scholarly journals Evaluación preliminar de la diversidad genética del leoncillo Callithrixpygmaea (Primates: Cebidae: Callithrichinae) mediante microsatélites (SSR: Short Sequence Repeat)

2010 ◽  
Vol 2 (2) ◽  
Author(s):  
Diego A. Nieto M. ◽  
Stella De la Torre ◽  
Ana M. Troya ◽  
Venancio S. Arahana B. ◽  
María de Lourdes Torres P.

El leoncillo (Callithrix pygmaea) es uno de los primates ecuatorianos con mayor grado de especialización de hábitat y de dieta. Esta alta especialización y la intensificación de las actividades humanas en la Amazonia ecuatoriana podrían causar que las poblaciones del leoncillo atraviesen por cuellos de botella y pierdan su diversidad genética. Con el fin de estimar la magnitud de esta amenaza, desde el año 2008, se realizó un estudio piloto para evaluar el nivel de variabilidad genética de cuatro grupos de esta especie de una población a orillas del rio Aguarico. Para la realización del análisis genético se utilizó un total de 50 muestras de heces, colectadas durante el periodo de septiembre 2008 y febrero 2009; el 50% de las muestras correspondió al grupo P4, los grupos P1, P2 y P5 aportaron con el restante 50%. A partir de estas muestras se extrajo ADN con el kit QIAamp DNA Stool Mini Kit (QIAGEN). Mediante la técnica de PCR se amplificaron nueve primers de mi­crosatélites reportados para otra especie de Callitrichinae. La visualización de bandas se realizó en geles denaturantes de poliacrilamida al 6% y Urea 5M. El análisis estadístico fue realizado con el programa GenAlEx 6. Los resultados obtenidos muestran que existen de 3 a 8 alelos/locus, la prueba de equilibrio Hardy-Weinberg sugiere que en el grupo P4 puede estar sucediendo endogamia, la heterocigocidad esperada en los grupos P1 y P2 tiene valores de 0.5, mientras que los valores del grupo P4 varían de 0.5 a 0.836. La distancia genética de Nei entre los grupos P1 y P2 es de 1.211, mientras que el grupo P4 difiere 0.612 y 0.485 con respecto de los grupos P2 y P1. Este estudio es pionero en este campo y evidencia la necesidad de continuar con investigaciones para evaluar el impacto humano sobre la diversidad genética en esta y otras especies ecuatorianas.

2006 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
pp. 83-87 ◽  
Author(s):  
Zhang Xiao-Gu ◽  
Tong Jin-Gou ◽  
Xiong Bang-Xi

AbstractThe microsatellite, or short sequence repeat (SSR), is a powerful genetic marker, useful in many areas of fish genetics and breeding. Polymorphic microsatellite loci have been frequently applied to the analysis of genetic diversity, population genetic structure, and genomic mapping. These co-dominant markers have also been applied to the classification and systematics, parentage identification, germplasm conservation, and breeding programme of food fish.


1996 ◽  
Vol 97 (5) ◽  
pp. 568-572 ◽  
Author(s):  
Thomas Eggermann ◽  
Hartmut Engels ◽  
Barbara Moskalonek ◽  
Markus M. Nöthen ◽  
Jutta Müller-Navia ◽  
...  

BMC Genomics ◽  
2016 ◽  
Vol 17 (1) ◽  
Author(s):  
Helen N. Catanese ◽  
Kelly A. Brayton ◽  
Assefaw H. Gebremedhin

2001 ◽  
Vol 67 (1) ◽  
pp. 354-362 ◽  
Author(s):  
Treena Burgess ◽  
Michael J. Wingfield ◽  
Brenda W. Wingfield

ABSTRACT Sphaeropsis sapinea is a fungal endophyte ofPinus spp. that can cause disease following predisposition of trees by biotic or abiotic stresses. Four morphotypes of S. sapinea have been described from within the natural range of the fungus, while only one morphotype has been identified on exotic pines in the Southern Hemisphere. The aim of this study was to develop robust polymorphic markers that could be used in both taxonomic and population studies. Inter-short-sequence-repeat primers containing microsatellite sequences and degenerate anchors at the 5′ end were used to target microsatellite-rich areas in an S. sapinea isolate. PCR amplification using an annealing temperature of 49°C resulted in profiles containing 5 to 10 bands. These bands were cloned and sequenced, and new short-sequence-repeat (SSR) primer pairs were designed that flanked microsatellite-rich regions. Eleven polymorphic SSR markers were tested on 40 isolates of S. sapinearepresenting different morphotypes as well as on 2 isolates of the closely related species Botryosphaeria obtusa. The putative I morphotype was found to be identical to B. obtusa. Otherwise, the markers clearly distinguished the remaining three morphotypes and, furthermore, showed that the C morphotype was more closely related to the A than the B morphotype. The B morphotype was the most genetically diverse, and the isolates could be further divided based on their geographic origins. Sequencing of different alleles from each locus showed that the most polymorphic markers had mutations within a microsatellite sequence.


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