This paper is intended to describe how the integration of religion and science is done through the practice of PAI learning. This was done because there is a strong presumption in the wider community who say that religion and science are the two entities that can not be met. Both have their respective territories, separated from each other, in terms of formal-material objects, research methods, criteria of truth, the role played by scientists. There is also a view that science and religion stand at their respective position, because science rely on empirically supported data to ascertain what is real and what is not, contrary religion ready to accept the supernatural and certainly not only be based on tangible variables of faith and the belief that religion and science must coexist independently of each other, because even though there are similarities in their mission, the fundamental difference between the two present a conflict that will resonate on each core. Tulisan ini ditujukan untuk mendeskripsikan bagaimana integrasi agama dan sains dilakukan melalui praktik pembelajaran PAI. Hal itu dilakukan karena ada anggapan yang kuat dalam masyarakat luas yang mengatakan bahwa agama dan ilmu adalah dua entitas yang tidak dapat dipertemukan. Keduanya mempunyai wilayah masing-masing, terpisah antara satu dan lainnya, baik dari segi objek formalmaterial, metode penelitian, kriteria kebenaran, peran yang dimainkan oleh ilmuwan. Ada juga yang memandang bahwa sains dan agama berdiri pada posisinya masingmasing, karena bidang ilmu mengandalkan data yang didukung secara empiris untuk memastikan apa yang nyata dan apa yang tidak, agama sebaliknya siap menerima yang gaib dan tidak pasti hanya didasarkan pada variabel berwujud dari iman dan kepercayaan bahwa agama dan sains harus hidup berdampingan independen satu sama lain, sebab meskipun ada kesamaan dalam misi mereka, perbedaan mendasar antarakeduanya menyajikan sebuah konflik yang akan beresonansi pada inti masingmasing.