Next Generation Sequencing and Microbiome Evaluation: Molecular Microbiology and Its Impact on Human Health

2015 ◽  
pp. 121-142
Author(s):  
A Focà ◽  
M Liberto ◽  
N Marascio
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Human Health ◽  
Next Generation ◽  
Molecular Microbiology ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives

BMC Biology ◽  
2019 ◽  
Vol 17 (1) ◽  
Author(s):  
Sanzhima Garmaeva ◽  
Trishla Sinha ◽  
Alexander Kurilshikov ◽  
Jingyuan Fu ◽  
Cisca Wijmenga ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Human Health ◽  
Next Generation ◽  
Human Gut ◽  
Sequencing Technologies ◽  
Quantum Leap ◽  
Complex Ecosystem ◽  
Technical Challenges ◽  
Generation Sequencing

Abstract The human gut harbors a complex ecosystem of microorganisms, including bacteria and viruses. With the rise of next-generation sequencing technologies, we have seen a quantum leap in the study of human-gut-inhabiting bacteria, yet the viruses that infect these bacteria, known as bacteriophages, remain underexplored. In this review, we focus on what is known about the role of bacteriophages in human health and the technical challenges involved in studying the gut virome, of which they are a major component. Lastly, we discuss what can be learned from studies of bacteriophages in other ecosystems.

Labordiagnostik bei gastrointestinalen Tumoren

2020 ◽  
Vol 11 (05) ◽  
pp. 232-238
Author(s):  
Marcus Kleber
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Kolorektales Karzinom ◽  
Next Generation ◽  
Generation Sequencing

ZUSAMMENFASSUNGDas kolorektale Karzinom (KRK) ist einer der häufigsten malignen Tumoren in Deutschland. Einer frühzeitigen Diagnostik kommt große Bedeutung zu. Goldstandard ist hier die Koloskopie. Die aktuelle S3-Leitlinie Kolorektales Karzinom empfiehlt zum KRK-Screening den fäkalen okkulten Bluttest. Für das Monitoring von Patienten vor und nach Tumorresektion werden die Messung des Carcinoembryonalen Antigens (CEA) und der Mikrosatellitenstabilität empfohlen. Für die Auswahl der korrekten Chemotherapie scheint derzeit eine Überprüfung des Mutationsstatus, mindestens des KRAS-Gens und des BRAF-Gens, sinnvoll zu sein. Eine Reihe an neuartigen Tumormarkern befindet sich momentan in der Entwicklung, hat jedoch noch nicht die Reife für eine mögliche Anwendung in der Routinediagnostik erreicht. Den schnellsten Weg in die breite Anwendung können Next-Generation-Sequencing-basierte genetische Tests finden.

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