθηκε ότι η αναστολή in vivο των D2-υποδοχέων ενεργοποιεί το ινσουλινοεξαρτώμενο μονοπάτι PI3K/Akt, ενώ περαιτέρω έρευνες έδειξαν τον FoxO1 ως τελικό μεταγραφικό παράγοντα ρύθμισης. Παράλληλα, ο άξονας GH/STAT5b φαίνεται να παίζει επίσης πολύ σημαντικό ρυθμιστικό ρόλο και στην περίπτωση των D2-ντοπαμινεργικών μονοπατιών. Συμπερασματικά, η μελέτη αυτή έδειξε ότι το στρες, τα γλυκοκορτικοειδή και αγωνιστές αδρενεργικών υποδοχέων αποτελούν παράγοντες, που πρέπει πάντα να λαμβάνονται υπόψιν πριν τη συνταγογράφηση σε ασθενείς. Επιπλέον, η μελέτη αυτή κατέδειξε για πρώτη φορά την επίδραση των παγκρεατικών D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων και του μονοπατιού PI3K/Akt/FoxO1 στη ρύθμιση της έκφρασης των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Διαπιστώθηκε επίσης, η συμμετοχή της GH, της PRL και των θυρεοειδικών ορμονών στις μεταβολές που προκάλεσαν οι φαρμακολογικοί χειρισμοί των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων.

Evaluation of Real-Time Polymerase Chain Reaction for the Detection of Methicillin-ResistantStaphylococcus aureuson Environmental Surfaces

2007 ◽  
Vol 28 (8) ◽  
pp. 1003-1005 ◽  
Author(s):  
Jonathan A. Otter ◽  
Nancy L. Havill ◽  
John M. Boyce
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
In Vitro Culture ◽  
Real Time ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Environmental Surfaces ◽  
Polymerase Chain

We compared real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) with in vitro culture for detecting methicillin-resistantStaphylococcus aureusin samples from environmental surfaces. The sensitivity of RT-PCR, compared with culture, was 92.5%, and the specificity was 51.4%. Because of poor specificity, the RT-PCR kit tested is not suitable for the detection of MRSA on hospital surfaces.

Nerve growth factor promotes expression of novel genes in intervertebral disc cells that regulate tissue degradation

2014 ◽  
Vol 21 (4) ◽  
pp. 653-661 ◽  
Author(s):  
Ting-Hsien Kao ◽  
Yi-Jen Peng ◽  
Hsi-Kai Tsou ◽  
Donald M. Salter ◽  
Herng-Sheng Lee
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Nerve Growth Factor ◽  
Growth Factor ◽  
Real Time ◽  
Chain Reaction ◽  
Nerve Growth ◽  
Polymerase Chain ◽  
Ivd Degeneration

Object Increased neurotrophin activity in degenerative intervertebral discs (IVDs) is one potential cause of chronic low-back pain (LBP). The aim of the study was to assess if nerve growth factor (NGF) might alter gene expression of IVD cells and contribute to disc degeneration by enhancing expression or activity of factors that cause breakdown of IVD matrix. Methods Rat-tail IVD cells were stimulated by NGF and subjected to microarray analysis. Real-time polymerase chain reaction, Western blotting, and immunocytochemistry of rat and human IVD cells and tissues treated with NGF in vitro in the absence or presence of the NGF inhibitor Ro 08-2750 were used to confirm findings of the microarray studies. Phosphorylation of mitogen-activated protein kinase (MAPK) was used to identify cell signaling pathways involved in NGF stimulation in the absence or presence of Ro 08-2750. Results Microarray analysis demonstrated increased expression of chitinase 3-like 1 (Chi3l1), lipocalin 2 (Lcn2), and matrix metalloproteinase–3 (Mmp3) following NGF stimulation of rat IVD cells in vitro. Increased gene expression was confirmed by real-time polymerase chain reaction with a relative increase in the Mmp/Timp ratio. Increased expression of Chi3l1, Lcn2, and Mmp3 following NGF stimulation was also demonstrated in rat cells and human tissue in vitro. Effects of NGF on protein expression were blocked by an NGF inhibitor and appear to function through the extracellular-regulation kinase 1/2 (ERK1/2) MAPK pathway. Conclusions Nerve growth factor has potential effects on matrix turnover activity and influences the catabolic/anabolic balance of IVD cells in an adverse way that may potentiate IVD degeneration. Anti-NGF treatment might be beneficial to ameliorate progressive tissue breakdown in IVD degeneration and may lead to pain relief.

scholarly journals Evaluation of the Time Period for which Real-Time Polymerase Chain Reaction Detects Dead Bacteria

2014 ◽  
Vol 63 (4) ◽  
pp. 393-398 ◽  
Author(s):  
HYONMIN CHOE ◽  
YUTAKA INABA ◽  
NAOMI KOBAYASHI ◽  
YUSHI MIYAMAE ◽  
HIROYUKI IKE ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Real Time Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Bacterial Dna ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Time Period ◽  
Before And After ◽  
Polymerase Chain

Real-time polymerase chain reaction (PCR) is currently widely used for the diagnosis of infections. We evaluated the time after treatment during which real-time PCR can detect dead bacteria. The presence of bacterial DNA was identified by real-time PCR through methicillin-resistant Staphylococcus (MRS)-PCR and universal PCR. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Staphylococcus epidermidis, and Escherichia coli were each killed with alcohol, antibiotics, or heat treatment in vitro. The detection periods of MRS-PCR for MRSA treated by alcohol, vancomycin, linezolid, and heat were found to be less than 16, 8, 12, and 8 weeks, respectively. The detection period of universal PCR for S. epidermidis treated by alcohol, cefazolin, and heat was less than 20, 20, and 4 weeks, whereas that for E. coli was 8, 20, and 4 weeks, respectively. The presence of detectable bacterial DNA in infected arthroplasty patients before and after successful treatment was also assessed by MRS- and universal PCR. MRS-PCR was positive in 6 patients before treatment and all became negative after a mean interval of 20.8 weeks (95% confidential interval, 13.2 to 33.7) after treatment. Universal PCR detected remnant bacterial DNA in 4 patients at a mean of 15.2 weeks (95% CI, 12.4 to 18.0) after treatment and was negative in 7 patients at a mean of 17.3 weeks (95% CI, 10.6 to 24.0) after treatment. Our studies revealed that real-time PCR detects dead bacteria for several weeks, but this capability decreases with time and is likely lost by 20 weeks after treatment.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document