scholarly journals Pharmacophore modeling and virtual screening studies for discovery of novel farnesoid X receptor (FXR) agonists

RSC Advances ◽  
2021 ◽  
Vol 11 (4) ◽  
pp. 2158-2166
Author(s):  
Shizhen Zhao ◽  
Wenjing Peng ◽  
Xinping Li ◽  
Le Wang ◽  
Wenbo Yin ◽  
...  
Keyword(s):  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Farnesoid X Receptor ◽  
Pharmacophore Mapping

In this study, we have employed an integrated virtual screening by combining ligand-based pharmacophore mapping and molecular docking to identify novel nonsteroidal FXR agonists.

scholarly journals Ligand-based pharmacophore modeling, virtual screening and biological evaluation to identify novel TGR5 agonists

RSC Advances ◽  
2021 ◽  
Vol 11 (16) ◽  
pp. 9403-9409
Author(s):  
Shizhen Zhao ◽  
Xinping Li ◽  
Wenjing Peng ◽  
Le Wang ◽  
Wenling Ye ◽  
...  
Keyword(s):  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Biological Evaluation ◽  
Pharmacophore Mapping

The ligand-based virtual screening combined with pharmacophore mapping and molecular docking was performed to identify novel nonsteroidal TGR5 agonists.

scholarly journals Structure based pharmacophore modeling, virtual screening, molecular docking and ADMET approaches for identification of natural anti-cancer agents targeting XIAP protein

2021 ◽  
Vol 11 (1) ◽  
Author(s):  
Firoz A. Dain Md Opo ◽  
Mohammed M. Rahman ◽  
Foysal Ahammad ◽  
Istiak Ahmed ◽  
Mohiuddin Ahmed Bhuiyan ◽  
...  
Keyword(s):  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Md Simulation ◽  
Pharmacophore Model ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Drug Candidate ◽  
Inhibitor Of Apoptosis ◽  
Inhibitor Of Apoptosis Protein ◽  
Apoptosis Protein ◽  
Apoptosis Process

AbstractX-linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) is a member of inhibitor of apoptosis protein (IAP) family responsible for neutralizing the caspases-3, caspases-7, and caspases-9. Overexpression of the protein decreased the apoptosis process in the cell and resulting development of cancer. Different types of XIAP antagonists are generally used to repair the defective apoptosis process that can eliminate carcinoma from living bodies. The chemically synthesis compounds discovered till now as XIAP inhibitors exhibiting side effects, which is making difficulties during the treatment of chemotherapy. So, the study has design to identifying new natural compounds that are able to induce apoptosis by freeing up caspases and will be low toxic. To identify natural compound, a structure-based pharmacophore model to the protein active site cavity was generated following by virtual screening, molecular docking and molecular dynamics (MD) simulation. Initially, seven hit compounds were retrieved and based on molecular docking approach four compounds has chosen for further evaluation. To confirm stability of the selected drug candidate to the target protein the MD simulation approach were employed, which confirmed stability of the three compounds. Based on the finding, three newly obtained compounds namely Caucasicoside A (ZINC77257307), Polygalaxanthone III (ZINC247950187), and MCULE-9896837409 (ZINC107434573) may serve as lead compounds to fight against the treatment of XIAP related cancer, although further evaluation through wet lab is necessary to measure the efficacy of the compounds.

Υπολογιστικά εργαλεία για την αναζήτηση νέων βιοδραστικών ενώσεων σε επιλεγμένους πρωτεϊνικούς στόχους

2017 ◽  
Author(s):  
Ευτυχία Κρίτση
Keyword(s):  
Molecular Dynamics ◽  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Molecular Dynamics Simulations ◽  
In Silico ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Lead Optimization ◽  
Dynamics Simulations ◽  
Hiv 1

Στην παρούσα διατριβή πραγματοποιήθηκε εκτενής μελέτη για την αναζήτηση πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων (hits) από χημικές βιβλιοθήκες για τρείς βιολογικούς στόχους, μέσω της εφαρμογής εμπορικά διαθέσιμων in silico τεχνικών και μεθοδολογιών.Οι στόχοι που επιλέχθηκαν ανήκουν σε διαφορετικές κατηγορίες πρωτεϊνών με μεγάλο φαρμακευτικό ενδιαφέρον, που όμως παρουσιάζουν διαφορετικό επίπεδο ωριμότητας όσον αφορά την εφαρμογή υπολογιστικών εργαλείωνγια την ανακάλυψη νέων φαρμακευτικών ενώσεων. Συγκεριμένα, οι στόχοι που μελετήθηκαν είναι οι ακόλουθοι:•το ένζυμο της 14-α διμεθυλάσης της λανοστερόλης (CYP51) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων με αντιμικροβιακές ιδιότητες,•το ένζυμο της HIV τύπου 1 πρωτεάσης (HIV-1 PR) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων με αντι-HIV δράση,•ο διαμεμβρανικός υποδοχέας της Αγγειοτασίνης ΙΙ (ΑΤ1) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών με αντιυπερτασική δράσηΟι κυριότερες τεχνικές που χρησιμοποιήθηκαν για την αναζήτηση πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων περιλαμβάνουν την Εικονική Σάρωση (Virtual Screening) με χρήση Φαρμακοφόρων Μοντέλων (Pharmacophore modeling), τη Μοριακή Πρόσδεση (Molecular Docking), την πρόβλεψη μοριακών ιδιοτήτων καθώς και Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής (Molecular Dynamics Simulations). Η στρατηγική που ακολουθήθηκε διαφέρει σημαντικά ανά στόχο όσον αφορά τη μεθοδολογική προσέγγιση και την επιλογή των υπολογιστικών εργαλείων-αλγορίθμων, δίνοντας έμφαση στη συμπληρωματικότητα των αποτελεσμάτων τους. Για την ανάδειξη των πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων, πραγματοποιήθηκαν in vitro βιολογικές δοκιμές των ενώσεων που προτάθηκαν μέσω των υπολογιστικών τεχνικών. Οι ενώσεις που επιλέχθηκαν παρουσίασαν ανασταλτική δράση (ή συγγένεια πρόσδεσης) σε ικανοποιητικό εύρος τιμών 102 nM–μΜ για να χαρακτηριστούν πρόδρομες βιοδραστικές. Μείζονος σημασίας είναι και το γεγονός ότι οι δομικοί σκελετοί των προτεινόμενων ενώσεων για κάθε στόχο, είναι διαφορετικοί τόσο μεταξύ τους όσο και συγκρινόμενοι με τα υφιστάμενα φαρμακευτικά μόρια. Ως εκ τούτου, μπορούν να αποτελέσουν κατάλληλα "υποστρώματα" για το επόμενο στάδιο που αφορά τη βελτιστοποίησή τους προς ενώσεις-οδηγούς (hit to lead optimization) και δυνητικά προς νέα φαρμακευτικά προϊόντα.

scholarly journals Molecular docking, pharmacophore based virtual screening and molecular dynamics studies towards the identification of potential leads for the management of H. pylori

RSC Advances ◽  
2019 ◽  
Vol 9 (45) ◽  
pp. 26176-26208 ◽  
Author(s):  
Manoj G. Damale ◽  
Rajesh B. Patil ◽  
Siddique Akber Ansari ◽  
Hamad M. Alkahtani ◽  
Abdulrahman A. Almehizia ◽  
...  
Keyword(s):  
Molecular Dynamics ◽  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Md Simulations ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Gastric Ulcers ◽  
Computational Approaches ◽  
Gastric Cancers ◽  
H Pylori

Computational approaches such as pharmacophore modeling, virtual screening and MD simulations were explored to find the potential hits as H. pylori specific panC inhibitors for the management of gastric ulcers and gastric cancers.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document