CRISPR patent decision bodes well for Broad Institute

doi:10.1021/cen-09508-notw2

BASF licenses CRISPR-Cpf1 genome editing technology from the Broad Institute of MIT and Harvard

Focus on Catalysts ◽

10.1016/j.focat.2018.12.045 ◽

2019 ◽

Vol 2019 (1) ◽

pp. 7 ◽

Cited By ~ 1

Keyword(s):

Genome Editing ◽

Broad Institute

Download Full-text

The Broad Institute—Six Years Later

Chemistry & Biology ◽

10.1016/j.chembiol.2010.04.006 ◽

2010 ◽

Vol 17 (4) ◽

pp. 311-312 ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

Alice McCarthy

Keyword(s):

Broad Institute

Download Full-text

First Report of Stem Rot of Stevia Caused by Sclerotinia sclerotiorum in North Carolina

Plant Disease ◽

10.1094/pdis-03-14-0307-pdn ◽

2014 ◽

Vol 98 (10) ◽

pp. 1433-1433 ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

A. Koehler ◽

H. Shew

Keyword(s):

United States ◽

North Carolina ◽

Sclerotinia Sclerotiorum ◽

The United States ◽

Stem Rot ◽

Stem Tissue ◽

Causal Organism ◽

Broad Institute ◽

Stem Lesions ◽

Β Tubulin

Stevia (Stevia rebaundiana Bertoni) is an emerging perennial crop in the United States. The crop is grown for 3 to 5 years with two harvests per growing season. Stevia contains numerous glycosides that are used as a natural noncaloric sweetener, and in 2008 was approved by the USDA as a sugar substitute. In commercial plantings of second-year stevia in North Carolina, diseased plants were observed in April and May of 2013. Diseased plants were observed in several counties in the state in fields that had been planted primarily in a corn-soybean rotation prior to stevia planting. Symptoms included wilting, chlorotic leaves, necrotic leaves at the base of the stem, bleached stem lesions, and dead plants. Symptomatic plants often also had tufts of white hyphae present on stems and large, irregularly shaped 2- to 8-mm black sclerotia frequently were present on the base of the stem. Isolations from infected stem tissue were made on potato dextrose agar amended with 50 μg/ml of streptomycin sulfate and penicillin G. Based on hyphal and sclerotial characteristics, isolates were tentatively identified as Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary (4). Koch's postulates were confirmed on 10-week-old Stevia plants cv. G3 grown in the greenhouse in 10-cm-diameter pots containing a sterile 1:1:1 sand, loam, media mix. Oat grains infested with one isolate obtained from diseased field plants served as the inoculum. Oats were sterilized on three consecutive days, inoculated with colonized agar plugs of S. sclerotiorum, and then incubated at room temperature until they were thoroughly colonized. Three infested oat grains were buried 1 cm deep approximately 2 cm from the base of the plant in each of the six test pots and plants were observed over a 3-week period for symptoms. Symptoms developed on all plants within 5 days of inoculation. Leaves began to wilt, then turned chlorotic and necrotic, with stem lesions and sclerotia present at the base of the plant. Isolations were taken from infected stem tissue and pure cultures were prepared for molecular identification. Uninoculated control plants did not develop symptoms. Pathogen identification was confirmed using universal primers ITS 4,5 and β-tubulin (2,3). Mycelium from the cultured greenhouse stem isolations were grown in potato dextrose broth. Mycelium samples were aspirated and lyophilized prior to DNA extraction. Extracted DNA was amplified through PCR with ITS and β-tubulin primers and sent for sequencing. Sequences were aligned using CLC Workbench. Sequences from ITS45 had 100% identity to S. sclerotiorum GenBank Accession No. KF859933.1, confirming S. sclerotiorum as the causal organism. The β-tubulin sequence was compared against the Broad Institute S. sclerotiorum whole genome shotgun sequence and was confirmed to have 100% identity to the beta tubulin chain (5). This is the first report of S. sclerotiorum on stevia in the United States. Chang et al. (2) reported a stem rot of stevia in Canada and confirmed S. sclerotiorum as the causal organism. References: (1) K. Chang et al. Plant Dis. 81:311, 1997. (2) J. Freeman et al. Eur. J. Plant Pathol. 108:877, 2002. (3) N. L. Glass and G. C. Donaldson. Appl. Environ. Microbiol. 61:1323, 1995. (4) J. E. M. Mordue and P. Holliday. CMI No. 513, 1976. (5) Sclerotinia sclerotiorum Sequencing Project, Broad Institute of Harvard and MIT. Online: http://www.broadinstitute.org/ , accessed July 16, 2014.

Download Full-text

Επιδημιολογική και μοριακή μελέτη ασθενών με διάγνωση μελανώματος σε νεαρή ηλικία (<40 ετών)

10.12681/eadd/42725 ◽

2018 ◽

Author(s):

Μιχαέλα Πλάκα-Τιμόφτε

Keyword(s):

Broad Institute

Το μελάνωμα είναι ένας καρκινικός όγκος που προέρχεται από τα μελανοκύτταρα του δέρματος. Τις τελευταίες τρεις δεκαετίες η διάγνωση του στους Καυκάσιους πληθυσμούς έχει αυξηθεί πάρα πολύ. Σήμερα αποτελεί το 3% του συνόλου των καρκίνων και η αυξανόμενη συχνότητά του παγκοσμίως το καθιστούν ένα από τα ταχύτερα εξαπλούμενα κακοήθη νοσήματα στο άνθρωπο, γεγονός για το οποίο πολλοί το αποκαλούν επιδημιολογικό φαινόμενο. Το δερματικό μελάνωμα οφείλεται στην αλληλεπίδραση πολλών και διάφορων φαινοτυπικών, γενετικών και περιβαλλοντικών παραγόντων. Το ανοιχτόχρωμο δέρμα, ο αριθμός εγκαυμάτων, η αυξημένη διαλείπουσα έκθεση στην υπεριώδη ακτινοβολία και οι πολλαπλοί ή δυσπλαστικοί σπίλοι αποτελούν τους ισχυρότερους προδιαθεσικούς παράγοντες. Τα γονίδια συμβάλλουν στην προδιάθεση της νόσου κατά το 18 με 55% και η γενετική βάση του δερματικού μελανώματος είναι πολύπλοκη με τη συμμετοχή γονιδίων υψηλής (CDKN2A και CDK4) και χαμηλής διεισδυτικότητας (MC1R, ASIP, OCA2 κι άλλα). Κυρίως μεταλλάξεις τύπου μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών των προαναφερόμενων γονιδίων σχετίζονται με την ανάπτυξη της νόσου. Σκοπός της παρούσας διατριβής είναι αφενός να διερευνηθούν διάφοροι προδιαθεσικοί παράγοντες, ατομικοί, οικογενειακοί, γενετικοί και περιβαλλοντικοί, στην ανάπτυξη του δερματικού μελανώματος καθώς και να μελετηθεί η επιρροή τους στα νεαρά άτομα και αφετέρου να διερευνηθεί η υπερέκφραση πολυμορφισμών των γονιδίων χαμηλής και υψηλής διεισδυτικότητας στα νεαρά άτομα κάτω των ή 40 ετών σε σύγκριση με άτομα άνω των 40 ετών.Όσον αφορά τον πρώτο στόχο της διατριβής, σχετικά με τους επιδημιολογικούς παράγοντες, πραγματοποιήσαμε μια αναδρομική ανάλυση 872 ασθενών με δερματικό μελάνωμα που προσήλθαν στο Ογκολογικό Τμήμα ,στο Ιατρείο Σπίλων και Μελανώματος του Νοσοκομείου Δερματικών & Αφροδισίων Νοσημάτων Αθηνών «Ανδρέας Συγγρός». Από όλους τους ασθενείς έγινε λήψη του ιστορικού, συλλογή και επεξεργασία των απαραίτητων στοιχείων. Ενώ για το δεύτερο στόχο της διατριβής, σχετικά με την έκφραση πολυμορφισμών, υλοποιήσαμε μια μοριακή μελέτη για 787 ασθενείς που προσήλθαν στο ίδιο Ιατρείο. Αρχικά έγινε λήψη αίματος και απομόνωση του ολικού DNA από τα κύτταρα αίματος και έπειτα τα δείγματα στάλθηκαν σε εργαστήριο του Broad Institute του MIT για αλληλούχιση των εξωνίων και εντοπισμό πολυμορφισμών. Όλα τα δεδομένα υποβλήθηκαν σε στατιστική ανάλυση.Στο επιδημιολογικό κομμάτι της διατριβής μας βρήκαμε ότι όλο και περισσότερες γυναίκες νεαρής ηλικίας διαγιγνώσκονται με δερματικό μελάνωμα. Μέσω της στατιστικής ανάλυσης ορίσαμε ως παράγοντες κινδύνου για ανάπτυξη μελανώματος σε νεαρή ηλικία κάτω των 40 ετών τον φωτότυπο ΙΙ κατά Fitzpatrick, τον αυξημένο αριθμό σπίλων και τα ηλιακά εγκαύματα σε παιδική και εφηβική ηλικία.Στο κομμάτι της μοριακής μας μελέτης βρήκαμε ότι ο πολυμορφισμός Arg151Cys του υποδοχέα της μελανοκορτίνης MCIR, ο διαγονιδιακός πολυμορφισμός rs10739221 και ο διαγονιδιακός πολυμορφισμός rs7023329 υπερεκφράζονται σε νεαρά άτομα κάτω των ή 40 ετών. Δε βρέθηκε καμιά συσχέτιση της νεαρής ηλικίας με μεταλλάξεις του γονιδίου υψηλής διεισδυτικότητας CDKN2A. Συμπερασματικά, τα επιδημιολογικά μας αποτελέσματα είναι σε συμφωνία με πολλές μελέτες παγκοσμίως και έρχονται να εμπλουτίσουν τη φτωχή έρευνα στον ελληνικό πληθυσμό. Αντιθέτως, αν και γενετικές μελέτες έχουν δημοσιεύσει ένα μεγάλο αριθμό πολυμορφισμών που σχετίζονται με το δερματικό μελάνωμα, η εργασία μας κατέληξε σε ελάχιστες συσχετίσεις. Όμως η παρούσα διατριβή είναι μια από τις πρώτες μοριακές αναλύσεις εξωνίων σε Έλληνες ασθενείς με δερματικό μελάνωμα και αποτελεί ένα βασικό λίθο στη μελλοντική έρευνα.

Download Full-text

Further investigation of the potential anti-neoplastic, anti-inflammatory and immunomodulatory actions of phenoxybenzamine using the Broad Institute CLUE platform

10.1101/767392 ◽

2019 ◽

Author(s):

Mario A. Inchiosa

Keyword(s):

Gene Expression ◽

Histone Deacetylase ◽

Histone Deacetylase Inhibitors ◽

Glycogen Synthase ◽

Human Tumor ◽

Gene Expression Signature ◽

Broad Institute ◽

Adrenergic Antagonist ◽

Gene Expression Signatures ◽

Anti Inflammatory

AbstractPrevious clinical studies with the FDA-approved alpha-adrenergic antagonist, phenoxybenzamine, showed apparent efficacy to reverse the symptoms and disabilities of the neuropathic condition, Complex Regional Pain Syndrome; also, the anatomic spread and intensity of this syndrome has a proliferative character and it was proposed that phenoxybenzamine may have an anti-inflammatory, immunomodulatory mode of action. A previous study gave evidence that phenoxybenzamine had anti-proliferative activity in suppression of growth in several human tumor cell cultures. The same report demonstrated that the drug possessed significant histone deacetylase inhibitory activity. Utilizing the Harvard/Massachusetts Institute of Technology Broad Institute genomic database, CLUE, the present study suggests that the gene expression signature of phenoxybenzamine in malignant cell lines is consistent with anti-inflammatory/immunomodulatory activity and suppression of tumor expansion by several possible mechanisms of action. Of particular note, phenoxybenzamine demonstrated signatures that were highly similar to those with glucocorticoid agonist activity. Also, gene expression signatures of phenoxbenzamine were consistent with several agents in each case that were known to suppress tumor proliferation, notably, protein kinase C inhibitors, Heat Shock Protein inhibitors, epidermal growth factor receptor inhibitors, and glycogen synthase kinase inhibitors. Searches in CLUE also confirmed the earlier observations of strong similarities between gene expression signatures of phenoxybenzamine and several histone deacetylase inhibitors.

Download Full-text