Las células contienen información determinada por el genoma propio del organismo al que pertenecen, lo cual le permite el desarrollo y diferenciación propios de su especie, en este sentido la información epigenética constituye una capa adicional de información reguladora que vuelve más complejos los procesos celulares. La metilación del DNA es la marca epigenética de inactivación más conocida y como el proceso reversible que es, consiste en un fenómeno dinámico que cambia durante la vida de la célula. Los cambios epigenéticos inciden directamente en la conformación que adquiere la cromatina, con lo que se regula el cómo se expresen los genes y su actividad, a su vez, depende de modificaciones postraduccionales en las proteínas histonas. Las histonas al igual que el DNA también pueden presentar modificaciones epigenéticas.El cáncer es una patología heterogénea que durante mucho tiempo se creyó era el resultado únicamente de la adquisición de mutaciones genéticas o rearreglos cromosómicos, que desembocaban en la pérdida del funcionamiento de genes encargados de evitar el crecimiento celular descontrolado y de la desregulación de la actividad de genes encargados de promover la proliferación. No obstante, la expresión adecuada de los genes es fundamental para mantener el fenotipo celular normal, y el control de dicha expresión va más allá de la sola presencia de una secuencia genética sin cambio. Sin embargo, las alteraciones epigenéticas que preceden y contribuyen al inicio del desarrollo de un cáncer aún no se conocen de forma precisa.Actualmente la metilación de DNA es la principal marca epigenética más ampliamente estudiada. La diversidad en el uso de técnicas para realizar este cometido va desde métodos sencillos como el uso de enzimas de restricción sensibles a la metilación, para digerir DNA genómico y analizar pequeñas regiones de DNA, pasando por el uso de bisulfito de sodio para analizar el estado de metilación en las citosinas hasta los métodos actuales de secuenciación a gran escala que permiten el análisis simultaneo de gran cantidad de muestras y de amplias regiones del genoma completo, llegando a analizar hasta 3 millones de variantes genéticas en un individuo. A la par, se ha desarrollado software especializado en epigenética, permitiendo conocer la ubicación de sitios de metilación para luego hacer su búsqueda en muestras biológicas y se han desarrollado programas complejos para el análisis de datos masivos obtenidos a través del uso de plataformas basadas en hibridación (microarreglos) y la secuenciación masiva con diversas afinidades (DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, FAIRE-seq, ATAC-seq, MeDIP-seq, MBD-seq) y WGBS. Los cambios epigenéticos aberrantes en el cáncer pueden ser evidentes desde etapas tempranas, lo que ha llevado a pensar que, esta desregulación precede de hecho a los eventos tumorales transformadores preliminares clásicos (mutaciones de supresores y/o protooncogenes e inestabilidad genómica). Entre las alteraciones epigenéticas más reconocidas en los tumores está el silenciamiento asociado a hipermetilación de islas CpG en los promotores de los genes supresores como CDKN2A y RASSF1.Aunado a esto, los miRNAs también pueden actuar como supresores u oncogenes en diferentes tipos de cáncer. Es por esto que, las modificaciones epigenéticas son un componente importante en la etiología del cáncer y debido a su reversibilidad constituyen blancos terapéuticos prometedores para diagnostico o tratamiento y potencial como posibles biomarcadores.