Εκτίμηση των χαρακτηριστικών της επιδημίας του HIV-1 στην Ελλάδα με μεθόδους μοριακής επιδημιολογίας

Ο ιός της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας (Human Immunodeficiency Virus – HIV) έχει προκαλέσει μία από τις μεγαλύτερες πανδημίες στα χρονικά της ανθρωπότητας. Στην Ελλάδα, σύμφωνα με στοιχεία του εθνικού συστήματος επιδημιολογικής επιτήρησης της HIV/AIDS λοίμωξης (Εθνικός Οργανισμός Δημόσιας Υγείας – Ε.Ο.Δ.Υ), ο συνολικός αριθμός των ατόμων που έχουν προσβληθεί από τον ιό μέχρι τα τέλη του 2018 ανέρχεται σε 17.389. Επίσης, στην Ελλάδα, με απαρχή το 2011, συνέβη μία από τις μεγαλύτερες επιδημικές εκρήξεις στην Ευρώπη σε χρήστες ενδοφλέβιων ναρκωτικών (ΧΕΝ). Η παρούσα διατριβή είχε σκοπό τη διερεύνηση και την αποτύπωση της επιδημίας του HIV-1 στην Ελλάδα με μοριακές μεθόδους και καινοτόμες εφαρμογές. Συγκεκριμένα, αναλύθηκαν 4.856 μοναδικές HIV-1 νουκλεοτιδικές αλληλουχίες, οι οποίες αποτελούσαν το μεγαλύτερο δυνατό δείγμα διαθέσιμων δεδομένων με δειγματοληψία το χρονικό διάστημα 1999-2015 από το μεγαλύτερο τμήμα της Ελληνικής επικράτειας. Η ανάλυση των αλληλουχιών βασίστηκε σε καινοτόμες εφαρμογές μοριακών μεθόδων, και συγκεκριμένα σε εφαρμογές φυλογενετικής, φυλοδυναμικής και φυλογεωγραφικής ανάλυσης. Η υποτύπηση των υπό μελέτη αλληλουχιών έδειξε ότι επικρατέστεροι HIV-1 τύποι στην Ελλάδα παραμένουν οι υπότυποι B (44,2%) και A1 (25,3%). Παρόλο αυτά, η διαχρονική εκτίμηση του επιπολασμού των HIV-1 υπότυπων το χρονικό διάστημα 1999-2015 έδειξε ότι η επιδημία του HIV-1 στην Ελλάδα διαφοροποιείται σημαντικά με το πέρασμα του χρόνου. Συγκεκριμένα, ο επιπολασμός του υπότυπου Β και όλων των μη Β μη Α1 υπότυπων βρέθηκε να μειώνεται σταδιακά στην πορεία του χρόνου, σε αντίθεση με τον επιπολασμό του υπότυπου Α1 και των ανασυνδυασμένων τύπων του ιού ο οποίος βρέθηκε να παρουσιάζει αυξητική τάση. Η μελέτη των προτύπων διασποράς των επικρατέστερων ΗΙV-1 υπότυπων στην Ελλάδα έδειξε ότι η επιμέρους επιδημία του υπότυπου Α1 (93,8%) παρουσιάζει υψηλότερα επίπεδα τοπικής διασποράς συγκριτικά με του Β (77,1%). H τοπική διασπορά του υπότυπου Α1 βρέθηκε να σχετίζεται σημαντικά με τον τρόπο μετάδοσης (άνδρες που κάνουν σεξ με άνδρες, Men who have Sex with Men – MSM) και την εθνικότητα (Ελληνική), ενώ του Β με την περίοδο δειγματοληψίας (2011-2015). Η μοριακή επιτήρηση της επιδημίας του HIV-1 στους ΧΕΝ της Αθήνας το χρονικό διάστημα 2011-2014 ανέδειξε την ύπαρξη τεσσάρων κύριων τοπικών δικτύων διασποράς του ιού (επιμέρους επιδημίες) σε ΧΕΝ (CRF14_BG, CRF35_AD, Β, A). Στα δίκτυα αυτά βρέθηκαν, επίσης, αλληλουχίες από μη ΧΕΝ, που υποδηλώνουν την ύπαρξη μετάδοσης του ιού από ΧΕΝ και σε άλλες ομάδες κινδύνου. Επιπρόσθετα, βρέθηκε ότι οι επιμέρους επιδημίες του υπότυπου Α1 και του CRF35_AD ξεκίνησαν την ίδια περίπου χρονική περίοδο (Δεκέμβριος 2009 - Μάιος 2010) και παρουσίασαν έντονη αύξηση κατά τα αρχικά στάδια της επιδημίας, σε αντίθεση με εκείνες του υπότυπου Β και του CRF14_BG για τις οποίες εκτιμήθηκε ότι η προέλευση τους ήταν προγενέστερη (B: Μάρτιος 2006, CRF14_BG: Ιούλιος 2008) και ότι οι μεταδόσεις διήρκησαν για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα. Εστιάζοντας στους ΧΕΝ με μη Ελληνική εθνικότητα στην Αθήνα βρέθηκε ότι το μεγαλύτερο ποσοστό (94,3%) μολύνθηκε με HIV-1 μετά την άφιξη του στην Ελλάδα. Οι μεταδόσεις σε αυτόν τον ειδικό πληθυσμό πραγματοποιήθηκαν, κυρίως, εντός των τοπικών δικτύων διασποράς των ΧΕΝ (CRF14_BG, CRF35_AD, B, A1). Επίσης, βρέθηκε ότι κατά την επιδημική έκρηξη του HIV-1 στους ΧΕΝ στην Αθήνα οι μεταδόσεις του ιού συνέβησαν με μεγαλύτερη συχνότητα μεταξύ των ΧΕΝ διαφορετικών εθνικοτήτων (με μη Ελληνική εθνικότητα). Η μελέτη των κοινωνικών δικτύων και του τρόπου διασποράς του HIV-1 στους ΧΕΝ που συμμετείχαν στο πρόγραμμα «TRIP» (Transmission Reduction Intervention Project – TRIP) στην Αθήνα έδειξε ότι τo 59,3% των ατόμων είχε μολυνθεί σε κοινά δίκτυα μετάδοσης και είχε κοινωνική δικτύωση πρώτου βαθμού. Το υψηλό αυτό ποσοστό υποδηλώνει ότι κατά την επιδημία του HIV-1 στους ΧΕΝ στην Αθήνα περισσότερες από τις μισές μεταδόσεις πραγματοποιήθηκαν μεταξύ ατόμων με κοινωνική δικτύωση. Επιπρόσθετα, στον ίδιο πληθυσμό δείχθηκε ότι οι μεταδόσεις μεταξύ ατόμων με πρόσφατη HIV-1 λοίμωξη είναι πιο συχνές και, συνεπώς, τα άτομα με πρόσφατη HIV-1 λοίμωξη πιθανόν αποτελούν πηγές μετάδοσης του ιού. Αναφορικά με τον επιπολασμό αντοχής σε οποιαδήποτε κατηγορία φαρμάκων σε μη θεραπευμένα άτομα το διάστημα 2003-2015 εκτιμήθηκε 22,2%, με την αντοχή σε NNRTIs (Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors) να παρουσιάζει τα υψηλότερα ποσοστά (16,9%) και να αυξάνεται στην πορεία του χρόνου. Επιπρόσθετα, εντοπίστηκαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των NRTIs (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors) και NNRTIs ως προς τα πρότυπα μετάδοσης των ανθεκτικών στελεχών. Συγκεκριμένα, οι κυρίαρχες μεταλλαγές στα NNRTIs (E138A, K103N) βρέθηκαν να μεταδίδονται σε τοπικά δίκτυα (πέντε επιμέρους επιδημίες) και να σχετίζονται με μεταδόσεις μεταξύ MSM και υπότυπο Α1. Τέλος, για τρεις επιμέρους επιδημίες της E138A εκτιμήθηκε ότι ξεκίνησαν το ίδιο περίπου χρονικό διάστημα (1995-1997) και παρέμεναν ενεργές μεταξύ 2011 και 2015. Σε αντίθεση με τις παραπάνω επιδημίες, για την επιδημία της K103N εκτιμήθηκε ότι ξεκίνησε αρκετά πιο πρόσφατα (2007) και παρέμενε ενεργή το διάστημα 2008-2013. Εν κατακλείδι, σύμφωνα με το Κέντρο Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των Η.Π.Α. (Centers for Disease Control and Prevention – CDC) η διερεύνηση και αποτύπωση των χαρακτηριστικών μιας επιδημίας είναι καίριας σημασίας προκειμένου να επιτευχθεί ο έλεγχος της επιδημίας. Προς αυτήν την κατεύθυνση, τα ευρήματα της παρούσας διατριβής, τα οποία προέκυψαν από την εφαρμογή καινοτόμων μεθόδων μοριακής επιδημιολογίας, οδήγησαν στην παραγωγή τεκμηριωμένης γνώσης που μπορεί να συμβάλει σημαντικά στην προσπάθεια ελέγχου της επιδημίας του HIV-1 στην Ελλάδα.