Evaluation of Real-Time Polymerase Chain Reaction for the Detection of Methicillin-ResistantStaphylococcus aureuson Environmental Surfaces

2007 ◽  
Vol 28 (8) ◽  
pp. 1003-1005 ◽  
Author(s):  
Jonathan A. Otter ◽  
Nancy L. Havill ◽  
John M. Boyce
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
In Vitro Culture ◽  
Real Time ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Environmental Surfaces ◽  
Polymerase Chain

We compared real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) with in vitro culture for detecting methicillin-resistantStaphylococcus aureusin samples from environmental surfaces. The sensitivity of RT-PCR, compared with culture, was 92.5%, and the specificity was 51.4%. Because of poor specificity, the RT-PCR kit tested is not suitable for the detection of MRSA on hospital surfaces.

scholarly journals Prevalence of inducible clindamycin resistance in methicillin-resistant Staphylococcus aureus: the first study in Jordan

2017 ◽  
Vol 11 (04) ◽  
pp. 350-354 ◽  
Author(s):  
Dua’a Jarajreh ◽  
Amin Aqel ◽  
Hamed Alzoubi ◽  
Wael Al-Zereini
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus ◽  
High Rate ◽  
Chain Reaction ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Inducible Clindamycin Resistance ◽  
Standard Procedures ◽  
Polymerase Chain

Introduction: A high rate of infections with methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has been documented, in both hospital- (HA-MRSA) and community-acquired (CA-MRSA) diseases in Jordan. Erythromycin and clindamycin are considered treatments of choice. However, resistance to erythromycin with false susceptibility to clindamycin in vitro may lead to therapeutic failure. Hence, it is mandatory to study the prevalence of inducible resistance to macrolide-lincosamide-streptogramin B (iMLSB) antibiotics conferred by erm genes in those bacteria. Methodology: S. aureus isolates were identified morphologically and biochemically, and MRSA were appraised using standard procedures. Induction in resistance to MLSB antibiotics among MRSA isolates was detected phenotypically using the D-test, and the presence of erm genes was revealed by polymerase chain reaction (PCR). Results: Of 126 collected Staphylococcus isolates, 71 (56.3%) isolates were S. aureus, of which 55 (77.5%) were MRSA. A total of 43 (78.2%) MRSA-discordant isolates were resistant to erythromycin, of which 33 (76.7%) exhibited the iMLSB (D-test positive), 2 (4.7%) the MSB (D-test negative), and 8 (18.6%) the constitutive resistant (cMLSB) phenotypes. Induction of clindamycin resistance was 1.6 times greater in CA-MRSA than in HA-MRSA. Furthermore, ermA and ermC were significantly prevalent in HA-MRSA and CA-MRSA, respectively. Conclusions: Continuous surveillance of the MLSB resistance is important and required before the prescription of clindamycin to treat MRSA infections.

scholarly journals Διερεύνηση του ρόλου των αδρενεργικών και ντοπαμινεργικών συστημάτων στη ρύθμιση των κυτοχρωμάτων CYP3A1/2, CYP2C11 και CYP2D1/2

2012 ◽  
Author(s):  
Ευάγγελος-Παναγιώτης Δασκαλόπουλος
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Τα ηπατικά κυτοχρώματα CYPs (P450s) είναι μια μεγάλη υπερ-οικογένεια πρωτεϊνών, οι οποίες εντοπίζονται σε όλους τους ζωντανούς οργανισμούς. Η σημασία τους είναι τεράστια, αφού μεταβολίζουν μια τεράστια ποικιλία ενδογενών ουσιών αλλά και ξενοβιοτικών. Οι πιο σημαντικές υποοικογένειες κυτοχρωμάτων CYP είναι η CYP3A, η CYP2C και η CYP2D, εξαιτίας του ρόλου τους στο μεταβολισμό της πλειονότητας των πιο συχνά συνταγογραφούμενων φαρμάκων. Η γνώση όσον αφορά τους παράγοντες, που μπορούν να προκαλέσουν επαγωγή ή αναστολή των κυτοχρωμάτων CYP είναι εξαιρετικής σημασίας, αφού κάθε μεταβολή στην έκφραση και την δραστικότητά τους μπορεί να έχει σοβαρότατες συνέπειες στην αποτελεσματικότητα της φαρμακευτικής αγωγής αλλά και στην φαρμακοτοξικότητα. Η αναστολή των ηπατικών CYPs μπορεί να οδηγήσει σε αυξημένα επίπεδα ενός φαρμάκου-υποστρώματος στο πλάσμα και στην ανάπτυξη τοξικών εκδηλώσεων. Αντίθετα, η επαγωγή των CYPs μπορεί να οδηγήσει σε μειωμένη αποτελεσματικότητα ή ακόμη και πλήρη αποτυχία της φαρμακοθεραπείας. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η διερεύνηση στον επίμυ της επίδρασης του στρες στη ρύθμιση της έκφρασης των πιο σημαντικών για τον μεταβολισμό φαρμάκων κυτοχρωμάτων, των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Επίσης, διερευνήθηκε ο ρόλος των αδρενεργικών υποδοχέων, των γλυκοκορτικοειδών καθώς και των μονοπατιών μεταγωγής σήματος (cAMP/PKA, JNK, GH/STAT5b) στη ρύθμιση των ανωτέρω κυτοχρωμάτων. Μελετήθηκε επίσης, ο ρόλος των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων στη ρύθμιση της έκφρασης των CYP γονιδίων καθώς και η συμμετοχή του μονοπατιού μεταγωγής σήματος PI3K/Akt/FoxO1, αλλά και του μεταγραφικού παράγοντα STAT5b. Για την ερευνητική προσέγγιση αυτών των θεμάτων, έγιναν τόσο in vivo πειράματα με ενήλικες αρσενικούς επίμυες, όσο και in vitro πειράματα με καλλιέργειες πρωτογενών ηπατοκυττάρων, που απομονώθηκαν από το ήπαρ επιμύων. Οι μέθοδοι, οι οποίες χρησιμοποιήθηκαν συμπεριλαμβάνουν την Υγρή Χρωματογραφία Υψηλής Απόδοσης (HPLC) για την μέτρηση την ενζυμικής δραστικότητας των υπό μελέτην CYP3A, CYP2C και CYP2D, την ανοσοαποτύπωση κατά Western για την εκτίμηση των μεταβολών σε επίπεδο αποπρωτεΐνης, καθώς και την μέθοδο real-time polymerase chain reaction (RT-PCR, q-PCR) για την ποσοτική εκτίμηση των επιπέδων mRNA των ανωτέρω CYP γονιδίων. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης κατέδειξαν ότι το ψυχολογικό στρες είναι ένας παράγοντας τεράστιας σημασίας για τη ρύθμιση της έκφρασης των CYPs. Πιο συγκεκριμένα, το στρες της μητρικής αποστέρησης, στο οποίο εκτέθηκαν οι επίμυες σε πολύ μικρή ηλικία προκάλεσε την αύξηση της έκφρασης των CYP3A1/2 και CYP2C11, ενώ το CYP2D δεν επηρεάστηκε σημαντικά. Αντιθέτως, το στρες περιορισμού προκάλεσε σημαντικές μεταβολές στην έκφραση του CYP3A2, του CYP2D και μικρότερες μεταβολές στο CYP2A. Επιπροσθέτως, επιβεβαιώθηκε η επαγωγική δράση των γλυκοκορτικοειδών στο CYP3A και η κατασταλτική τους δράση στο CYP2C. Σημαντικά ευρήματα μετά από in vivo και in vitro πειράματα, τα οποία επικεντρώθηκαν στη μελέτη των αδρενεργικών μονοπατιών φανέρωσαν ότι τα μονοπάτια cAMP/PKA, JNK και του άξονα GH/STAT5b διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον έλεγχο της ρύθμισης της έκφρασης των CYPs. Η συμμετοχή των πυρηνικών υποδοχέων PXR, RXR και HNF4α φαίνεται να είναι σημαντική στις μεταβολές που παρατηρήθηκαν στην έκφραση αυτών των CYPs. Eπιπλέον, η αναστολή των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων in vivo, οδήγησε σε μεγάλη καταστολή των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Αντιθέτως, αναστολή των ηπατικών D2-υποδοχέων in vitro, οδήγησε σε επαγωγή αυτών των CYPs. Αυτό το εύρημα οδήγησε στην υπόθεση ότι η ινσουλίνη πιθανόν διαδραματίζει στρατηγικής σημασίας ρόλο στον έλεγχο της ρύθμισης της έκφρασης των CYPs, αφού αποδείχθηκε ότι η αναστολή in vivο των D2-υποδοχέων ενεργοποιεί το ινσουλινοεξαρτώμενο μονοπάτι PI3K/Akt, ενώ περαιτέρω έρευνες έδειξαν τον FoxO1 ως τελικό μεταγραφικό παράγοντα ρύθμισης. Παράλληλα, ο άξονας GH/STAT5b φαίνεται να παίζει επίσης πολύ σημαντικό ρυθμιστικό ρόλο και στην περίπτωση των D2-ντοπαμινεργικών μονοπατιών. Συμπερασματικά, η μελέτη αυτή έδειξε ότι το στρες, τα γλυκοκορτικοειδή και αγωνιστές αδρενεργικών υποδοχέων αποτελούν παράγοντες, που πρέπει πάντα να λαμβάνονται υπόψιν πριν τη συνταγογράφηση σε ασθενείς. Επιπλέον, η μελέτη αυτή κατέδειξε για πρώτη φορά την επίδραση των παγκρεατικών D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων και του μονοπατιού PI3K/Akt/FoxO1 στη ρύθμιση της έκφρασης των CYP3A, CYP2C και CYP2D. Διαπιστώθηκε επίσης, η συμμετοχή της GH, της PRL και των θυρεοειδικών ορμονών στις μεταβολές που προκάλεσαν οι φαρμακολογικοί χειρισμοί των D2-ντοπαμινεργικών υποδοχέων.

scholarly journals Evaluation of the Time Period for which Real-Time Polymerase Chain Reaction Detects Dead Bacteria

2014 ◽  
Vol 63 (4) ◽  
pp. 393-398 ◽  
Author(s):  
HYONMIN CHOE ◽  
YUTAKA INABA ◽  
NAOMI KOBAYASHI ◽  
YUSHI MIYAMAE ◽  
HIROYUKI IKE ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Real Time Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Bacterial Dna ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Time Period ◽  
Before And After ◽  
Polymerase Chain

Real-time polymerase chain reaction (PCR) is currently widely used for the diagnosis of infections. We evaluated the time after treatment during which real-time PCR can detect dead bacteria. The presence of bacterial DNA was identified by real-time PCR through methicillin-resistant Staphylococcus (MRS)-PCR and universal PCR. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Staphylococcus epidermidis, and Escherichia coli were each killed with alcohol, antibiotics, or heat treatment in vitro. The detection periods of MRS-PCR for MRSA treated by alcohol, vancomycin, linezolid, and heat were found to be less than 16, 8, 12, and 8 weeks, respectively. The detection period of universal PCR for S. epidermidis treated by alcohol, cefazolin, and heat was less than 20, 20, and 4 weeks, whereas that for E. coli was 8, 20, and 4 weeks, respectively. The presence of detectable bacterial DNA in infected arthroplasty patients before and after successful treatment was also assessed by MRS- and universal PCR. MRS-PCR was positive in 6 patients before treatment and all became negative after a mean interval of 20.8 weeks (95% confidential interval, 13.2 to 33.7) after treatment. Universal PCR detected remnant bacterial DNA in 4 patients at a mean of 15.2 weeks (95% CI, 12.4 to 18.0) after treatment and was negative in 7 patients at a mean of 17.3 weeks (95% CI, 10.6 to 24.0) after treatment. Our studies revealed that real-time PCR detects dead bacteria for several weeks, but this capability decreases with time and is likely lost by 20 weeks after treatment.

Development and Validation of a Molecular Beacon Probe–Based Real-Time Polymerase Chain Reaction Assay for Rapid Detection of Methicillin Resistance in Staphylococcus aureus

2003 ◽  
Vol 127 (7) ◽  
pp. 845-849 ◽  
Author(s):  
Sameer Elsayed ◽  
Barbara L. Chow ◽  
Nina L. Hamilton ◽  
Daniel B. Gregson ◽  
Johann D. D. Pitout ◽  
...  
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Molecular Beacon ◽  
Analytical Sensitivity ◽  
Chain Reaction ◽  
Coagulase Negative Staphylococci ◽  
Methicillin Resistant ◽  
Polymerase Chain ◽  
Development And Validation

Abstract Context.—A rapid, real-time, duplex, fluorescent molecular beacon probe–based polymerase chain reaction (PCR) assay was recently developed for the detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Objective.—To describe the development and validation of this unique assay. Design.—Prospective laboratory analysis. Setting.—Urban health region/centralized diagnostic microbiology laboratory. Bacterial Strains.—One hundred eighty-one previously characterized clinical and American Type Culture Collection isolates, including 50 strains each of methicillin-resistant and methicillin-sensitive S aureus, plus 50 strains of coagulase-negative staphylococci and 31 nonstaphylococcal isolates to ensure assay specificity. Intervention.—Assays were performed on purified genomic DNA extracted from growing bacterial colonies. Two sets of oligonucleotide primers were used to specifically amplify the mecA and nuc genes, followed by detection of amplicons using fluorophore-labeled molecular beacon probes. Assays were performed on the Mx4000 Multiplex Quantitative PCR System (Stratagene Inc, La Jolla, Calif). Main Outcome Measures.—(1) Assay sensitivity and specificity, and (2) analytical sensitivity. Results.—The assay demonstrated 100% sensitivity and 100% specificity, and accurately characterized isolates as methicillin-resistant S aureus, methicillin-sensitive S aureus, or methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci, with test results available in 2.5 hours. The analytical sensitivity of the assay was determined to be between 6 and 60 genomic equivalents. Conclusions.—This assay is rapid, accurate, easy to perform, and is compatible with other real-time PCR instruments, making it a suitable alternative to conventional PCR methodologies.

scholarly journals Quantification of cellulolytic bacteria using in vitro culture containing treated or untreated cottonseed hulls determined by real-time polymerase chain reaction

2010 ◽  
Vol 1 (1) ◽  
pp. 242-242
Author(s):  
A Faramarzi Garmroodi ◽  
M Danesh Mesgaran ◽  
A R Vakili ◽  
A R Heravi Moussavi ◽  
A Tahmasbi ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
In Vitro Culture ◽  
Real Time ◽  
Cellulolytic Bacteria ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

1504: Molecular Diagnosis and Staging of Prostate Cancer Using Clusterin in Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

2006 ◽  
Vol 175 (4S) ◽  
pp. 485-486
Author(s):  
Sabarinath B. Nair ◽  
Christodoulos Pipinikas ◽  
Roger Kirby ◽  
Nick Carter ◽  
Christiane Fenske
Keyword(s):  
Prostate Cancer ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Molecular Diagnosis ◽  
Reverse Transcription ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document