scholarly journals Reply: Comment on ‘KRAS and BRAF mutations are prognostic biomarkers in patients undergoing lung metastasectomy of colo-rectal cancer’

2015 ◽  
Vol 113 (11) ◽  
pp. 1637-1638
Author(s):  
Stéphane Renaud ◽  
Pierre-Emmanuel Falcoz ◽  
Benoit Romain ◽  
Anne Olland ◽  
Nicola Santelmo ◽  
...  
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
Prognostic Biomarkers ◽  
Braf Mutations ◽  
Lung Metastasectomy

scholarly journals KRAS and BRAF mutations are prognostic biomarkers in patients undergoing lung metastasectomy of colorectal cancer

2015 ◽  
Vol 112 (4) ◽  
pp. 720-728 ◽  
Author(s):  
S Renaud ◽  
B Romain ◽  
P-E Falcoz ◽  
A Olland ◽  
N Santelmo ◽  
...  
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Prognostic Biomarkers ◽  
Braf Mutations ◽  
Lung Metastasectomy

scholarly journals F-077 * KRAS AND BRAF MUTATIONS ARE PROGNOSTIC BIOMARKERS IN PATIENTS UNDERGOING LUNG METASTASECTOMY OF COLORECTAL CANCER

2014 ◽  
Vol 18 (suppl 1) ◽  
pp. S20-S20
Author(s):  
S. Renaud ◽  
B. Romain ◽  
P. E. Falcoz ◽  
A. Olland ◽  
N. Santelmo ◽  
...  
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Prognostic Biomarkers ◽  
Braf Mutations ◽  
Lung Metastasectomy

Predictive and prognostic biomarkers with therapeutic targets in colorectal cancer: A 2021 update on current development, evidence, and recommendation

2021 ◽  
pp. 107815522110055
Author(s):  
Clement Chung
Keyword(s):  
Checkpoint Inhibitors ◽  
Therapeutic Targets ◽  
Growth Factor Receptor ◽  
Predictive Biomarkers ◽  
Tumor Location ◽  
Prognostic Biomarkers ◽  
Her2 Gene ◽  
Braf Mutations ◽  
Therapeutic Implications ◽  
Molecular Alterations

Although therapeutically actionable molecular alterations are widely distributed across many cancer types, only a handful of them show evidence of clinical utility and are recommended for routine clinical practice in the management of cancers of colon and rectum (CRC). This 2021 update aims to provide a succinct summary on the use of prognostic and/or predictive biomarkers (expanded RAS, BRAF, microsatellite-high [MSI-H] or deficient mismatch repair [dMMR], neurotrophic tyrosine receptor kinase [ NTRK] fusion genes, and human epidermal growth factor receptor type II [ HER2] gene amplification) associated with CRC. Therapeutic implications of each relevant predictive or prognostic biomarker for patients with CRC are described, along with discussion on new developments on (1) biomarker-driven therapies such as testing of BRAF, MLH1 promoter methylation and MMR germline genes in differentiating sporadic CRC or hereditary conditions such as Lynch syndrome; (2) first-line use of immune checkpoint inhibitors in metastatic CRC; (3) risk stratification and therapy selection based on primary tumor location (left-sided vs. right-sided colon cancer); (3) atypical BRAF mutations; (4) use of EGFR directed therapy in the perioperative oligometastatic disease setting; (5) re-challenge of EGFR directed therapy and (6) personalizing therapy of fluoropyrimidine and irinotecan based on new evidence in pharmacogenomic testing. Data are collected and analyzed from available systematic reviews and meta-analyses of treatments with known therapeutic targets in CRC, which may be associated with predictive and/or prognostic biomarkers. Discussions are presented in an application-based format, with goal to empower pharmacists or other clinicians to gain awareness and understanding in biomarker-driven cancer therapy issues.

EXPERT-C: A randomized phase II European multicenter trial of neoadjuvant chemotherapy (capecitabine/oxaliplatin) and chemoradiation (CRT) with or without cetuximab followed by total mesorectal excision (TME) in patients with MRI-defined high-risk rectal cancer.

2011 ◽  
Vol 29 (4_suppl) ◽  
pp. 360-360 ◽  
Author(s):  
A. Dewdney ◽  
D. Cunningham ◽  
J. Tabernero ◽  
B. Glimelius ◽  
A. Cervantes ◽  
...  
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
High Risk ◽  
Neoadjuvant Chemotherapy ◽  
Performance Status ◽  
Rectal Adenocarcinoma ◽  
Complete Response ◽  
R0 Resection ◽  
Wild Type ◽  
Braf Mutations ◽  
Secondary Endpoints

360 Background: We previously demonstrated the feasibility of administering neoadjuvant chemotherapy before CRT and TME in patients with MRI selected poor prognosis rectal cancer (Chua Y J et al Lancet Oncol 2010). This trial evaluates the addition of the anti-EGFR antibody cetuximab to this treatment strategy. KRAS and BRAF mutations have been established as predictive for lack of response to anti-EGFR therapy in metastatic colorectal cancer. Methods: Patients with newly diagnosed, histologically confirmed, MRI defined high risk rectal adenocarcinoma were randomised to receive 4 cycles of capecitabine 1,700mg/m2 with oxaliplatin 130mg/m2 (CAPOX) followed by CRT, 45Gy/25# + 5.4Gy/3# boost with concurrent continuous capecitabine 1,650mg/m2/day, TME and 4 cycles of adjuvant CAPOX (EXPERT) or the same regimen with the addition of cetuximab (400mg/m2 loading dose week 1, followed by 250mg/m2/week) (EXPERT-C). The primary endpoint is complete response (CR) (defined as pathological complete response or radiological complete response in patients who decline surgery) in KRAS and BRAF wild type tumours. Secondary endpoints include radiological response to CRT, CR in both KRAS wild type and mutant patients, R0 resection rates, progression free and overall survival and safety. Results: Between 2005-2008, 165 eligible patients were recruited from 15 centres (EXPERT n=81, EXPERT-C n=84). 99% of patients had performance status 0-1, 98% had ≥ T3 disease, 56% had an involved or threatened circumferential resection margin and 72% had evidence of extramural venous invasion determined by MRI. The current median follow up is 30 months. 72/81 (89%) and 79/84 (94%) of patients completed neoadjuvant CRT and 72/81 (89%) and 77/84 (92%) patients underwent curative-intent surgery on the EXPERT and EXPERT-C arms respectively. Two patients declined surgery. Conclusions: The primary and secondary endpoints will be analyzed in October 2010 and will be presented at the meeting. [Table: see text]

Identification of prognostic biomarkers in metastatic colorectal and locally advanced rectal cancer

2021 ◽  
Author(s):  
Ταξιάρχης-Κωνσταντίνος Νικολουζάκης
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
Locally Advanced ◽  
Micronucleus Assay ◽  
Advanced Rectal Cancer ◽  
Locally Advanced Rectal Cancer ◽  
Prognostic Biomarkers

Ο κολοορθικός καρκίνος (ΚΟΚ) είναι ο τρίτος πιο κοινός τύπος καρκίνου και για τα δύο φύλα και μία από τις κύριες αιτίες θανάτου σχετιζόμενο με καρκίνο παγκοσμίως. Αυτά τα χαρακτηριστικά έχουν προσελκύσει πολλές ερευνητικές ομάδες σε όλο τον κόσμο δημιουργώντας τις κατάλληλες προϋποθέσεις για την επίτευξη σημαντικής προόδου στην αποκάλυψη της υποκείμενης μοριακής βιολογίας, στον εντοπισμό νέων διαγνωστικών test και στην εισαγωγή νέων και εξατομικευμένων θεραπευτικών επιλογών. Ωστόσο, παρά τις πολυάριθμες προσπάθειες για τον εντοπισμό αποτελεσματικών προγνωστικών εργαλείων, τα αποτελέσματα δεν είναι ιδιαίτερα ενθαρρυντικά. Αυτό συμβαίνει γιατί στις περισσότερες μελέτες ο μικρός αριθμός των υπό μελέτη ασθενών δεν επιτρέπει την ασφαλή εξαγωγή συμπερασμάτων. Παράλληλα, το σχετικά υψηλό κόστος αλλά και η πολυπλοκότητα των προτεινόμενων τεχνικών καθιστά αποτρεπτική την εφαρμογή των εν λόγω εργαλείων. Ως εκ τούτου, η τρέχουσα πρακτική στη διαχείριση του ΚΟΚ εξακολουθεί να αξιολογεί την ανταπόκριση των ασθενών κατόπιν ολοκλήρωσης της θεραπείας τους. Αυτό έχει μεγάλη σημασία, καθώς οι ασθενείς που αναπτύσσουν χημειοανθεκτικότητα, θα αναγνωριστούν με μεγάλη καθυστέρηση, αφήνοντας τόσο αυτούς όσο και τα συστήματα υγείας εκτεθειμένους να αντιμετωπίσουν τις περιττές παρενέργειες και το αυξημένο κόστος των αναποτελεσματικών θεραπειών. Έτσι, προκειμένου να βελτιστοποιηθεί η κλινική πρακτική, αναδεικνύεται ως ζωτικής σημασίας η ταυτοποίηση ευαίσθητων και εύχρηστων εργαλείων που θα παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες σχετικά με την πρόγνωση της πορείας κάθε ασθενούς. Τέτοια εργαλεία αναμένεται να ωφελήσουν άμεσα τους ασθενείς με ΚΟΚ και τους κλινικούς ιατρούς (αφού θα είναι σε θέση να διακόψουν μια αναποτελεσματική θεραπεία σε πρώιμο στάδιο) αλλά έμμεσα και το σύστημα υγείας δεδομένης της αποδοτικότερης διαχείρισης των πόρων για την θεραπεία αυτών των ασθενών. Επί πλέον πρέπει να σημειωθεί η δυνατότητα επέκτασης της αξιολόγησης της προγνωστικής αξίας των εργαλείων αυτών και σε άλλους τύπου καρκίνου. Ένας μεγάλος αριθμός δεδομένων δείχνει ότι οι μοριακοί βιοδείκτες είναι πολλά υποσχόμενοι υποψήφιοι για αυτόν τον σκοπό. Έχοντας τα ανωτέρω υπ όψιν, η παρούσα μελέτη επικεντρώθηκε στην διερεύνηση της κλινικής αξίας δύο νέων βιοδεικτών: α) της συχνότητας μικροπυρήνων (ΣΜ) σε 55 ασθενείς με μεταστατικό ΚΟΚ (μΚΟΚ) και 21 με τοπικά προχωρημένο καρκίνο του ορθού (τπΚΟ) χρησιμοποιώντας την τεχνική cytokinesis block micronucleus assay (CBMN) και β) της ενεργότητας τελομεράσης (ΕΤ) σε 23 μΚΟΚ και 5 τπΚΟ ασθενείς χρησιμοποιώντας την τεχνική της TRAP-ELISA. Αυτοί οι βιοδείκτες επιλέχθηκαν βάσει της στενής τους σχέσης με τη χρωμοσωμική αστάθεια και τη διαταραγμένη γενετική λειτουργία, αμφότερα ουσιαστικά γνωρίσματα στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου. Όλοι οι βιοδείκτες αξιολογήθηκαν σε λεμφοκύτταρα περιφερικού αίματος πριν, στο μέσο και στο τέλος της θεραπείας (περίπου 0, 3 και 6 μήνες) για ασθενείς με μΚΟΚ και πριν, στο τέλος της θεραπείας και μετά από χειρουργική επέμβαση για ασθενείς με τπΚΟ. Συνολικά, η ΣΜ έδειξε σημαντική προγνωστική αξία, καθώς μια μείωσή <29% μεταξύ των μεσαίων και των αρχικών μετρήσεων μπορεί να διακρίνει μεταξύ εξελισσόμενης και σταθερής / ανταποκρινόμενης νόσου με ευαισθησία 36% και ειδικότητα 87,0%. Ακόμα φάνηκε να είναι σε θέση να αναγνωρίσει την ανταπόκριση νόσου με ευαισθησία 72,7 % και ειδικότητα 59,3%. Αναφορικά δε με την ΕΤ, δεν αποδείχθηκε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων ανταπόκρισης νόσου σε καμία από τις μετρήσεις (προ της έναρξης της χημειοθεραπείας p = 0.256, στη μέση της χημειοθεραπείας p=0.072, στο τέλος της χημειοθεραπείας p=0.096). Ωστόσο, παρατηρήθηκε ότι στη μέση και τελευταία μέτρηση οι ασθενείς με πρόοδο νόσου είχαν αύξηση της ΕΤ ενώ η σύγκριση των υπολοίπων ομάδων με αυτή την ομάδα (πρόοδος νόσου vs σταθερή νόσος, πρόοδος νόσου vs μερική ανταπόκριση, πρόοδος νόσου vs πλήρης ανταπόκριση) ανέδειξε μια σημαντική τάση στην αύξηση της ΕΤ στους ασθενείς με πρόοδο νόσου (μέση μέτρηση p=0.072, τελική μέτρηση p=0.096). Παρ’ όλα αυτά, δεν κατέστη δυνατή η περαιτέρω στατιστική μελέτη των ασθενών με πρόοδο νόσου στις τρεις φάσεις της χημειοθεραπείας εξ’ αιτίας της απουσίας κανονικής κατανομής των τιμών της ΕΤ πιθανά λόγω του μικρού δείγματος που μελετήσαμε. Συνοπτικά, τα ευρήματα της μελέτης αυτής καταδεικνύουν την αξία της συχνότητας των μικροπυρήνων ως προγνωστικού βιοδείκτη για την παρακολούθηση της ανταπόκρισης στη θεραπεία ασθενών με ΚΟΚ, ενώ η ΕΤ πρέπει να αξιολογηθεί σε μια μεγαλύτερη ομάδα ασθενών για να τεκμηριωθεί η πιθανή μεταβολή της κατά τη διάρκεια της χημειοθεραπείας οπότε και η κλινική της σημασία.

scholarly journals KRAS and BRAF mutations in circulating tumour DNA from locally advanced rectal cancer

2018 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
Author(s):  
Francesco Sclafani ◽  
Ian Chau ◽  
David Cunningham ◽  
Jens C. Hahne ◽  
George Vlachogiannis ◽  
...  
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
Locally Advanced ◽  
Advanced Rectal Cancer ◽  
Locally Advanced Rectal Cancer ◽  
Braf Mutations ◽  
Circulating Tumour Dna

scholarly journals Comparable Performance of Deep Learning–Based to Manual-Based Tumor Segmentation in KRAS/NRAS/BRAF Mutation Prediction With MR-Based Radiomics in Rectal Cancer

2021 ◽  
Vol 11 ◽  
Author(s):  
Guangwen Zhang ◽  
Lei Chen ◽  
Aie Liu ◽  
Xianpan Pan ◽  
Jun Shu ◽  
...  
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
Deep Learning ◽  
Gene Prediction ◽  
Prediction Performance ◽  
Tumor Segmentation ◽  
Braf Mutations ◽  
Test Set ◽  
Comparable Performance ◽  
Mutation Prediction ◽  
Segmentation Models

Radiomic features extracted from segmented tumor regions have shown great power in gene mutation prediction, while deep learning–based (DL-based) segmentation helps to address the inherent limitations of manual segmentation. We therefore investigated whether deep learning–based segmentation is feasible in predicting KRAS/NRAS/BRAF mutations of rectal cancer using MR-based radiomics. In this study, we proposed DL-based segmentation models with 3D V-net architecture. One hundred and eight patients’ images (T2WI and DWI) were collected for training, and another 94 patients’ images were collected for validation. We evaluated the DL-based segmentation manner and compared it with the manual-based segmentation manner through comparing the gene prediction performance of six radiomics-based models on the test set. The performance of the DL-based segmentation was evaluated by Dice coefficients, which are 0.878 ± 0.214 and 0.955 ± 0.055 for T2WI and DWI, respectively. The performance of the radiomics-based model in gene prediction based on DL-segmented VOI was evaluated by AUCs (0.714 for T2WI, 0.816 for DWI, and 0.887 for T2WI+DWI), which were comparable to that of corresponding manual-based VOI (0.637 for T2WI, P=0.188; 0.872 for DWI, P=0.181; and 0.906 for T2WI+DWI, P=0.676). The results showed that 3D V-Net architecture could conduct reliable rectal cancer segmentation on T2WI and DWI images. All-relevant radiomics-based models presented similar performances in KRAS/NRAS/BRAF prediction between the two segmentation manners.

scholarly journals Development and Validation of a Nomogram and a Comprehensive Prognostic Analysis of an LncRNA-Associated Competitive Endogenous RNA Network Based on Immune-Related Genes for Locally Advanced Rectal Cancer With Neoadjuvant Therapy

2021 ◽  
Vol 11 ◽  
Author(s):  
Fang-Ze Wei ◽  
Shi-Wen Mei ◽  
Zhi-Jie Wang ◽  
Jia-Nan Chen ◽  
Hai-Yu Shen ◽  
...  
Keyword(s):  
Rectal Cancer ◽  
Prognostic Model ◽  
Cox Regression ◽  
Locally Advanced ◽  
Neoadjuvant Chemoradiotherapy ◽  
Advanced Rectal Cancer ◽  
Locally Advanced Rectal Cancer ◽  
Prognostic Biomarkers ◽  
Comprehensive Treatment ◽  
Cerna Network

Colorectal cancer (CRC) is a common digestive tract tumor worldwide. In recent years, neoadjuvant chemoradiotherapy (CRT) has been the most comprehensive treatment for locally advanced rectal cancer (LARC). In this study, we explored immune infiltration in rectal cancer (RC) and identified immune-related differentially expressed genes (IRDEGs). Then, we identified response markers in datasets in GEO databases by principal component analysis (PCA). We also utilized three GEO datasets to identify the up- and downregulated response-related genes simultaneously and then identified genes shared between the PCA markers and three GEO datasets. Based on the hub IRDEGs, we identified target mRNAs and constructed a ceRNA network. Based on the ceRNA network, we explored prognostic biomarkers to develop a prognostic model for RC through Cox regression. We utilized the specimen to validate the expression of the two biomarkers. We also utilized LASSO regression to screen hub IRDEGs and built a nomogram to predict the response of LARC patients to CRT. All of the results show that the nomogram and prognostic model offer good prognostic value and that the ceRNA network can effectively highlight the regulatory relationship. hsa-mir-107 and WDFY3-AS2 may be prognostic biomarkers for RC.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document