scholarly journals Εξατομίκευση της θεραπείας με υδροξυουρία ασθενών με β-αιμοσφαιρινοπάθειες

2019 ◽  
Author(s):  
Αλεξάνδρα Κολλιοπούλου

Ο κλινικός φαινότυπος των ασθενών με β-αιμοσφαιρινοπάθειες ποικίλλει, γεγονός που οφείλεται αφενός στις μεταλλάξεις που εντοπίζονται στο γονίδιο που κωδικοποιεί τη β-αλυσίδα της αιμοσφαιρίνης HbΑ και αφετέρου σε τροποποιητικά γονίδια που κωδικοποιούν σημαντικούς μεταγραφικούς παράγοντες που δρούν in trans ως προς το σύμπλεγμα των γονιδίων της β-σφαιρίνης, ρυθμίζοντας την έκφραση των γονιδίων του. Μελέτες έχουν δείξει ότι η αυξημένη παραγωγή της εμβρυϊκής αιμοσφαιρίνης μπορεί να βελτιώσει την κλινική εικόνα των ενήλικων ασθενών με β-αιμοσφαιρινοπάθειες. Στην παρούσα διδακτορική διατριβή προσδιορίστηκαν οι μεταλλάξεις και οι γενετικές παραλλαγές, αφ’ενός στο γονίδιο της β-σφαιρίνης και αφ’ετέρου στα τροποποιητικά γονίδια FLT1, ARG2, NOS2A, KLF10, MAP3K5, PDE7B, ASS1, NOS1 και TOX που δρουν in trans και εμπλέκονται και στη ρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων της γ-σφαιρίνης σε ενήλικες ασθενείς με β-αιμοσφαιρινοπάθειες. Μελετήθηκαν ενήλικες ασθενείς ελληνικής καταγωγής και συγκεκριμένα, 38 ασθενείς με εξαρτώμενη μεταγγίσεων β-θαλασσαιμία, 7 ασθενείς με μη εξαρτώμενη μεταγγίσεων β-θαλασσαιμία, 42 ασθενείς με μικροδρεπανοκυτταρική αναιμία και 53 υγιή άτομα, ως μάρτυρες. Στους μικροδρεπανοκυτταρικούς ασθενείς χορηγείται υδροξυουρία προκειμένου να αυξήσουν τα επίπεδα της εμβρυϊκής τους αιμοσφαιρίνης και κατά συνέπεια να βελτιώσουν τον κλινικό τους φαινότυπο. Παρ’ όλα αυτά δεν ανταποκρίνονται όλοι οι ασθενείς σε αυτή τη φαρμακευτική αγωγή. Ο σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής ήταν η μελέτη (φαρμακο)γονιδιωματικών δεικτών. Η παρουσία αυτών των δεικτών σχετίζεται με τη δυνατότητα α) των ασθενών με β-θαλασσαιμία να παράγουν υψηλά επίπεδα HbF, απουσία του HPFH συνδρόμου, εμφανίζοντας φαινότυπο μη εξαρτώμενης μεταγγίσεων β-θαλασσαιμίας–ενδιάμεση β-θαλασσαιμία ή ασθενών που δεν έχουν αυτή τη δυνατότητα εμφανίζοντας κλινικό φαινότυπο βαριάς β-θαλασσαιμίας εξαρτώμενη από μεταγγίσεις και β) των μικροδρεπανοκυτταρικών ασθενών να ανταποκρίνονται στη θεραπευτική αγωγή με υδροξυουρία. Απώτερος στόχος της παρούσας μελέτης ήταν και η επιβεβαίωση των συγκεκριμένων γενετικών παραλλαγών στα προαναφερθέντα τροποποιητικά γονίδια ως φαρμακογονιδιωματικών δεικτών, συμπεριλαμβάνοντας και αποτελέσματα προηγούμενων μελετών του εργαστηρίου Ε.Φ.Ε.Θ, προκειμένου να αυξηθεί το στατιστικό δείγμα και η εγκυρότητα των αποτελεσμάτων. Ο προσδιορισμός των μεταλλάξεων του γονιδίου της β-σφαιρίνης έγινε με ενίσχυση του γονιδίου με αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR) και ακολούθως αλληλούχηση κατά Sanger. Οι γενετικές παραλλαγές προσδιορίστηκαν είτε με αλληλούχηση κατά Sanger, είτε με κατάτμηση με συγκεκριμένα ένζυμα περιορισμού ή με εφαρμογή της μεθόδου ανάλυσης των ετεροδιμερών (Heteroduplex Analysis, HDA), αφού είχε προηγηθεί ενίσχυση με PCR των συγκεκριμένων τμημάτων των τροποποιητικών γονιδίων που φέρουν τις συγκεκριμένες γενετικές παραλλαγές, είτε με την εφαρμογή της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης ειδικής για το αλληλόμορφο (Allele Specific PCR).Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης ανέδειξαν σημαντική συσχέτιση μεταξύ της μικρής επαναλαμβανόμενης εν σειρά αλληλουχίας - STR-5’-GCGCG-3’ στον υποκινητή του MAP3K5 γονιδίου με την ανταπόκριση στη θεραπεία με υδροξυουρία των ασθενών με μικροδρεπανοκυτταρική αναιμία. Επίσης, σημαντική συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών rs944725 στο NOS2A γονίδιο και rs10483801 στο ARG2 γονίδιο, με την ανταπόκριση στη θεραπεία με υδροξυουρία των ασθενών με μικροδρεπανοκυτταρική αναιμία. Επιπλέον, βρέθηκε ισχυρή συσχέτιση των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών rs2182008 στο FLT1 γονίδιο, του rs3191333 στο KLF10 γονίδιο και του rs10483801 στο ARG2 γονίδιο με το φαινότυπο ενδιάμεσης β-θαλασσαιμίας που εμφανίζουν οι ασθενείς με μη εξαρτώμενη μεταγγίσεων β-θαλασσαιμία, οι οποίοι έχουν την ικανότητα να παράγουν αυξημένα επίπεδα εμβρυϊκής αιμοσφαιρίνης, απουσία του HPFH συνδρόμου, βελτιώνοντας τον κλινικό τους φαινότυπο.

1996 ◽  
Vol 75 (05) ◽  
pp. 757-759 ◽  
Author(s):  
Rainer Blasczyk ◽  
Markus Ritter ◽  
Christian Thiede ◽  
Jenny Wehling ◽  
Günter Hintz ◽  
...  

SummaryResistance to activated protein C is the most common hereditary cause for thrombosis and significantly linked to factor V Leiden. In this study, primers were designed to identify the factor V mutation by allele-specific PCR amplification. 126 patients with thromboembolic events were analysed using this technique, PCR-RFLP and direct sequencing. The concordance between these techniques was 100%. In 27 patients a heterozygous factor VGln506 mutation was detected, whereas one patient with recurrent thromboembolism was homozygous for the point mutation. Due to its time- and cost-saving features allele-specific amplification should be considered for screening of factor VGln506.


2021 ◽  
Vol 21 (1) ◽  
Author(s):  
Zhengjie Chen ◽  
Dengguo Tang ◽  
Jixing Ni ◽  
Peng Li ◽  
Le Wang ◽  
...  

Abstract Background Maize is one of the most important field crops in the world. Most of the key agronomic traits, including yield traits and plant architecture traits, are quantitative. Fine mapping of genes/ quantitative trait loci (QTL) influencing a key trait is essential for marker-assisted selection (MAS) in maize breeding. However, the SNP markers with high density and high polymorphism are lacking, especially kompetitive allele specific PCR (KASP) SNP markers that can be used for automatic genotyping. To date, a large volume of sequencing data has been produced by the next generation sequencing technology, which provides a good pool of SNP loci for development of SNP markers. In this study, we carried out a multi-step screening method to identify kompetitive allele specific PCR (KASP) SNP markers based on the RNA-Seq data sets of 368 maize inbred lines. Results A total of 2,948,985 SNPs were identified in the high-throughput RNA-Seq data sets with the average density of 1.4 SNP/kb. Of these, 71,311 KASP SNP markers (the average density of 34 KASP SNP/Mb) were developed based on the strict criteria: unique genomic region, bi-allelic, polymorphism information content (PIC) value ≥0.4, and conserved primer sequences, and were mapped on 16,161 genes. These 16,161 genes were annotated to 52 gene ontology (GO) terms, including most of primary and secondary metabolic pathways. Subsequently, the 50 KASP SNP markers with the PIC values ranging from 0.14 to 0.5 in 368 RNA-Seq data sets and with polymorphism between the maize inbred lines 1212 and B73 in in silico analysis were selected to experimentally validate the accuracy and polymorphism of SNPs, resulted in 46 SNPs (92.00%) showed polymorphism between the maize inbred lines 1212 and B73. Moreover, these 46 polymorphic SNPs were utilized to genotype the other 20 maize inbred lines, with all 46 SNPs showing polymorphism in the 20 maize inbred lines, and the PIC value of each SNP was 0.11 to 0.50 with an average of 0.35. The results suggested that the KASP SNP markers developed in this study were accurate and polymorphic. Conclusions These high-density polymorphic KASP SNP markers will be a valuable resource for map-based cloning of QTL/genes and marker-assisted selection in maize. Furthermore, the method used to develop SNP markers in maize can also be applied in other species.


Agronomy ◽  
2021 ◽  
Vol 11 (5) ◽  
pp. 982
Author(s):  
Zhiliang Xiao ◽  
Congcong Kong ◽  
Fengqing Han ◽  
Limei Yang ◽  
Mu Zhuang ◽  
...  

Cabbage (Brassica oleracea) is an important vegetable crop that is cultivated worldwide. Previously, we reported the identification of two dominant complementary hybrid lethality (HL) genes in cabbage that could result in the death of hybrids. To avoid such losses in the breeding process, we attempted to develop molecular markers to identify HL lines. Among 54 previous mapping markers closely linked to BoHL1 or BoHL2, only six markers for BoHL2 were available in eight cabbage lines (two BoHL1 lines; three BoHL2 lines; three lines without BoHL); however, they were neither universal nor user-friendly in more inbred lines. To develop more accurate markers, these cabbage lines were resequenced at an ~20× depth to obtain more nucleotide variations in the mapping regions. Then, an InDel in BoHL1 and a single-nucleotide polymorphism (SNP) in BoHL2 were identified, and the corresponding InDel marker MBoHL1 and the competitive allele-specific PCR (KASP) marker KBoHL2 were developed and showed 100% accuracy in eight inbred lines. Moreover, we identified 138 cabbage lines using the two markers, among which one inbred line carried BoHL1 and 11 inbred lines carried BoHL2. All of the lethal line genotypes obtained with the two markers matched the phenotype. Two markers were highly reliable for the rapid identification of HL genes in cabbage.


2007 ◽  
Vol 71 (6) ◽  
pp. 569-575 ◽  
Author(s):  
S Giroux ◽  
A Dubé-Linteau ◽  
G Cardinal ◽  
Y Labelle ◽  
N Laflamme ◽  
...  

2014 ◽  
Vol 57 (7) ◽  
pp. 961-965 ◽  
Author(s):  
LingHui Zhang ◽  
Zhuo Tang

2007 ◽  
Vol 376 (1-2) ◽  
pp. 155-162 ◽  
Author(s):  
Antonio Casado-Díaz ◽  
Rafael Cuenca-Acevedo ◽  
José Manuel Quesada ◽  
Gabriel Dorado

Author(s):  
Razieh Alivand ◽  
Fatemeh Abdi ◽  
Mahmood Dehghani-Ashkezari ◽  
Hossein Neamatzadeh ◽  
Sedigheh Ekraminasab

Background: Recurrent miscarriage (RM) is one of the major problems of public health globally. The thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFI) gene is a plasma zymogen that regulates both fibrinolysis and inflammation. Genetic variants within TAFI gene are presumed to be associated with development of RM. This case-control study aimed to investigate the association of TAFI +505A>G polymorphism with RM in Iranian women referred to Meybod Genetic Center. Methods: Fifty women with RM (at least 2 miscarriages) and 50 healthy women with no history of miscarriage or other fertility complications were participated in this study. The TAFI +505A>G polymorphism was genotyped by allele specific PCR (AS-PCR) assay. Results: The mean age of cases with RM and controls was 27.25 ± 4.31 and 28.42 ± 3.22 years, respectively. The frequency of GG genotype and G allele was 0.00% in patients and controls. There was no significant difference between RM cases and controls in terms of +505A>G genotypes and alleles. Conclusion: This study results indicated that there was no significant relationship between the TAFI +505A>G polymorphism and RM risk in Iranian women. However, further rigorous, studies with a larger sample size and different ethnicity are necessary to confirm our findings.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document