Matrix-assisted laser desorption/ionization detection of polymerase chain reaction products by utilizing the 5?-3? exonuclease activity ofThermus aquaticus DNA polymerase

2003 ◽  
Vol 17 (6) ◽  
pp. 532-537 ◽  
Author(s):  
N. R. Isola ◽  
Z. Liu ◽  
S. L. Allman ◽  
N. I. Taranenko ◽  
Y. Kong ◽  
...  
Keyword(s):  
Dna Polymerase ◽  
Laser Desorption ◽  
Exonuclease Activity ◽  
Laser Desorption Ionization ◽  
Reaction Products ◽  
Chain Reaction ◽  
Desorption Ionization ◽  
Polymerase Chain ◽  
Matrix Assisted Laser ◽  
Matrix Assisted Laser Desorption

scholarly journals Detecção de microrganismos em dispositivos ortopédicos sonicados clínicos usando cultura convencional e qPCR

2021 ◽  
Author(s):  
Victoria Stadler Tasca Ribeiro ◽  
Juliette Cieslinski ◽  
Julia Bertol ◽  
Ana Laura Schumacher ◽  
João Paulo Telles ◽  
...  
Keyword(s):  
Laser Desorption ◽  
Laser Desorption Ionization ◽  
Chain Reaction ◽  
Ionization Time ◽  
Desorption Ionization ◽  
Flight Mass Spectrometry ◽  
Polymerase Chain ◽  
Tof Ms ◽  
Matrix Assisted Laser ◽  
Matrix Assisted Laser Desorption

Resumo Objetivo Avaliar a sensibilidade e a especificidade da reação em cadeia de polimerase em tempo real quantitativa (quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR, em inglês) para a triagem do gene rDNA 16S, com a utilização do fluido sonicado de implantes ortopédicos. Métodos Um estudo retrospectivo foi realizado em 73 fluidos sonicados obtidos de pacientes com infecção associada aos implantes ortopédicos. As amostras foram submetidas a cultura convencional e a teste molecular utilizando ionização e dessorção a laser assistida por matriz com espectrometria de massa por tempo de voo (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS, em inglês) e qPCR para o gene rDNA 16S. Os valores limiares do ciclo foram usados para definir um ponto de corte para a qPCR do gene rDNA 16S para culturas negativas e positivas. Resultados Não foram observadas diferenças estatísticas entre os grupos de cultura positiva e negativa com base no tempo desde a primeira cirurgia até a infecção (p = 0,958), na idade (p = 0,269), ou nas comorbidades em geral. No entanto, uma diferença estatística foi encontrada entre a duração média do uso de antibióticos antes da remoção do dispositivo (3,41 versus 0,94; p = 0,016). O DNA bacteriano foi identificado em todas as amostras dos fluidos sonicados. Os limiares do ciclo médio de culturas positivas e negativas foram de 25,6 e 27,3, respectivamente (p < 0,001). Como uma ferramenta de diagnóstico, um corte do limite do ciclo de 26,89 demonstrou uma área sob a curva da característica de operação do receptor de 0,877 (p ≤ 0,001). Conclusão A presença de agentes antimicrobianos por mais de 72 horas diminuiu a positividade da cultura, mas não influenciou os resultados da qPCR. Apesar disso, a amplificação do rDNA 16S pode sobrestimar o diagnóstico de infecção.

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