scholarly journals Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 Inactivation Activity of the Polyphenol-Rich Tea Leaf Extract with Concentrated Theaflavins and Other Virucidal Catechins

Molecules ◽  
2021 ◽  
Vol 26 (16) ◽  
pp. 4803
Author(s):  
Yohei Takeda ◽  
Kyohei Tamura ◽  
Dulamjav Jamsransuren ◽  
Sachiko Matsuda ◽  
Haruko Ogawa
Keyword(s):  
Cell Culture ◽  
Severe Acute Respiratory Syndrome ◽  
Real Time ◽  
Western Blotting ◽  
Leaf Extract ◽  
Culture Media ◽  
Control Measures ◽  
Virucidal Activity ◽  
Rt Pcr ◽  
Tea Leaf

Since severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is producing a large number of infections and deaths globally, the development of supportive and auxiliary treatments is attracting increasing attention. Here, we evaluated SARS-CoV-2-inactivation activity of the polyphenol-rich tea leaf extract TY-1 containing concentrated theaflavins and other virucidal catechins. The TY-1 was mixed with SARS-CoV-2 solution, and its virucidal activity was evaluated. To evaluate the inhibition activity of TY-1 in SARS-CoV-2 infection, TY-1 was co-added with SARS-CoV-2 into cell culture media. After 1 h of incubation, the cell culture medium was replaced, and the cells were further incubated in the absence of TY-1. The viral titers were then evaluated. To evaluate the impacts of TY-1 on viral proteins and genome, TY-1-treated SARS-CoV-2 structural proteins and viral RNA were analyzed using western blotting and real-time RT-PCR, respectively. TY-1 showed time- and concentration-dependent virucidal activity. TY-1 inhibited SARS-CoV-2 infection of cells. The results of western blotting and real-time RT-PCR suggested that TY-1 induced structural change in the S2 subunit of the S protein and viral genome destruction, respectively. Our findings provided basic insights in vitro into the possible value of TY-1 as a virucidal agent, which could enhance the current SARS-CoV-2 control measures.

scholarly journals RT-PCR for COVID-19: Diagnosis Made Easy

BioMedica ◽  
2020 ◽  
Vol 36 (2S) ◽  
pp. 115-120
Author(s):  
Osheen Sajjad ◽  
Aiman Shahzad ◽  
Saqib Mahmood
Keyword(s):  
Severe Acute Respiratory Syndrome ◽  
Real Time ◽  
Detection Method ◽  
Current Knowledge ◽  
Detection Methods ◽  
Rt Pcr ◽  
Corona Virus ◽  
Positive Sense ◽  
Affected Person ◽  
Sampling Procedures

<p>Coronavirus disease COVID-19, caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus-2 (SARS-CoV2), is highly contagious and has been a pandemic since March 2020. The SARS-CoV-2 is an enveloped, single-stranded, positive-sense RNA viruswhich spreadsthrough air droplets by sneezing and coughing from affected person. The diagnosis of the COVID-19 remains a challenge to the scientists since the genome of the SARS-CoV-2 was novel and varying. Various studies have reported the validated procedures for sampling and the detection method of SARS-CoV-2. This mini-review provides a brief introduction of the SARS-CoV-2 features and the current knowledge for the recommended COVID19 detection methods including sampling procedures and real time SARS-CoV-2 genome detection.</p>

scholarly journals The First Quarter of SARS-CoV-2 Testing: the University of Washington Medicine Experience

2020 ◽  
Vol 58 (8) ◽  
Author(s):  
Alexander L. Greninger ◽  
Keith R. Jerome
Keyword(s):  
Severe Acute Respiratory Syndrome ◽  
Real Time ◽  
Real Time Pcr ◽  
Medical Center ◽  
Rt Pcr ◽  
University Of Washington ◽  
Clinical Laboratories ◽  
To Come ◽  
The Many ◽  
The University

ABSTRACT In early March 2020, the University of Washington Medical Center clinical virology laboratory became one of the first clinical laboratories to offer testing for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). When we first began test development in mid-January, neither of us believed there would be more than 2 million confirmed SARS-CoV-2 infections nationwide or that we would have performed more than 150,000 real-time PCR (RT-PCR) tests, with many more to come. This article will be a chronological summary of how we rapidly validated tests for SARS-CoV-2, increased our testing capacity, and addressed the many problems that came up along the way.

Accuracy of real-time polymerase chain reaction to detect Schistosoma mansoni – infected individuals from an endemic area with low parasite loads

Parasitology ◽  
2020 ◽  
Vol 147 (10) ◽  
pp. 1140-1148
Author(s):  
Fernanda do Carmo Magalhães ◽  
Samira Diniz Resende ◽  
Carolina Senra ◽  
Carlos Graeff-Teixeira ◽  
Martin Johannes Enk ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Schistosoma Mansoni ◽  
Real Time ◽  
Diagnostic Methods ◽  
Control Measures ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Cross Sectional ◽  
Intestinal Schistosomiasis ◽  
Polymerase Chain

AbstractDue to the efforts to control schistosomiasis transmission in tropical countries, a large proportion of individuals from endemic areas present low parasite loads, which hinders diagnosis of intestinal schistosomiasis by the Kato-Katz (KK) method. Therefore, the development of more sensitive diagnostic methods is essential for efficient control measures. The aim was to evaluate the accuracy of a real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) to detect Schistosoma mansoni DNA in fecal samples of individuals with low parasite loads. A cross-sectional population-based study was conducted in a rural community (n = 257) in Brazil. POC-CCA® was performed in urine and feces were used for RT-PCR. In addition, fecal exams were completed by 18 KK slides, saline gradient and Helmintex techniques. The combined results of the three parasitological tests detected schistosome eggs in 118 participants (45.9%) and composed the consolidated reference standard (CRS). By RT-PCR, 117 out of 215 tested samples were positive, showing 91.4% sensitivity, 80.2% specificity and good concordance with the CRS (kappa = 0.71). RT-PCR identified 86.9% of the individuals eliminating less than 12 eggs/g of feces, demonstrating much better performance than POC-CCA® (50.8%). Our results showed that RT-PCR is a valuable alternative for the diagnosis of intestinal schistosomiasis in individuals with very low parasite loads.

Cell culture demonstrates superior sensitivity over one step real time RT PCR and nested VP1 amplification for Enteroviruses

2021 ◽  
Vol 287 ◽  
pp. 113994
Author(s):  
Auwal Idris Kabuga ◽  
Ahmad Nejati ◽  
Parastoo Soheili ◽  
Soodeh Yousefipoor ◽  
Maryam Yousefi ◽  
...  
Keyword(s):  
Cell Culture ◽  
Real Time ◽  
Rt Pcr ◽  
One Step

scholarly journals Quantitative detection of enteroviruses in activated sludge by cell culture and real-time RT-PCR using paramagnetic capturing

2005 ◽  
Vol 3 (3) ◽  
pp. 313-324 ◽  
Author(s):  
D. Pusch ◽  
St. Ihle ◽  
I. Graeber ◽  
J. M. López-Pila ◽  
M. Lebuhn
Keyword(s):  
Cell Culture ◽  
Activated Sludge ◽  
Real Time ◽  
Genomic Region ◽  
Quantitative Detection ◽  
Rt Pcr ◽  
Affinity Capture ◽  
Direct Capture ◽  
Cytopathic Effects ◽  
Green Monkey

We have compared in extracts of activated sludge the number of enteroviruses detectable with buffalo green monkey (BGM) cell-cultures versus the number of enteroviral genomes determined by reverse-transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR). In order to find conditions adequate for quantifying enteroviral RNA isolated from (waste)water we have investigated affinity capture of RNA with polystyrene beads (Dynabeads). The capture efficiency strongly depended on the genomic region chosen for the affinity binding. Capture of the RNA by its 3′-tail was most efficient (almost 100%); other regions within the genome yielded variable but lower results. Indirect capture (first hybridization of the RNA to the oligonucleotides, then attachment of the duplex molecules to the beads) was much more efficient than direct capture (attachment of the oligonucleotides to the beads first, then binding of the RNA), and resulted in RNA capture of maximally 60–80%. At least partly, this was due to incomplete hybridization of the RNA to the complementary oligonucleotides. No correlation was found between the number of cytopathic effects (CPE) determined by cell culture and the number of genomes quantified by RT-qPCR; RT-qPCR values were consistently much higher than the number of CPE. This points to overestimation of infectious enteroviruses by RT-qPCR and/or underestimation by the cell culture approach.

scholarly journals Μοριακή παθολογία νεφρικής ίνωσης

2012 ◽  
Author(s):  
Φανή Καραγιάννη
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Western Blotting ◽  
Real Time Pcr ◽  
Rt Pcr ◽  
Galectin 3

Είναι ευρέως γνωστό ότι η Χρόνια Νεφρική Νόσο (ΧΝΝ) είναι μία κατάσταση που εντοπίζεται σε μεγάλη συχνότητα στους ενήλικες (de Jong et al, 2008). Αν και η ΧΝΝ είναι το τελικό αποτέλεσμα αρκετών νεφρικών και συστημικών ασθενειών, το πιο κοινό χαρακτηριστικό της, ανεξάρτητα από την αιτιολογία, είναι η ανάπτυξη νεφρικής ίνωσης. Οι μοριακοί μηχανισμοί και τα μακρομόρια που εμπλέκονται στην ανάπτυξη της νεφρικής ίνωσης δεν έχουν μελετηθεί πλήρως. Για το λόγο αυτό, είναι πολύ σημαντικό να κατανοηθούν οι μοριακοί μηχανισμοί που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια της ινωτικής διαδικασίας και να βρεθούν πρώιμοι μάρτυρες για την έγκαιρη ανίχνευσή της.Η ίνωση ορίζεται συχνά ως μια διαδικασία επούλωσης τραύματος που έχει διαφύγει από τον έλεγχο του οργανισμού, χαρακτηρίζοντας μεγάλο εύρος ασθενειών σε πολλά οργανικά συστήματα. Κύριο γνώρισμα της ίνωσης αποτελεί η συσσώρευση κυττάρων ινοβλαστών και η ανεξέλεγκτη παραγωγή εξωκυττάριας ουσίας που οδηγεί σε απώλεια της δομής και λειτουργίας του ιστού, και σε πολλές περιπτώσεις οργανική ανεπάρκεια και θάνατο.Με σκοπό την πληρέστερη εξέταση των μορίων που εμπλέκονται στη νεφρική ίνωση, πραγματοποιήσαμε πρωτεωμική ανάλυση του νεφρικού φλοιού στο καθιερωμένο μοντέλο της μονόπλευρης απόφραξης ουρητήρα στον αρουραίο (UUO model). Μεταξύ των πρωτεϊνών που έδειξαν διαφορική έκφραση ανάμεσα στα ζώα μάρτυρες και στα ινωτικά ζώα είναι η τρανσγελίνη. Η τρανσγελίνη, μία πρωτεΐνη του κυτταροσκελετού που φυσιολογικά συναντάται μόνο στα λεία μυϊκά κύτταρα, παρουσίασε σημαντική αύξηση σε όλα τα πειραματικά ζώα που θυσιάστηκαν οχτώ ημέρες μετά την απόφραξη του ουρητήρα.Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν, από την μία μεριά, η επιβεβαίωση της υπερέκφρασης της τρανσγελίνης, ο εντοπισμός της στον νεφρικό ιστό, ο χαρακτηρισμός των κυττάρων που την εκφράζουν και είναι υπεύθυνα για την αύξηση της έκφρασής της καθώς επίσης και ο μηχανισμός υπερέκφρασης της τρανσγελίνης στο ινωτικό μοντέλο της μονόπλευρης απόφραξης ουρητήρα σε τρωκτικό, και από την άλλη η μελέτη αρκετών νεφρικών ασθενειών στον άνθρωπο για να διαπιστωθεί η έκφραση της τρανσγελίνης στο νεφρικό ινωτικό ιστό ασθενών.Η υπερέκφραση της τρανσγελίνης μελετήθηκε τόσο σε επίπεδο πρωτεϊνης με Western Blotting, όσο και σε επίπεδο mRNA με RT-PCR. Ο εντοπισμός της τρανσγελίνης στο νεφρικό ιστό μετά την ανάπτυξη της ίνωσης πραγματοποιήθηκε με πειράματα ανοσοϊστοχημείας. Για να καθοριστεί το είδος των κυττάρων που υπερκφράζουν την τρανσγελίνη έλαβαν χώρα πειράματα διπλού ανοσοφθορισμού χρησιμοποιώντας δείκτες για κύτταρα του ανοσοποιητικού/ επιθηλιακά κύτταρα, για ενδοθηλιακά κύτταρα καθώς επίσης και για ενεργοποιημένους ινοβλάστες. Προκειμένου να βρεθεί ένας μηχανισμός μέσα από τον οποίο η τρανσγελίνη υπερεκφράζεται, προχωρήσαμε σε ανάλυση του υποκινητή της τρανσγελίνης. Τέλος, για να μελετήσουμε την πιθανότητα υπερέκφρασης της τρανσγελίνης σε νεφρικές ασθένειες, εξετάστηκε υλικό βιοψιών από αρκετούς ασθενείς (Ν=67) με ανοσοϊστοχημεία και διπλό ανοσοφθορισμό.Με Real-Time PCR, βρέθηκαν ότι δύο ισομορφές της τρανσγελίνης, αν και έχουν αυξημένη έκφραση στα ινωτικά ζώα, παρουσιάζουν ελαφρώς διαφορετικές κινητικές. Επιπλέον, παρατηρήθηκε ότι ήδη από τα πρώιμα στάδια της ίνωσης (2 μέρες), η τρανσγελίνη εντοπίζεται σε ένα μεγάλο ποσοστό στο διάμεσο χώρο και κυρίως σε κύτταρα που περιβάλλουν τα σπειράματα. Επιβεβαιώθηκε ότι τα κύτταρα που εκφράζουν την τρανσγελίνη είναι κύτταρα που μοιάζουν με ινοβλάστες, με βάση τον εκτεταμένο και σε υψηλό ποσοστό συνεντοπισμό της τρανσγελίνης με την αSMA, ενώ δεν είναι ενδοθηλιακά, επιθηλιακά και κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος, βάση της έλλειψης συνεντοπισμού της τρανσγελίνης με το RECA-1, galectin 3 και το CD11b. Επιπλέον, δεν παρατηρήθηκε συνεντοπισμός της τρανσγελίνης με την S100A4/FSp1. Επιπρόσθετα, αυτοί οι περισπειραματικοί ινοβλάστες φαίνεται πως εκφράζουν την τρανσγελίνη κυτταροπλασματικά και πυρηνικά. Με την ανάλυση του υποκινητή της τρανσγελίνης, βρέθηκε ότι ανάμεσα σε αρκετούς μεταγραφικούς παράγοντες που έχουν ειδικά σημεία πρόσδεσης επάνω στον υποκινητή της τρανσγελίνης, μόνο o Kruppel-like factor 6 (KLF6) μεταγραφικός παράγοντας φαίνεται να συνεντοπίζεται με την τρανσγελίνη. Το εύρημα αυτό είναι σημαντικό για το μηχανισμό μέσα από το οποίο η τρανσγελίνη υπερεκφράζεται.Τέλος, τουλάχιστον σε 3 (από τις 9) κατηγορίες νεφρικών παθήσεων που μελετήθηκαν, την μεμβρανώδη νεφροπάθεια, την IgA νεφροπάθεια και την εστιακή τμηματική σπειραματοσκλήρυνση, η έκφραση της τρανσγελίνης εντοπίστηκε στα σπειράματα και σε κύτταρα γύρω από τα σπειράματα που μοιάζουν με ινοβλάστες, ενώ σε φυσιολογικό νεφρικό ιστό ανθρώπου, η τρανσγελίνη δεν εντοπίστηκε ποτέ σε αυτά τα σημεία.Συνοψίζοντας, τα δεδομένα μας για την τρανσγελίνη δείχνουν ότι η έκφραση της αυξάνεται σε ινωτικές νεφρικές ασθένειες και θα μπορούσε στο μέλλον να χρησιμοποιηθεί ως δείκτης για την νεφρική ίνωση.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document