scholarly journals Rare case of intracranial hemorrhage associated with seoul virus infection diagnosed by metagenomic next‐generation sequencing

2020 ◽  
Author(s):  
Dan Xie ◽  
Wen Xu ◽  
Ying Xian ◽  
Xiaofeng Yuan ◽  
Zhenchao Huang ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Virus Infection ◽  
Intracranial Hemorrhage ◽  
Rare Case ◽  
Next Generation ◽  
Seoul Virus ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Analysis of immune-related genes during Nora virus infection of Drosophila melanogaster using next generation sequencing

2018 ◽  
Vol 4 (1) ◽  
pp. 123-139 ◽  
Author(s):  
Wilfredo Lopez ◽  
◽  
Alexis M. Page ◽  
Darby J. Carlson ◽  
Brad L. Ericson ◽  
...  
Keyword(s):  
Drosophila Melanogaster ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Virus Infection ◽  
Next Generation ◽  
Nora Virus ◽  
Immune Related Genes ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Use of Next-Generation Sequencing for Diagnosis of West Nile Virus Infection in Patient Returning to Belgium from Hungary

2018 ◽  
Vol 24 (12) ◽  
pp. 2380-2382 ◽  
Author(s):  
Elke Wollants ◽  
David Smolders ◽  
Reinout Naesens ◽  
Peggy Bruynseels ◽  
Katrien Lagrou ◽  
...  
Keyword(s):  
West Nile Virus ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Virus Infection ◽  
West Nile Virus Infection ◽  
Next Generation ◽  
West Nile ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Aseptic meningitis caused by torque teno virus in an infant: a case report

2019 ◽  
Vol 13 (1) ◽  
Author(s):  
Yoji Ikuta ◽  
Kunihiro Oba ◽  
Emina Nai ◽  
Tatsuo Katori ◽  
Masanori Hashino ◽  
...  
Keyword(s):  
Cerebrospinal Fluid ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Virus Infection ◽  
Aseptic Meningitis ◽  
Immunoglobulin M ◽  
Torque Teno Virus ◽  
High Dose ◽  
Next Generation ◽  
Developmental Problems ◽  
Generation Sequencing

Abstract Background Torque teno virus-induced aseptic meningitis has not been documented, although torque teno virus infections still remain under consideration for etiological agents. This study identified a torque teno virus sequence using next generation sequencing and immunoglobulin M response to the torque teno virus antigen, therefore, that would be a comprehensive diagnosis for torque teno virus infection. Case presentation A 2-month-old Japanese boy was brought to our hospital because he was irritable, drowsy, and lethargic. He was admitted based on his test results which indicated the possibility of septic meningitis. He was started on treatment with high-dose antibiotics and steroids. On the third day of hospitalization, he became afebrile with improvement in his general status and was discharged on the sixth day. He had no developmental problems for up to 1 year after discharge. Metagenomic ribonucleic acid-Seq pathogen detection using next generation sequencing of a sample of his cerebrospinal fluid, which was collected at admission, revealed three short reads homologous to those in torque teno virus out of a total of 1,708,516 reads. This finding indicated that our patient was positive compared to the torque teno virus-negative cerebrospinal fluid samples (controls) from 13 other patients. The torque teno virus has been shown to have a whole genome sequence of 2810 nt by polymerase chain reaction. We prepared a recombinant GP2 antigen from torque teno virus and used it to study our patient’s anti-torque teno virus immune response. An anti-GP2 serum immunoglobulin M response was detected, providing further supportive evidence of torque teno virus infection. Conclusions This case speculates that torque teno virus-induced aseptic meningitis has a good course. New technologies like next generation sequencing can help in the identification of such cases, and an accumulation of future cases is expected.

scholarly journals Cutaneous metastasis as a primary presentation of a pulmonary enteric adenocarcinoma

2019 ◽  
Vol 34 (4) ◽  
pp. 421-426 ◽  
Author(s):  
Annalisa Todisco ◽  
Valeria Internò ◽  
Luigia Stefania Stucci ◽  
Carmela Ostuni ◽  
Domenica Lovero ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Primary Tumor ◽  
Rare Case ◽  
Cutaneous Metastasis ◽  
Response To Treatment ◽  
Sequencing Analysis ◽  
Next Generation ◽  
Molecular Features ◽  
Next Generation Sequencing Analysis ◽  
Generation Sequencing

Background: Primary pulmonary enteric adenocarcinoma (PEAC) is a rare non-small cell lung cancer subtype sharing morphologic and immunohistochemical features with colorectal adenocarcinoma. Given the frequency of lung metastases in colorectal cancer, the differential diagnosis of PEAC according to routine morphological and immunohistochemical findings may be difficult. Genome sequence by next-generation sequencing has recently introduced new perspectives to better define the diagnosis and tumor sensitivity to treatments, while the rarity of this subtype of cancer still limits the current knowledge of its molecular features and provides no information to address patients to tailored therapies. Methods: We diagnosed a rare case of subcutaneous metastasis as a first symptom of a PEAC. Formalin-fixed paraffin-embedded samples of the primary tumor and subcutaneous metastases were examined by immunohistochemistry, and subsequently by targeted next-generation sequencing analysis. Results: Morphological and immunohistochemical findings suggested a rare case of metastatic pulmonary adenocarcinoma with enteric aspects. Next-generation sequencing analysis performed on both the primary tumor sample and the cutaneous lesion identified two pathogenic variants on CDKN2A and KRAS in both of them. However, the metastasis showed two additional pathogenic mutations located in SMAD4 and FLT3 genes. Conclusions: We describe for the first time an extensive molecular analysis on a rare case of PEAC with an unusual cutaneous metastasis. Our observation suggests that a specific pattern of mutations is harbored in this neoplasm, and that additional molecular studies may provide further information to identify prognostic and hopefully predictive genes of response to treatment.

scholarly journals A rare case of adrenal gland abscess due to anaerobes detected by metagenomic next-generation sequencing

2020 ◽  
Vol 8 (5) ◽  
pp. 247-247 ◽  
Author(s):  
Wenting Jin ◽  
Qing Miao ◽  
Mengran Wang ◽  
Yao Zhang ◽  
Yuyan Ma ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Adrenal Gland ◽  
Rare Case ◽  
Next Generation ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Μοριακοί μηχανισμοί κυτταρικού επαναπρογραμματισμού

2021 ◽  
Author(s):  
Ειρήνη Αλεξοπούλου
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Virus Infection ◽  
Rna Seq ◽  
Next Generation ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

Η παρούσα διδακτορική διατριβή μελετά τους μηχανισμούς ρύθμισης της επαγόμενης γονιδιακής έκφρασης ευκαρυωτικών κυττάρων σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος και πιο συγκεκριμένα, την ταυτοποίηση των μοριακών διακοπτών, οι οποίοι βάση της συντονισμένης απόκρισης των κυττάρων, ελέγχουν τη λειτουργία των ενισχυτών σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους πριν και μετά από ιϊκή μόλυνση. O χαρακτηρισμός των ενισχυτών που αποκρίνονται σε ιϊκές μολύνσεις στο ανθρώπινο γονιδίωμα απαιτείται για την κατανόηση του συντονισμού της ανοσολογικής απόκρισης και των μοριακών χαρακτηριστικών που κυμαίνονται από την πρόσδεση μεταγραφικών παραγόντων, συνενεργοποιητών, τροποποιητών και αναδιαμορφωτών της χρωματίνης μέχρι την ενεργοποίηση της μεταγραφής γονιδίων.Η έρευνά μας συνίσταται από μια πρωτοποριακή και ολιστική προσέγγιση του φαινομένου των ιϊκών μολύνσεων, η εφαρμογή της οποίας συνδυάζει όλα τα δεδομένα που προέρχονται από μια πληθώρα τεχνικών της γονιδιωματικής. Χρησιμοποιήθηκαν περισσότερες από 150 αναλύσεις των μεθόδων RNA-seq, ChIP-seq, DNaseI-seq, FAIRE-seq, STARR-seq και πολυεπίπεδων βιοπληροφορικών αναλύσεων, τα οποία έχουν ως κοινή μέθοδο ανάλυσης την τεχνολογία αλληλούχησης ευρείας κλίμακας νέας γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS). Η σύγκριση των ρυθμιστικών προγραμμάτων γονιδιακής έκφρασης στη διάρκεια της μόλυνσης πραγματοποιήθηκε σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους, στα επιθηλιακά κύτταρα HeLa και στα Β-λεμφοκύτταρα Namalwa, τα οποία διαμολύνθηκαν με ιό Sendai, ως περιβαλλοντικό ερέθισμα. Τα χαρακτηριστικά της χρωματίνης, το προφίλ του επιγονιδιώματος καθώς και η συμμετοχή της μεταγραφικής μηχανής σε γονιδιωματικές συντεταγμένες, όπου εδράζονται οι ενισχυτές και ένας μεγάλος αριθμός καλά χαρακτηρισμένων αντι-ιϊκών γονιδίων, έθεσαν τις βάσεις για την κατασκευή μιας "μοριακής-ψηφιακής εγκυκλοπαίδειας" των γονιδίων και των ενισχυτών. Η εγκυκλοπαίδεια χαρακτηρίζεται με υψηλή εν δυνάμει πιθανότητα να παρουσιάσει "αντι-ιϊκές ιδιότητες" και ονομάζεται ΆΤΛΑΝΤΑΣ των ιϊκών μολύνσεων (Human-ATLAS-of-Virus-Infection). Ο ΑΤΛΑΝΤΑΣ επικυρώθηκε με την εφαρμογή της μεθόδου ChIP-STARR-seq. Η πρωτοποριακή αυτή μέθοδος ευρείας κλίμακας μας επέτρεψε την ταυτόχρονη εξέταση της ιϊκά επαγόμενης ενεργότητας των πολυάριθμων περιοχών πρόσδεσης των μεταγραφικών ρυθμιστών της αντι-ιϊκής απόκρισης IRF3 και p65. Αναλύσεις βασισμένες στη συντήρηση των αλληλουχιών αποκάλυψαν ότι οι λειτουργικοί αντι-ιϊκοί ενισχυτές που περιέχουν συμπλέγματα IRF μοτίβων είναι σε μεγάλο βαθμό σταθεροί σε όλη την εξέλιξη καθώς βρίσκονται στα γονιδιώματα διαφορετικών ειδών που αντιπροσωπεύουν τα σπονδυλωτά, τα ασπόνδυλα, τα φυτά, ακόμη και μικρόβια, συμπεριλαμβανομένων των ιϊκών στελεχών. Αυτές οι απλές επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες αποτελούν τα πρώτα παραδείγματα επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών με αρχέγονη προέλευση ρύθμισης της αντι-ιϊκής απόκρισης. Προκειμένου να μελετηθεί συστηματικά η λειτουργία των συντηρημένων αλληλουχιών από τους παραπάνω διαφορετικούς οργανισμούς σε ανθρώπινα κύτταρα, αλλά και να διαπιστωθεί αν αυτές οι αλληλουχίες παρουσιάζουν και συντηρημένη ενεργότητα ενισχυτών, προβήκαμε σε κλωνοποίηση σε φορείς STARR. Έγινε διαμόλυνση σε κύτταρα HeLa και παρακολουθήσαμε την ικανότητά τους να ενεργοποιούν την έκφραση του γονίδιο αναφοράς GFP in νίνο. Αυτή είναι μία από τις λίγες φορές που οι ενισχυτές διατηρούνται συντηρημένοι σε διαφορετικά Φύλα και οι αλληλουχίες με την αρχέγονη προέλευση φαίνεται να λειτουργούν ως ρυθμιστές της ανθρώπινης επαγώγιμης γονιδιακής έκφρασης κατά την αντι-ιϊκή κυτταρική απόκριση. Με βάση όλα τα παραπάνω η ολοκλήρωση της διδακτορικής αυτής διατριβής οδηγεί στη λεπτομερέστερη παρατήρηση του μηχανισμού που χρησιμοποιούν τα ανθρώπινα κύτταρα για να αποκριθούν στη διάρκεια των ιϊκών μολύνσεων. Θέτει επίσης τις βάσεις για περαιτέρω διερεύνηση τους καθώς και στην ανακάλυψη άγνωστων ως σήμερα στοιχείων αυτής της διαδικασίας. Η αποκωδικοποίηση της ρυθμιστικής λογικής πίσω από την αναδιαμόρφωση του γονιδιώματος μετά από ιϊκή μόλυνση θα οδηγήσει σε βαθύτερη κατανόηση των βασικών αρχών οργάνωσης του γονιδιώματος και στη δυνατότητα πρόβλεψης της απόκρισης των ασθενών σε θεραπευτικές και προληπτικές αγωγές με απώτερο σκοπό στο μέλλον να εφαρμόζονται σε εξατομικευμένη βάση.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document