scholarly journals Identification of a Novel Heterozygous Missense Mutation in theCACNA1FGene in a Chinese Family with Retinitis Pigmentosa by Next Generation Sequencing

2015 ◽  
Vol 2015 ◽  
pp. 1-7 ◽  
Author(s):  
Qi Zhou ◽  
Jingliang Cheng ◽  
Weichan Yang ◽  
Mousumi Tania ◽  
Hui Wang ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Retinitis Pigmentosa ◽  
Missense Mutation ◽  
Clinical Signs ◽  
Chinese Family ◽  
Next Generation ◽  
Heterozygous Missense Mutation ◽  
Peripheral Leukocytes ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

Background.Retinitis pigmentosa (RP) is an inherited retinal degenerative disease, which is clinically and genetically heterogeneous, and the inheritance pattern is complex. In this study, we have intended to study the possible association of certain genes with X-linked RP (XLRP) in a Chinese family.Methods.A Chinese family with RP was recruited, and a total of seven individuals were enrolled in this genetic study. Genomic DNA was isolated from peripheral leukocytes, and used for the next generation sequencing (NGS).Results.The affected individual presented the clinical signs of XLRP. A heterozygous missense mutation (c.1555C>T, p.R519W) was identified by NGS in exon 13 of theCACNA1Fgene on X chromosome, and was confirmed by Sanger sequencing. It showed perfect cosegregation with the disease in the family. The mutation at this position in theCACNA1Fgene of RP was found novel by database searching.Conclusion.By using NGS, we have found a novel heterozygous missense mutation (c.1555C>T, p.R519W) inCACNA1Fgene, which is probably associated with XLRP. The findings might provide new insights into the cause and diagnosis of RP, and have implications for genetic counseling and clinical management in this family.

scholarly journals Whole Exome Sequencing Reveals Genetic Predisposition in a Large Family with Retinitis Pigmentosa

2014 ◽  
Vol 2014 ◽  
pp. 1-6 ◽  
Author(s):  
Juan Wu ◽  
Lijia Chen ◽  
Oi Sin Tam ◽  
Xiu-Feng Huang ◽  
Chi-Pui Pang ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Retinitis Pigmentosa ◽  
Exome Sequencing ◽  
Whole Exome Sequencing ◽  
Direct Sequencing ◽  
Genetic Defect ◽  
Chinese Family ◽  
Next Generation ◽  
Whole Exome ◽  
Generation Sequencing

Next-generation sequencing has become more widely used to reveal genetic defect in monogenic disorders. Retinitis pigmentosa (RP), the leading cause of hereditary blindness worldwide, has been attributed to more than 67 disease-causing genes. Due to the extreme genetic heterogeneity, using general molecular screening alone is inadequate for identifying genetic predispositions in susceptible individuals. In order to identify underlying mutation rapidly, we utilized next-generation sequencing in a four-generation Chinese family with RP. Two affected patients and an unaffected sibling were subjected to whole exome sequencing. Through bioinformatics analysis and direct sequencing confirmation, we identified p.R135W transition in the rhodopsin gene. The mutation was subsequently confirmed to cosegregate with the disease in the family. In this study, our results suggest that whole exome sequencing is a robust method in diagnosing familial hereditary disease.

Next-Generation Sequencing: Quantensprung für Forschung und Diagnostik in der Ophthalmologie

2017 ◽  
Vol 234 (03) ◽  
pp. 280-288 ◽  
Author(s):  
H. Bolz
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Retinitis Pigmentosa ◽  
Next Generation ◽  
Molekulargenetische Diagnostik ◽  
Genetische Heterogenität ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

ZusammenfassungViele Augenerkrankungen können erblich bedingt sein und weisen oft eine ausgeprägte genetische Heterogenität auf, d. h. sie können durch Mutationen in vielen verschiedenen Genen verursacht werden. Dies trifft besonders auf die Netzhautdystrophien zu: Mehr als 200 Gene sind für die isolierten Formen (z. B. Lebersche kongenitale Amaurose, Retinitis pigmentosa, Zapfen-Stäbchen-Dystrophie, kongenitale stationäre Nachtblindheit) und für Syndrome, bei denen zusätzlich Dysfunktionen oder Fehlbildungen anderer Organsysteme vorliegen, bekannt. Die gezielte Auswahl einzelner Gene für die Diagnostik war bislang schwierig und ihre Analyse mit der DNA-Sequenzierung nach der Sanger-Methode extrem aufwendig: Das Krankheitsbild lässt selten einen Rückschluss auf das betroffene Gen zu, und die Häufigkeiten von Mutationen der einzelnen Gene etwa bei der LCA waren nur unzureichend bekannt. Umfassende molekulargenetisch-diagnostische Abklärungen waren daher in den meisten Fällen nicht möglich. Die unter dem Sammelbegriff Next-Generation Sequencing (NGS) zusammengefassten Verfahren der Hochdurchsatzsequenzierung haben innerhalb weniger Jahre zunächst die humangenetische Forschung und dann die molekulargenetische Diagnostik revolutioniert. Dies hat weitreichende Implikationen für die individuelle Betreuung und Beratung von Patienten mit erblichen Augenerkrankungen und deren Familien.

Bardet-Biedl-Syndrom – Diagnose und klinischer Verlauf

2020 ◽  
Vol 237 (03) ◽  
pp. 239-247 ◽  
Author(s):  
Klaus Rohrschneider ◽  
Hanno Jörn Bolz
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Retinitis Pigmentosa ◽  
Next Generation ◽  
Klinischer Verlauf ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

ZusammenfassungDas Bardet-Biedl-Syndrom (BBS) ist eine seltene, erblich bedingte Ziliopathie, bei der neben einer Netzhautdystrophie, meist in Form einer Stäbchen-Zapfen-Dystrophie (Retinitis pigmentosa, RP), zahlreiche weitere Symptome bestehen, vor allem Stammfettsucht, Polydaktylie, Nierenveränderungen und Lernbehinderung bzw. Intelligenzminderung. Mindestens 25 ursächliche Gene, die für Proteine mit wichtiger Rolle bei Entwicklung und Funktion primärer Zilien kodieren, sind bisher bekannt. Die Störung der mit zahlreichen Entwicklungssignalwegen assoziierten Zilien erklärt die in unterschiedlichen Organen auftretenden Symptome. Aufgrund der ursächlichen Beteiligung so vieler Gene ist das BBS eine Erkrankung, bei der Ärzte in besonderem Maße von neuen Methoden der molekulargenetischen Diagnostik profitieren: Durch Next-Generation Sequencing (NGS) können alle krankheitsrelevanten Gene im Rahmen einer sogenannten „Panelanalyse“ parallel untersucht werden. Signifikante Genotyp-Phänotyp-Korrelationen hinsichtlich der Art der Netzhautbeteiligung bestehen nicht. Neben der klassischen autosomal-rezessiven Vererbung wurden oligogene oder triallelische Vererbungsformen, bei denen die Erkrankung aus einem kombinierten Effekt verschiedener Allele in mehreren Genen resultiert, beschrieben. Nach heutigem Kenntnisstand, der zunehmend aus großen NGS-Studien gespeist wird, spielen Letztere aber keine (wesentliche) Rolle. Mangels kausaler Therapieansätze beschränkt sich die augenärztliche Behandlung auf eine umfassende Rehabilitation mit vergrößernden Sehhilfen sowie die Versorgung mit Langstock und dem Training von lebenspraktischen Fähigkeiten.

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