In Silico Identification and in Vitro Validation of Potential Cholestatic Compounds through 3D Ligand-Based Pharmacophore Modeling of BSEP Inhibitors

2014 ◽  
Vol 27 (5) ◽  
pp. 873-881 ◽  
Author(s):  
Tina Ritschel ◽  
Susanne M. A. Hermans ◽  
Marieke Schreurs ◽  
Jeroen J. M. W. van den Heuvel ◽  
Jan B. Koenderink ◽  
...  
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
In Silico Identification

scholarly journals EST-based in silico identification and in vitro test of antimicrobial peptides in Brassica napus

BMC Genomics ◽  
2015 ◽  
Vol 16 (1) ◽  
Author(s):  
Tao Ke ◽  
Huihui Cao ◽  
Junyan Huang ◽  
Fan Hu ◽  
Jin Huang ◽  
...  
Keyword(s):  
Brassica Napus ◽  
Antimicrobial Peptides ◽  
In Silico ◽  
In Vitro Test ◽  
Vitro Test ◽  
In Silico Identification

In silico identification of viper phospholipaseA2 inhibitors: validation by in vitro, in vivo studies

2011 ◽  
Vol 17 (12) ◽  
pp. 3063-3073 ◽  
Author(s):  
Amit Nargotra ◽  
Sujata Sharma ◽  
Mohd Iqbal Alam ◽  
Zabeer Ahmed ◽  
Asha Bhagat ◽  
...  
Keyword(s):  
In Silico ◽  
In Vivo Studies ◽  
In Silico Identification

In silico identification and in vitro validation of nogalamycin N ‐oxide (NSC116555) as a potent anticancer compound against non–small‐cell lung cancer cells

2018 ◽  
Vol 120 (3) ◽  
pp. 3353-3361 ◽  
Author(s):  
Phongphat Obounchoey ◽  
Lueacha Tabtimmai ◽  
Praphasri Suphakun ◽  
Kannika Thongkhao ◽  
Chatchakorn Eurtivong ◽  
...  
Keyword(s):  
Lung Cancer ◽  
Small Cell Lung Cancer ◽  
Cancer Cells ◽  
Cell Lung Cancer ◽  
In Silico ◽  
Small Cell ◽  
Small Cell Lung ◽  
In Silico Identification ◽  
Anticancer Compound

Υπολογιστικά εργαλεία για την αναζήτηση νέων βιοδραστικών ενώσεων σε επιλεγμένους πρωτεϊνικούς στόχους

2017 ◽  
Author(s):  
Ευτυχία Κρίτση
Keyword(s):  
Molecular Dynamics ◽  
Molecular Docking ◽  
Virtual Screening ◽  
Molecular Dynamics Simulations ◽  
In Silico ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Lead Optimization ◽  
Dynamics Simulations ◽  
Hiv 1

Στην παρούσα διατριβή πραγματοποιήθηκε εκτενής μελέτη για την αναζήτηση πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων (hits) από χημικές βιβλιοθήκες για τρείς βιολογικούς στόχους, μέσω της εφαρμογής εμπορικά διαθέσιμων in silico τεχνικών και μεθοδολογιών.Οι στόχοι που επιλέχθηκαν ανήκουν σε διαφορετικές κατηγορίες πρωτεϊνών με μεγάλο φαρμακευτικό ενδιαφέρον, που όμως παρουσιάζουν διαφορετικό επίπεδο ωριμότητας όσον αφορά την εφαρμογή υπολογιστικών εργαλείωνγια την ανακάλυψη νέων φαρμακευτικών ενώσεων. Συγκεριμένα, οι στόχοι που μελετήθηκαν είναι οι ακόλουθοι:•το ένζυμο της 14-α διμεθυλάσης της λανοστερόλης (CYP51) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων με αντιμικροβιακές ιδιότητες,•το ένζυμο της HIV τύπου 1 πρωτεάσης (HIV-1 PR) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων με αντι-HIV δράση,•ο διαμεμβρανικός υποδοχέας της Αγγειοτασίνης ΙΙ (ΑΤ1) για την αναζήτηση νέων πρόδρομων βιοδραστικών με αντιυπερτασική δράσηΟι κυριότερες τεχνικές που χρησιμοποιήθηκαν για την αναζήτηση πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων περιλαμβάνουν την Εικονική Σάρωση (Virtual Screening) με χρήση Φαρμακοφόρων Μοντέλων (Pharmacophore modeling), τη Μοριακή Πρόσδεση (Molecular Docking), την πρόβλεψη μοριακών ιδιοτήτων καθώς και Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής (Molecular Dynamics Simulations). Η στρατηγική που ακολουθήθηκε διαφέρει σημαντικά ανά στόχο όσον αφορά τη μεθοδολογική προσέγγιση και την επιλογή των υπολογιστικών εργαλείων-αλγορίθμων, δίνοντας έμφαση στη συμπληρωματικότητα των αποτελεσμάτων τους. Για την ανάδειξη των πρόδρομων βιοδραστικών ενώσεων, πραγματοποιήθηκαν in vitro βιολογικές δοκιμές των ενώσεων που προτάθηκαν μέσω των υπολογιστικών τεχνικών. Οι ενώσεις που επιλέχθηκαν παρουσίασαν ανασταλτική δράση (ή συγγένεια πρόσδεσης) σε ικανοποιητικό εύρος τιμών 102 nM–μΜ για να χαρακτηριστούν πρόδρομες βιοδραστικές. Μείζονος σημασίας είναι και το γεγονός ότι οι δομικοί σκελετοί των προτεινόμενων ενώσεων για κάθε στόχο, είναι διαφορετικοί τόσο μεταξύ τους όσο και συγκρινόμενοι με τα υφιστάμενα φαρμακευτικά μόρια. Ως εκ τούτου, μπορούν να αποτελέσουν κατάλληλα "υποστρώματα" για το επόμενο στάδιο που αφορά τη βελτιστοποίησή τους προς ενώσεις-οδηγούς (hit to lead optimization) και δυνητικά προς νέα φαρμακευτικά προϊόντα.

scholarly journals In Silico Identification of an Aryl Hydrocarbon Receptor Antagonist with Biological Activity In Vitro and In Vivo

2014 ◽  
Vol 86 (5) ◽  
pp. 593-608 ◽  
Author(s):  
Ashley J. Parks ◽  
Michael P. Pollastri ◽  
Mark E. Hahn ◽  
Elizabeth A. Stanford ◽  
Olga Novikov ◽  
...  
Keyword(s):  
Biological Activity ◽  
Receptor Antagonist ◽  
Aryl Hydrocarbon Receptor ◽  
In Silico ◽  
Aryl Hydrocarbon ◽  
In Silico Identification ◽  
Aryl Hydrocarbon Receptor Antagonist

In silico identification and in vitro activity of new pancreatic lipase inhibitors

Planta Medica ◽  
2016 ◽  
Vol 81 (S 01) ◽  
pp. S1-S381
Author(s):  
T Buchholz ◽  
A Frank ◽  
G Wolber ◽  
MF Melzig
Keyword(s):  
Pancreatic Lipase ◽  
In Silico ◽  
Vitro Activity ◽  
In Vitro Activity ◽  
In Silico Identification ◽  
Pancreatic Lipase Inhibitors

scholarly journals In Silico Identification and in Vitro Activity of Novel Natural Inhibitors of Trypanosoma brucei Glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase

Molecules ◽  
2015 ◽  
Vol 20 (9) ◽  
pp. 16154-16169 ◽  
Author(s):  
Fabian Herrmann ◽  
Mairin Lenz ◽  
Joachim Jose ◽  
Marcel Kaiser ◽  
Reto Brun ◽  
...  
Keyword(s):  
Trypanosoma Brucei ◽  
In Silico ◽  
Vitro Activity ◽  
In Vitro Activity ◽  
In Silico Identification ◽  
Natural Inhibitors

scholarly journals Human Hyal‑1 – from in silico Pharmacophore Modeling to in vitro Inhibitor Screening

2017 ◽  
Author(s):  
Isabelle Lengers ◽  
Fabian Herrmann ◽  
Samer Haidar ◽  
Joachim Jose
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Inhibitor Screening

scholarly journals Pharmacophore based drug designing of COL7A1; The causative gene of Dystrophic Epidermolysis Bullosa

2021 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
Author(s):  
Yasra Fatima ◽  
Muhammad Aqib Shabbir ◽  
Noor-ul-Ain ◽  
Syeda Izma Makhdoom ◽  
Hamza Saleem-ur-Rehman ◽  
...  
Keyword(s):  
Epidermolysis Bullosa ◽  
In Silico ◽  
Genetic Disorder ◽  
3D Structure ◽  
Pharmacophore Modeling ◽  
Chain Gene ◽  
Causative Gene ◽  
Dystrophic Epidermolysis Bullosa

Epidermolysis Bullosa is a rare genetic disorder that causes skin fragility, trauma induced dissociations of the skin, and painful wound growth. More than 20 types of genes are involved in causing EB as it is a polygenic disease and each gene is involved in a different subtype of EB. Dystrophic Epidermolysis Bullosa (DEB) is one of the subtypes of EB caused by mutations in the COL7A1 (Collagen Type VII Alpha 1 Chain) gene and it affects people from all racial backgrounds. No drug is available for DEB in the market yet. So, it is the need of the hour to come up with a potential inhibitor that could inhibit the faulty protein of COL7A1 gene. Different exons of COL7A1 have been analyzed and exon no 70 to 75 has been selected which were important for mutational point of view. The mutations in it have been identified and verified using various In-silico tools. The 3D structure of the protein has been retrieved using specific exons which were edited and mutations were introduced in it and it was further checked to analyze its stability, toxicity and solubility of the protein. The inhibitors of COL7A1 have been formed using CAAD techniques (pharmacophore modeling) and the best inhibitor of COL7A1 has been further checked to determine its drug-likeness, solubility, its toxicity, and various physiochemical properties. The constructed inhibitor was found to have the best docking results and found to have good ADMET properties. The developed inhibitor construct showing promising results In-silico and it will also show good results if it would be tested in-vitro and in-vivo. Thus, it would be a breakthrough to treat DEB using this inhibitor if this inhibitor is constructed and further tested in-vitro.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document