scholarly journals Aesthetic Discrimination of Graph Layouts

2019 ◽  
Vol 23 (3) ◽  
pp. 525-552
Author(s):  
Tamara Mchedlidze ◽  
Alexey Pak ◽  
Moritz Klammler
Keyword(s):  
Graph Layouts

Uncluttering force-directed graph layouts

1999 ◽  
Author(s):  
David P. Dobkin ◽  
Alejo Hausner ◽  
Emden R. Gansner ◽  
Stephen C. North
Keyword(s):  
Directed Graph ◽  
Graph Layouts

scholarly journals Graph Layouts by t‐SNE

2017 ◽  
Vol 36 (3) ◽  
pp. 283-294 ◽  
Author(s):  
J. F. Kruiger ◽  
P. E. Rauber ◽  
R. M. Martins ◽  
A. Kerren ◽  
S. Kobourov ◽  
...  
Keyword(s):  
Graph Layouts

scholarly journals SPRING: a kinetic interface for visualizing high dimensional single-cell expression data

2016 ◽  
Author(s):  
Caleb Weinreb ◽  
Samuel Wolock ◽  
Allon Klein
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Single Cell ◽  
Nearest Neighbor ◽  
High Dimensional ◽  
K Nearest Neighbor ◽  
Link Type ◽  
Cell Gene Expression ◽  
Graph Layouts ◽  
Cell Expression ◽  
Cell Data

MotivationSingle-cell gene expression profiling technologies can map the cell states in a tissue or organism. As these technologies become more common, there is a need for computational tools to explore the data they produce. In particular, existing data visualization approaches are imperfect for studying continuous gene expression topologies.ResultsForce-directed layouts of k-nearest-neighbor graphs can visualize continuous gene expression topologies in a manner that preserves high-dimensional relationships and allows manually exploration of different stable two-dimensional representations of the same data. We implemented an interactive web-tool to visualize single-cell data using force-directed graph layouts, called SPRING. SPRING reveals more detailed biological relationships than existing approaches when applied to branching gene expression trajectories from hematopoietic progenitor cells. Visualizations from SPRING are also more reproducible than those of stochastic visualization methods such as tSNE, a state-of-the-art tool.Availabilityhttps://kleintools.hms.harvard.edu/tools/spring.html,https://github.com/AllonKleinLab/SPRING/[email protected], [email protected]

scholarly journals Obstructions and algorithms for graph layouts problems

2017 ◽  
Author(s):  
Δημήτριος Ζώρος
Keyword(s):  
Graph Layouts

Η σύγχρονη Θεωρία Γραφημάτων έχει επηρεαστεί σε μεγάλο βαθμό από την δουλειά των N. Robertson και P. Seymour. έσα από αυτήν, πληθώρα από δομικά, συνδυαστικά, καθώς και αλγοριθμικά αποτελέσματα εισήχθηκαν, σε μία σειρά από εργασίες που είχε απώτερο στόχο την απόδειξη της εικασίας του Wagner. Σε αυτή την διδακτορική διατριβή επικεντρωνόμαστε στην μελέτη των Συνόλων Παρεμπόδισης, μία από τις σημαντικότερες συνδυαστικές έννοιες αυτής της θεωρίας. Πιο συγκεκριμένα, μελετάμε την συνδυαστική και αλγοριθμική πτυχή, καθώς και την υπολογισιμότητα, των γραφημάτων παρεμπόδισης, σε σχέση με παραμέτρους γραφημάτων που πηγάζουν από Διατάξεις σε Γραφήματα, Προβλήματα Διαγραφής ορυφών και Προβλήματα Ανίχνευσης Γραφημάτων. Η μελέτη αυτή είναι βασισμένη σε σχέσεις μερικής διάταξης γραφημάτων, όπως τα ελάσσονα, οι εμβυθίσεις και οι συνθλίψεις. Η μελέτη μας περιλαμβάνει αποτελέσματα σχετικά με την ύπαρξη και υπολογισιμότητα των συνόλων παρεμπόδισης, συνδυαστικά φράγματα στο μέγεθος τους, καθώς και την αλληλεπίδρασή τους με την Παραμετρική Πολυπλοκότητα και την Πυρηνοποίηση.

scholarly journals Column-Based Graph Layouts

2014 ◽  
Vol 18 (5) ◽  
pp. 677-708 ◽  
Author(s):  
Gregor Betz ◽  
Andreas Gemsa ◽  
Christof Mathies ◽  
Ignaz Rutter ◽  
Dorothea Wagner
Keyword(s):  
Graph Layouts
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document