scholarly journals Preparation, Characterization, Biological Evaluation and Assess Laser Efficacy for New Derivatives of Imidazolidin-4-one

2021 ◽  
pp. 41-51
Author(s):  
Adil Hussein Dalaf ◽  
Fawzi Hameed Jumaa ◽  
Hanaa Kaain Salih
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Staphylococcus Epidermidis ◽  
Traditional Method ◽  
Biological Evaluation ◽  
Klebsiella Pneumonia ◽  
Microwave Method ◽  
Microwave Technology ◽  
Ft Ir ◽  
Derivatives Of

In this study, new Imidazolidin-4-one [A1-A5] compounds were prepared by the reaction of schiff base compounds with alanine in ethanol. The prepared compounds were characterized by physical properties, UV-Vis, FT-IR and 1H-NMR spectral and C.H.N analysis. TLC checked the purity for these compounds. All compounds [A1-A5] were prepared by the traditional method (reflux) and microwave technology. It was found that using the microwave method gives better results in terms of less time and, higher yield. Antibacterial behaviors were investigated against a variety of bacteria, including Escherichia coli and Klebsiella pneumonia Gram (-) ve, Staphylococcus aureus, and Staphylococcus epidermidis Gram (+) ve. The laser efficacy of the compounds [A1-A5] was evaluated after they were radiated by laser for (10, 20, 30) seconds. As the melting point and color of the substances were determined, it was discovered that they were unaffected and did not disintegrate or polymerize. Using the Chem Draw Specialist 19.0 program, the stereoisomers of the prepared compounds [A1-A5] were examined at the lowest layer stage. Using the Chem3D 19.0 program, the heat of the formulation of the compounds [A1-A5] was also investigated.

scholarly journals Diagnósticos microbiológicos en un hospital gineco-obstétrico pediátrico: Un reporte de centro único

10.52011/105 ◽  
2021 ◽  
Vol 22 (3) ◽  
Author(s):  
Moisés Humberto Cáceres Pérez ◽  
Carolina Ximena Meneses Cañizares ◽  
Deivis Enrique Ortega Calvo ◽  
Gabriela Carolina Tasinchano Tasinchana ◽  
Alex David Guano Toaquiza
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Enterococcus Faecalis ◽  
Staphylococcus Epidermidis ◽  
Klebsiella Oxytoca ◽  
Klebsiella Pneumonia ◽  
Toma De Decisiones

Introducción: La identificación de los microorganismos patógenos es un elemento clave la toma de decisiones clínicas y de formulación de estrategias para la prevención y control de los procesos infecciosos que aquejan a la población pediátrica. El objetivo del presente estudio fue realizar un perfil epidemiológico microbiológico en un hospital pediátrico de Quito-Ecuador. Métodos: Se trata de un estudio observacional retrospectivo de informes microbiológicos de niños atendidos en el Hospital Gineco-Obstétrico Pediátrico Luz Elena Arismendi de Quito entre enero y diciembre del año 2020. Resultados: Ingresaron al estudio 102 reportes de cultivos positivos de la población pediátrica. Enterococcus faecalis 16/102 casos (15.69%), Staphylococcus aureus 16/102 casos (15.69%), Escherichia coli 14/102 casos (13.72%), Klebsiella pneumonia 13/102 casos (12.75%), Staphylococcus epidermidis 13/102 casos (12.75%) explicaron la mayor prevalencia del grupo.  Los meses de mayores reportes microbiólógicos fueron Junio y Noviembre. Fueron 51 hemocultivos positivos, 14 por Enterococcus faecalis, 10 por Staphylococcus aureus 10 casos, Diversas morfmorfologías coagulasa 9 casos. A nivel de líquido cefalorraquídeo fueron 11 reportes positivos con una prevalencia de Staphylococcus epidermidis en 7 casi y Staphylococcus aures en 4 casos. A nivel de urocultivos 12 casos fueron positivos, Escherichia coli 4 casos, Klebsiella oxytoca 3 casos y Klebsiella pneumoniae 3 casos. Conclusión: El presente reporte tiene similitudes con reportes latinoamericanos en prevalencia de Staphylococcus y Escherichia coli. Se requiere continuidad en ente reporte. No existieron casos multiresistentes.

Synthesis, Spectral Characterization, Antibacterial, Antifungal and Anticancer Evaluation of N-[4-(1,3-Benzothiazol-2-ylcarbamoyl)phenyl]pyrazine-2-carboxamide

2021 ◽  
Vol 6 (2) ◽  
pp. 102-106
Author(s):  
Gopal Senthilkumar ◽  
Chinnusamy Umarani ◽  
Dhurairaj Satheesh
Keyword(s):  
Breast Cancer ◽  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Candida Albicans ◽  
Carboxylic Acid ◽  
Organic Compound ◽  
Breast Cancer Cells ◽  
Klebsiella Pneumonia ◽  
Spectroscopic Techniques ◽  
Ft Ir

A new organic compound, N-[4-(1,3-benzothiazol-2-ylcarbamoyl)-phenyl]pyrazine-2-carboxamide was synthesized through the reaction between 4-amino-N-(benzo[d]thiazol-2-yl)benzamide and pyrazine-2-carboxylic acid. The synthesized compound has been characterized by spectroscopic techniques such as 1H NMR, 13C NMR, FT-IR and mass spectroscopy. The synthesized compound was screened to antibacterial (Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia and Escherichia coli), antifungal (Candida albicans and Aspergillus niger) activities. The anticancer activity of the title compound was also evaluated against MDA-MB-231 breast cancer cells.

scholarly journals Microwave Preparation, Spectral Studies and Antimicrobial Activities Evaluation of Mn(II),Ni(II), Hg(II),Co(II) and Cu(II) Complexes with Schiff Base Ligand

2017 ◽  
Vol 30 (3) ◽  
pp. 58
Author(s):  
Rehab Kadem Rahem Al-Shemary
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Magnetic Susceptibility ◽  
Schiff Base ◽  
Antimicrobial Activities ◽  
Molar Conductance ◽  
Spectral Studies ◽  
Microwave Method ◽  
Ft Ir ◽  
Metal Ligand

New Schiff base and their Mn(II),Co(II),Ni(II), Cu(II) and Hg(II) complexes formed by the condensation of O-phathaldehyde and ethylene diamine (2:1) to give ligand (L1) in the first step ,then the ligand (L1) with 2- aminophenol (1:2) to give ligand (L2) were prepared by classic addition through microwave method . These compounds (Ligands and complexes) have been diagnosed electronic spectra, FT-IR,1H-&13C-NMR (only ligand), magnetic susceptibility, elemental microanalysis and molar conductance measurements. Analytical values displayed that all the complexes appeared (metal: ligand) (1:1) ratio with the six chelation. All the compounds appear a high activity versus four types of bacteria such as; (Escherichia coli), (Staphylococcus aureus),(Bacillus btilis), (Staphylococcus aureus) and (Pseudomonas aeruginosin). 

scholarly journals Συνδυασμός αντιβιοτικών με μεταλλικά ιόντα σε μια ενιαία οντότητα για στοχευμένη θεραπεία στον καρκίνο του μαστού

2021 ◽  
Author(s):  
Μαρία Χρυσούλη
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Staphylococcus Epidermidis ◽  
Artemia Salina ◽  
E Coli ◽  
Ft Ir ◽  
Cetrimonium Bromide ◽  
Mcf 7

Συντέθηκε και χαρακτηρίστηκε πλήρως το νέο μεταλλοθεραπευτικό Ph2Sn(CIP)2 (CIPTIN) (HCIP = σιπροφλοξασίνη) από την αντίδραση του εμπορικά διαθέσιμου αντιβιοτικού υδροχλωριωμένη σιπροφλοξασίνη (HCIP·HCl) με το άλας του διφαινυλοδιχωροκασσιτέρου (Ph2SnCl2 DPTD). Επίσης απομονώθηκε και λύθηκε η κρυσταλλική δομή του εσωτερικού άλατος της σιπροφλοξασίνης (HCIP). Στη συνέχεια, με σκοπό να ενισχυθεί η υδατοδιαλυτότητα και κατ’ επέκταση η βιολογική δράση και η βιοδιαθεσιμότητα του CIPTIN και του DPTD, παρασκευάστηκαν τα μικκύλια SLS@CIPTIN, CTAB@CIPTIN, SLS@DPTD και CTAB@DPTD (SLS = sodium lauryl sulphate and CTAB = cetrimonium bromide).Το νέο μεταλλοθεραπευτικό χαρακτηρίστηκε σε στερεά κατάσταση με μελέτη της περίθλασης ακτίνων Χ (XRD), ανάλυση της περίθλασης ακτίνων Χ κόνεως (XRPD), φασματοσκοπία φθορισμού ακτίνων Χ (XRF), φασματοσκοπία υπερύθρου (FT-IR), φασματοσκοπία 119Sn Mössbauer, θερμική ανάλυση (TG / DTA), διαφορική θερμιδομετρία σάρωσης (DSC), μελέτη του σημείου τήξεως και σε υγρή κατάσταση με φασματοσκοπία υπεριώδους-ορατού (UV-VIS), φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού πρωτονίου (1Η-NMR) και με φασματοσκοπία μάζας ιοντικού ηλεκτροψεκασμού (ESI-MS). Ο χαρακτηρισμός των μικκυλίων πραγματοποιήθηκε με μελέτη του σημείου τήξεως, με φασματοσκοπία φθορισμού ακτίνων Χ, υπερύθρου, 119Sn Mössbauer, πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού πρωτονίου, με θερμική ανάλυση και με διαφορική θερμιδομετρία σάρωσης. Η αντιπολλαπλασιαστική δράση του CIPTIN και των μικκυλίων SLS@CIPTIN, CTAB@CIPTIN, SLS@DPTD και CTAB@DPTD, μελετήθηκε έναντι των ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών σειρών του μαστού: MCF-7 (εκφράζουν οιστρογονικούς υποδοχείς) και MDA-MB-231 (δεν εκφράζουν οιστρογονικούς υποδοχείς). Η τοξικότητα των ενώσεων ελέγχθηκε in vitro έναντι φυσιολογικών κυττάρων MRC-5 και in vivo με το ζωικό μοντέλο Artemia Salina, ενώ η πιθανή γονοτοξικότητα ελέγχθηκε in vitro με μελέτη των μικροπυρηνίσκων και in vivo με τη βοήθεια του μοντέλου Allium cepa. Οι μελέτες της μορφολογίας των κυττάρων, του κυτταρικού κύκλου και του κατακερματισμού του πυρηνικού DNA που πραγματοποιήθηκαν σε κύτταρα MCF-7 μετά την επώασή τους με τις ενώσεις που συντέθηκαν και αποδεικνύουν ότι οι νέες ενώσεις προκαλούν κυτταρικό θάνατο μέσω απόπτωσης. Ταυτόχρονα, οι μελέτες της διαπερατότητας της μιτοχονδριακής μεμβράνης αποκάλυψαν ότι οι νέες ενώσεις προκαλούν απόπτωση μέσω της επίδρασής τους στα μιτοχονδριακά μονοπάτια των κυττάρων. Επιπλέον, μελετήθηκε η αλληλεπίδραση των ενώσεων με το DNA, καθώς και η αντιμικροβιακή δράση των νέων ενώσεων έναντι των βακτηριακών στελεχών Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), Escherichia coli (E. coli), Staphylococcus aureus (S. aureus) και Staphylococcus epidermidis (S. epidermidis), με προσδιορισμό της ελάχιστης ανασταλτικής συγκέντρωσης (MIC), της ελάχιστης βακτηριοστατικής συγκέντρωσης (MBC), των ζωνών αναστολής (IZs) και της επίδρασης των ενώσεων στο σχηματισμό βακτηριακού βιοφίλμ. Τέλος, διερευνήθηκε η σχέση μεταξύ της αντικαρκινικής και της αντιμικροβιακής δράσης που επιδεικνύουν οι βιοδραστικές ενώσεις.

scholarly journals Synthesis, characterization and antimicrobial evaluation of piperazinyl-quinolinyl-a-aminophosphonates

2019 ◽  
Author(s):  
◽  
Nikisha Rajkoomar
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Antioxidant Activity ◽  
Bacillus Cereus ◽  
Micrococcus Luteus ◽  
Biological Evaluation ◽  
Klebsiella Pneumonia ◽  
Spectroscopic Techniques ◽  
Test Species ◽  
Antimicrobial Evaluation ◽  
Ft Ir

α-Aminophosphonates (α-APs) is an important motif among heterocycles particularly in medicinal chemistry due to their reduced levels of cytotoxicity and structural resemblance to the corresponding α-amino acids. They are useful intermediates in synthetic organic processes and present with a broad spectrum of biological activities. Hence, there is an ongoing interest in the development of improved synthetic methods for the preparation of these α-APs. The complex molecules were initially synthesized in a step-wise reaction but this method suffered several drawbacks such as long reaction times and resulted in low yields. However, since the development of multi-component reactions (MCRs), three or more substrates can undergo an efficient one-pot reaction which results in higher product yields. The first step in the synthetic aspect of this study involved the preparation of a novel palladium supported strontium titanate (Pd-SrTiO3) material. Herein, an aqueous solution of strontium (II) nitrate was mixed with citric acid followed by reflux in an ethanolic solution of titanium (IV) butoxide. Thereafter, the dried solid was mixed with palladium (II) nitrate and this solution mixture was refluxed, filtered, calcined and subsequently dried. The characterization of Pd- SrTiO3 was undertaken with FT-IR, P-XRD, SEM, BET, SEM-EDX and Raman spectroscopic techniques. The synthesis of a series of novel -αAPs in a MCR system comprising an aldehyde, diethyl phosphate and selected aniline derivatives via the Kabachnik Fields reaction approach in the presence of catalytic amounts of Pd-SrTiO3 was investigated Twenty methyl piperazinyl-quinolinyl α-aminophosphonates (MPQ-α-APs) (4a-4t) were synthesized, purified and characterized by FT-IR, 1H-NMR, 13C-NMR, 31P-NMR, 2D-NMR and high resolution mass spectroscopic techniques. Valuable features of this routine included high yields, extensive substrate range, straight forward procedures and excellent catalytic properties. The cytotoxicity of 4d, 4e, 4f, 4m, 4q, 4r and 4s was evaluated using the Brine shrimp lethality assay. These compounds showed Artemia salina death < 50 % thereby suggesting their potential for other biological evaluation. The antimicrobial evaluation was conducted using the agar disc diffusion assay. The twenty MPQ-α-APs were assessed against Bacillus cereus , Staphylococcus aureus , Klebsiella pneumonia and Micrococcus luteus ; and three yeast cultures Candida albicans, Caraipa utilis and Saccharomyces cerevisiae. Compound 4m showed slight bacterial growth inhibition for the test species Bacillus cereus and Micrococcus luteus while compound 4r was marginally inhibitory to the growth of Staphylococcus aureus. Finally, the MPQ-α-APs were screened for their antioxidant activity by the DPPH assay. Compounds 4f and 4r demonstrated significant free radical scavenging potential of 94.24 % and 67.32 %, respectively. The remaining compounds showed low antioxidant activity within the range of 21 – 42 %.

Synthesis of Some New Derivatives of Pyrrolidine-2-one and Studying Their Antibacterial Potentials

2020 ◽  
Vol 38 (3B) ◽  
pp. 128-141
Author(s):  
Nadia A. Betti ◽  
Redha Ib. Hussain ◽  
Sahar Ab. Kadhem
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Biological Activity ◽  
Hydrazine Hydrate ◽  
1H Nmr ◽  
Mass Spectra ◽  
Biological Activities ◽  
Ft Ir ◽  
Derivatives Of ◽  
And Staphylococcus Aureus

New derivatives of pyrrolidine-2-one have been synthesized through lactamization of γ –butyrolactone (GBL) by hydrazine hydrate (80%), ethylene diamine and ethanol amine to afford compounds (1-aminopyrrolidin-2-one), (1-(2-aminoethyl)pyrrolidine-2-one) and (1-(2-hydroxyethyl)pyrrolidine-2-one), respectively. Compound (1-aminopyrrolidin-2-one) underwent several reactions to synthesize the rest of these derivatives. All synthesized compounds were approved by their FT-IR, 1H-NMR and some by Mass spectra. The biological activities of these derivatives were evaluated against Escherichia coli and Staphylococcus aureus. Many of these derivatives showed moderate biological activity against one or both kind of bacteria in comparison to amoxicillin and some showed no biological activity at all.

scholarly journals A Novel Antimicrobial Phenanthrene Alkaloid from Bryopyllum pinnatum

2011 ◽  
Vol 8 (3) ◽  
pp. 1456-1461 ◽  
Author(s):  
Donatus Ebere Okwu ◽  
Fred Uchenna Nnamdi
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Candida Albicans ◽  
Aspergillus Niger ◽  
Ethanolic Extract ◽  
Klebsiella Pneumonia ◽  
Antimicrobial Studies ◽  
Prevention And Treatment ◽  
Kalanchoe Pinnata ◽  
Isolated Compound

Phenenthrene alkaloid identified as 1-ethanamino 7 hex-1-yne-5I-one phenanthrene was isolated from the ethanolic extract of the leaves ofBryophyllum pinnatum(syn. B. calcinum kalanchoe pinnata) a versatile Nigeria medicinal plant. The structure was elucidated using NMR, IR, UV and MS spectral data. Antimicrobial studies showed that the isolated compound successfully inhibitedPsuedomonas aeruginosa, Klebsiella pneumonia, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicansandAspergillus niger. This result authenticates the use ofbryophyllum pinantumin phytomedicine for disease prevention and treatment of infections.

scholarly journals Atividade antibacteriana de extratos de folhas de Montrichardia linifera (Arruda) Schott (Araceae)

2015 ◽  
Vol 17 (4 suppl 3) ◽  
pp. 1142-1149 ◽  
Author(s):  
J.A.L MIRANDA ◽  
J.A. ROCHA ◽  
K.M. ARAÚJO ◽  
P.V. QUELEMES ◽  
S.J. MAYO ◽  
...  
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Pseudomonas Aeruginosa ◽  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Enterococcus Faecalis ◽  
Staphylococcus Epidermidis

RESUMO O uso de plantas medicinais no tratamento de doenças é uma estratégia antiga utilizada por praticamente todas as populações do mundo, e, embora novos antibióticos tenham sido desenvolvidos para o controle de micro-organismos infecciosos, às vezes são ineficazes. Diversos extratos de plantas medicinais têm efeitos antimicrobianos, principalmente quando associados à antibióticos de uso clínico, representando alternativa terapêutica para doenças infecciosas. Montrichardia linifera, conhecida popularmente como aninga, é espécie macrófita, aquática emergente de hábito herbáceo, pertencente a família Araceae e ocorre em áreas alagáveis. A utilidade farmacológica desta espécie é diversificada tendo sido relatada como cicatrizante, antirreumático, antidiurético e expectorante. Devido à relevância no campo etnofarmacológico, ampla utilização na medicina popular e escassez de trabalhos relacionados à atividade antibacteriana desta espécie, objetivou-se com este trabalho avaliar a atividade antibacteriana de extratos alcoólicos de folhas de Montrichardia linifera, coletadas na margem do rio Igaraçu, Parnaíba-PI. O extrato foi testado em oito cepas de bactérias: Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa. Foram utilizadas as técnicas de verificação da formação de halos de inibição e determinação das concentrações inibitórias e bactericidas mínimas. Os testes antibacterianos evidenciaram como principais resultados que o extrato metanólico seco (EMS), extrato metanólico fresco (EMF), e o extrato etanólico seco (EES), apresentaram ação antibacteriana, enquanto o extrato etanólico fresco (EEF) não apresentou atividade para as bactérias testadas. O EMS foi o mais eficiente, inibindo o crescimento bacteriano na concentração de 200 μg/mL para E. faecalis, 400 μg/mL para S. aureus, 400 μg/mL para S. epidermidis e 2.000 μg/mL para P. aeruginosa. O EMF obteve CIM de 2.000 μg/mL para E. faecalis e EES obteve CIM de 250 μg/mL para E. faecalis. Os resultados demonstraram que M. linifera constitui fonte eficiente de compostos bioativos antibacterianos. Os estudos sobre as propriedades farmacológicas de plantas da família Araceae são escassos, e os resultados deste trabalho são pioneiros em relação a atividade antibacteriana desta espécie.

scholarly journals Perfil microbiológico y resistencia antibiótica en el servicio de pediatría de una clínica privada, 2016

2019 ◽  
Vol 12 (2) ◽  
pp. 159-165
Author(s):  
Francheska Coricaza-Cuaresma ◽  
Moisés Apolaya-Segura ◽  
Cristian Díaz-Vélez
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Staphylococcus Epidermidis ◽  
E Coli

Objetivo: Describir el perfil microbiológico y de resistencia antibiótica en el servicio de pediatría de la Clínica Jesús del Norte, 2016. Material y métodos: Se diseñó un estudio descriptivo de serie de casos. El estudio se desarrolló en el Servicio de Pediatría de la Clínica Jesús del Norte. Resultados: Se analizaron 1264 muestras de pacienres <15 años con cultivos positivos de orina, heces, sangre y secreción faríngea. El 67,7% fue en <5 años y predomino en mujeres con 59,22%. El germen aislado en mayor frecuencia fue Escherichia coli con 46,68%. Por tipo de muestra el más frecuente fueron: En Coprocultivo: Escherichia coli enteropatógena, Urocultivo: Escherichia coli, Hemocultivo: Staphylococcus epidermidis y en secreción faríngea: Staphylococcus aureus. Llamó la atención la presencia de 105 casos (7,27%) de E. coli BLEE en urocultivos. Conclusiones: Los cultivos positivos fueron más frecuentes en mujeres, en menores de 5 años, atendidos en emergencia y de muestra de heces. Apreciándose alta frecuencia de resistencia a fármacos de primera y segunda línea en diversos agentes etiológicos aislados en las muestras.

scholarly journals Νέες τεχνικές ανάλυσης ειδικών αλληλουχιών DNA και RNA

2006 ◽  
Author(s):  
Δέσποινα Καλογιάννη
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Staphylococcus Aureus ◽  
Streptococcus Pneumoniae ◽  
Staphylococcus Epidermidis ◽  
Rt Pcr ◽  
Haemophilus Influenza

Οι μέθοδοι ανίχνευσης και προσδιορισμού ειδικών αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων βασίζονται στην υβριδοποίηση (μοριακή αναγνώριση) του αναλύτη με συμπληρωματικό μόριο DNA/RNA, το οποίο είναι συνδεδεμένο, άμεσα ή έμμεσα, με κατάλληλο ιχνηθέτη για παραγωγή σήματος. Το φάσμα εφαρμογών των μεθόδων υβριδοποίησης συνεχώς διευρύνεται, κυρίως ως αποτέλεσμα της προόδου των προγραμμάτων προσδιορισμού της αλληλουχίας του γονιδιώματος του ανθρώπου και άλλων οργανισμών. Σκοπός της παρούσας διατριβής είναι αφενός η ανάπτυξη μεθόδων υβριδοποίησης που παρέχουν τη δυνατότητα ταυτόχρονου προσδιορισμού πολλών αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων και αφετέρου η απλοποίηση των μεθόδων υβριδοποίησης με τη χρήση βιοαισθητήρα DNA. Στο Κεφάλαιο 1 της διατριβής περιγράφεται η αρχή της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) και η αντίστροφη μεταγραφή-PCR (RT-PCR) ως οι πιο σημαντικές τεχνικές εκθετικού πολλαπλασιασμού ειδικών αλληλουχιών DNA και RNA, οι οποίες αποτελούν αναπόσπαστο μέρος κάθε σύγχρονης μεθόδου ανάλυσης νουκλεϊκών οξέων. Παρουσιάζεται επίσης η τεχνική της ποσοτικής PCR και διάφορες μέθοδοι προσδιορισμού των προϊόντων της PCR. Στο Κεφάλαιο 2 γίνεται παρουσίαση των δοκιμασιών υβριδοποίησης νουκλεϊκών οξέων, οι οποίες αποτελούν και τον ακρογωνιαίο λίθο της αναλυτικής χημείας του DNA και RNA. Περιγράφεται η εξέλιξη των ιχνηθετών από τα ραδιοϊσότοπα μέχρι τους πιο σύγχρονους μη ραδιενεργούς ιχνηθέτες που παρέχουν υψηλή ανιχνευσιμότητα και δυνατότητες αυτοματοποίησης. Παρουσιάζονται οι ομογενείς και ετερογενείς δοκιμασίες υβριδοποίησης και διάφορες παραλλαγές που διευκολύνουν την εκτέλεση τους. Στο Κεφάλαιο 3 παρέχεται σύντομη περιγραφή της αρχής λειτουργίας και της οργανολογίας της κυτταρομετρίας ροής, η οποία αποτελεί ένα ισχυρό αναλυτικό εργαλείο για τη διερεύνηση ιδιοτήτων μικροσωματιδίων (π.χ. κυττάρων αλλά και συνθετικών μικροσφαιριδίων). Αντικείμενο του Κεφαλαίου 4 είναι η ανάπτυξη πολλαπλών φθορισμομετρικών δοκιμασιών υβριδοποίησης DNA και RNA σε εναιώρημα φασματικά διακριτών μικροσφαιριδίων πολυστυρενίου. Κάθε μικροσφαιρίδιο περιέχει δύο φθορίζουσες χρωστικές σε συγκεκριμένη αναλογία και με αυτό τον τρόπο έχει καταστεί ένα φασματικά κωδικοποιημένο στερεό υπόστρωμα για την εκτέλεση δοκιμασιών υβριδοποίησης. Ειδικά ολιγονουκλεοτίδια-ανιχνευτές προσδένονται ομοιοπολικά στην επιφάνεια κάθε μικροσφαιριδίου. Η αλληλουχία του DNA- ή RNA-στόχου (αναλύτης) υβριδοποιείται με τα ακινητοποιημένα ολιγονουκλεοτίδια και τα υβρίδια ποσοτικοποιούνται με άλλη φθορίζουσα ουσία. Το εναιώρημα αναλύεται με κυτταρομετρητή ροής με ανιχνευτή φθορισμού επαγώμενου με δύο πηγές λέιζερ. Μελετήθηκε ο προσδιορισμός μονόκλωνου DNA, δίκλωνου DNA και RNA και πραγματοποιήθηκαν πειράματα ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης σε ασθενείς με λευχαιμία. Στο Κεφάλαιο 5 παρουσιάζεται ο πρώτος βιοαισθητήρας DNA τύπου εμβαπτιζόμενης ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων για την ανίχνευση 7 χρωμοσωμικών αλληλομεταθέσεων, οι οποίες σχετίζονται άμεσα με την οξεία ή τη χρόνια λευχαιμία. Ο βιοαισθητήρας βασίζεται σε ολιγονουκλεοτίδια συζευγμένα με νανοσωματίδια χρυσού και επιτρέπει την ταυτοποίηση των αλληλομεταθέσεων δια γυμνού οφθαλμού, έπειτα από πολλαπλασιασμό με RT-PCR. Σε αντίθεση με τις μέχρι τώρα χρησιμοποιούμενες μεθόδους ανίχνευσης αλληλομεταθέσεων, η ανάλυση με το βιοαισθητήρα είναι απλή, δεν απαιτεί ειδικά όργανα και αποφεύγει πολλά στάδια επωάσεων και εκπλύσεων. Αντικείμενο του Κεφαλαίου 6 της διατριβής είναι η ανάπτυξη μεθόδου υβριδοποίησης DNA για την ταχεία ανίχνευση βακτηριακής επιμόλυνσης σε αρθροπλαστικές επεμβάσεις, ένα σημαντικό πρόβλημα στην ορθοπεδική. Απομονώνεται DNA από δείγματα αρθρικού υγρού, ακολουθεί πολλαπλασιασμός με PCR χρησιμοποιώντας καθολικούς εκκινητές και ανίχνευση των προϊόντων με βιοαισθητήρα DNA. Ανιχνεύονται οι μικροοργανισμοί Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Haemophilus influenza, Enterococcus faesium και Streptococcus pneumoniae. Στο Κεφάλαιο 7 περιγράφεται η εφαρμογή του βιοαισθητήρα DNA για την ανίχνευση γενετικά τροποποιημένων οργανισμών (GMO) σε τρόφιμα. Αν και η παρουσία GMO μπορεί να διαπιστωθεί με ανίχνευση είτε της νέας πρωτεΐνης που συνθέτει το διαγονιδιακό φυτό ή της αλληλουχίας DNA που έχει εισαχθεί σ’ αυτό, το DNA είναι ο προτιμότερος αναλύτης λόγω της μεγαλύτερης σταθερότητάς του, ιδιαίτερα σε επεξεργασμένα τρόφιμα. Χαρακτηριστικές αλληλουχίες DNA που περιέχονται στα περισσότερα GMO, δηλαδή ο προαγωγέας 35S και ο τερματιστής NOS, πολλαπλασιάζονται με PCR και τα προϊόντα ανιχνεύονται με δοκιμασία υβριδοποίησης στο βιοαισθητήρα DNA. Η παρούσα εργασία εισάγει, για πρώτη φορά στο πεδίο της ανάλυσης GMO, έναν βιοαισθητήρα DNA τύπου εμβαπτιζόμενης ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document