Assessment of Clinically Suspected Tubercular Lymphadenopathy by Real-Time PCR Compared to Non-Molecular Methods on Lymph Node Aspirates

2017 ◽  
Vol 62 (1) ◽  
pp. 4-11 ◽  
Author(s):  
Vivek Gupta ◽  
Arvind Bhake

Background: The diagnosis of tubercular lymphadenitis (TBLN) is challenging. This study assesses the role of diagnostic intervention with real-time PCR in clinically suspected tubercular lymphadenopathy in relation to cytology and microbiological methods. Methods: The cross-sectional study involved 214 patients, and PCR, cytology, and Ziehl-Neelsen (ZN) staining was performed on aspirates. The findings were compared with culture on Lowenstein-Jensen medium. The overall concordance of cytology and PCR, both individually and combined, was calculated. χ2 and Phi values were assessed between cytology, PCR, and culture. Results: A cytological diagnosis of tuberculosis (TB), reactive lymphoid hyperplasia, and suppurative lymphadenitis was made in 71, 112, and 6 patients, respectively. PCR and culture were positive in 40% of the cases. Among the TBLN patients, PCR showed higher positivity in necrosis and culture showed higher positivity in necrotizing granuloma. Positive ZN staining was observed in 29.6% of the TBLN cases, with an overall positivity of 11%. PCR could additionally detect 82 cases missed by ZN staining. The overall concordance rate for either diagnostic modality, i.e., PCR or cytology, was highest (75%), and for PCR alone was 74%. Phi values were observed to be 0.47 between PCR and culture. Conclusion: Real-time PCR for Mycobacterium tuberculosis complex on aspirates offers a definitive and comparable diagnosis of TBLN. Including this approach as the primary investigation in the work-up of TBLN could reduce the burden of TB.

2017 ◽  
Vol 61 (3) ◽  
pp. 173-178 ◽  
Author(s):  
Vivek Gupta ◽  
Arvind Bhake

Objectives: The diagnosis of peripheral tubercular lymphadenopathy (TBLN) in pediatric patients is often a challenge because features evident on fine-needle aspiration cytology (FNAC) or tissue biopsy can be deceptive for the reason that they result from an immunological response. This study aimed to evaluate polymerase chain reaction (PCR) for Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) in pediatric patients under clinical suspicion for TBLN and to assess its role in the evaluation of cases cytodiagnosed as reactive lymphoid hyperplasia. Methods: This was a cross-sectional study conducted on 45 pediatric patients clinically suspected and unsuspected for TBLN. FNAC, culture on Löwenstein-Jensen medium, and real-time PCR were performed. Comparative values with reference to the culture were calculated. Results: Cytology had a sensitivity and specificity of 38.5 and 87.5%, respectively. Real-time PCR had a sensitivity and specificity of 84.6 and 81.3%, respectively. Of the 32 cases with a cytodiagnosis of reactive lymphoid hyperplasia, 53% were positive both on PCR and culture for M. tuberculosis; the φ value of 0.93 demonstrated a strong association between these 2 methods. Conclusion: Real-time PCR is useful in detecting MTBC in pediatric patients, and it also helps in the diagnosis of cases missed on FNAC.


2020 ◽  
Vol 18 ◽  
Author(s):  
Pegah Shakib ◽  
Mohammad Reza Zolfaghari

Background: Conventional laboratory culture-based methods for diagnosis of Streptococcus pneumoniae are time-consuming and yield false negative results. Molecular methods including real-time (RT)-PCR rapid methods and conventional PCR due to higher sensitivity and accuracy have been replaced instead traditional culture assay. The aim of the current study was to evaluate lytA gene for detection of Streptococcus pneumoniae in the cerebrospinal fluid of human patients with meningitis using real-time PCR assay. Material and Methods: In this cross-sectional study, a total of 30 clinical specimens were collected from patients in a period from September to December 2018. In order to evaluate the presence of lytA gene, conventional and real-time PCR methods were used without culture. Results: From 30 sputum samples five (16.66%) isolates were identified as S. pneumoniae by lytA PCR and sequencing. Discussion: In this research, an accurate and rapid real-time PCR method was used, which is based on lytA gene for diagnosis of bacteria so that it can be diagnosed. Based on the sequencing results, the sensitivity for detection of lytA gene was 100% (5/5).


2013 ◽  
Author(s):  
Δήμητρα-Τζιμούλα Κοτρώτσιου

Εισαγωγή: Το U.urealyticum spp. είναι ένας μικροοργανισμός πολύ διαδεδομένος στον άνθρωπο, που αποικίζει διάφορες περιοχές του σώματός του και συχνά προκαλεί οξείες ή χρόνιες λοιμώξεις. Καθώς ο μικροοργανισμός στερείται κυτταρικού τοιχώματος, η αντιμετώπιση των λοιμώξεων που προκαλεί περιορίζεται κυρίως στις κινολόνες, τις μακρολίδες και τις τετρακυκλίνες. Η περιορισμένη πλέον παραγωγή νέων αντιμικροβιακών καθιστά επιτακτική την ανάγκη ορθής και αποτελεσματικής χορήγησης αυτών που υπάρχουν. Η παγκόσμια επιστημονική κοινότητα είναι ήδη ευαισθητοποιημένη, καθώς τα ουρεαπλάσματα έχουν ήδη από ετών αποκτήσει ικανά επίπεδα ανθεκτικότητας σε ορισμένα από τα χορηγούμενα αντιμικροβιακά. Σκοπός: Σκοπός αυτής της έρευνας ήταν να ελέγξει την ανθεκτικότητα των στελεχών του U.urealyticum spp., που κυκλοφορούν στη Βόρεια Ελλάδα, στα χρησιμοποιούμενα αντιμικροβιακά φάρμακα, σε φαινοτυπικό όσο και σε γονιδιακό επίπεδο.Υλικό και μέθοδος: Επρόκειτο για συγχρονική μελέτη (cross-sectional study) χρονικής στιγμής σε σχέση με τον επιπολασμό, η οποία περιλαμβάνει έλεγχο της ανθεκτικότητας του U.urealyticum spp. στα χρησιμοποιούμενα αντιμικροβιακά με συμβατικές και μοριακές τεχνικές. Το υλικό της εργασίας αποτέλεσαν 100 θετικά δείγματα για U.urealyticum spp. που προήλθαν από νοσοκομεία της Θεσσαλονίκης, το διάστημα 2010-2011. Τα κλινικά δείγματα ήταν τραχηλικά επιχρίσματα γυναικών και ουρηθρικά εκκρίματα ανδρών, στα οποία ο μικροοργανισμός απομονώθηκε με καλλιέργεια σε άγαρ Α7. Και τα 100 θετικά δείγματα για U.urealyticum spp. που επιλέχθηκαν είχαν συγκέντρωση μικροβίου >104 CFU/ml και δεν υπήρχε συλλοίμωξη του γεννητικού συστήματος των ασθενών με άλλο γεννητικό μυκόπλασμα. Ακολούθησε φαινοτυπικός έλεγχος ανθεκτικότητας του μικροοργανισμού με προτυποποιημένη μέθοδο. Επιβεβαιωτικά έγινε ανίχνευση του γονιδίου της ουρεάσης με real-time PCR στα δείγματα με θετική καλλιέργεια. Πραγματοποιήθηκε μοριακός διαχωρισμός του U.urealyticum spp. στα είδη του και μοριακός διαχωρισμός στελεχών U.parvum στους γονοτύπους τους. Για την ανίχνευση πιθανών μεταλλάξεων στις υπομονάδες-στόχους των χρησιμοποιούμενων αντιμικροβιακών, έγινε ενίσχυση όλων των υπομονάδων-στόχων των κινολονών σε όλα τα στελέχη, όλων των υπομονάδων-στόχων των μακρολιδών στα μη ευαίσθητα στελέχη και του γονιδίου tetM για τις τετρακυκλίνες σε όλα τα στελέχη. Η ανίχνευση των γονιδίων ουρεάσης και tetM πραγματοποιήθηκε για πρώτη φορά βιβλιογραφικά με εφαρμογή τεχνικών Real Time PCR. Ακολούθησε αλληλούχηση των προϊόντων ενίσχυσης για τις κινολόνες και τις μακρολίδες σε επιλεγμένα στελέχη και έγινε σύγκριση των αλληλουχιών με αυτές των αντίστοιχων πρότυπων στελεχών. Για τη στατιστική ανάλυση χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος χ2 και οι παραλλαγές της και το στατιστικό πρόγραμμα SPSS 17.0. Αποτελέσματα: Η συχνότητα ανεύρεσης του U.urealyticum spp. σε υγιείς ασυμπτωματικές γυναίκες ηλικίας 20-70 ετών στην Βόρεια Ελλάδα βρέθηκε σε ποσοστό 16,13%. Οι υγιείς φορείς του μικροοργανισμού σε υψηλές συγκεντρώσεις (≥104CFU/ml) είναι στην πλειοψηφία τους γυναίκες σε αναπαραγωγική ηλικία, ενώ το κυρίαρχο είδος στα στελέχη του μικροοργανισμού βρέθηκε το U.parvum. Η ομάδα των τετρακυκλινών προκρίνεται, ως η πιο αποτελεσματική φαινοτυπικώς θεραπευτική αγωγή (αντοχή 0%), ακολουθούμενη από τις μακρολίδες (αντοχή 4%), ενώ αντίθετα η ανθεκτικότητα του μικροοργανισμού στις κινολόνες είναι ιδιαίτερα υψηλή (>50%). Η οφλοξασίνη υπερέχει στατιστικά σημαντικά της σιπροφλοξασίνης ως προς την ευαισθησία στο σύνολο των θετικών δειγμάτων για U.urealyticum spp., και στα δύο είδη του μικροοργανισμού. Οι περισσότερες νουκλεοτιδικές/αμινοξικές αλλαγές που σχετίζονται με ανθεκτικότητα στις κινολόνες σημειώνονται στις πρωτεϊνικές υπομονάδες της τοποϊσομεράσης IV, ειδικότερα στην υπομονάδα ParC. Σε ότι αφορά τις μακρολίδες, στελέχη με χαμηλές MIC εμφανίζουν μεταλλάξεις στους γνωστούς στόχους των εν λόγω αντιβιοτικών. Σε περισσότερα από το ένα τρίτο των φαινοτυπικώς ευαίσθητων στελεχών του U.urealyticum spp. στις τετρακυκλίνες ανιχνεύθηκε το γονίδιο ανθεκτικότητας tetM. Ανιχνεύθηκαν 11 νέοι πολυμορφισμοί στην υπομονάδα ParC, 1 στην υπομονάδα ParE για τις κινολόνες και 1 στο γονίδιο της πρωτεΐνης L22 για τις μακρολίδες, που αναφέρονται για πρώτη φορά διεθνώς. Δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ της κλινικής εικόνας και της παρουσίας ή όχι μεταλλάξεων και γονιδίων ανθεκτικότητας.Συμπεράσματα: Οι υγιείς φορείς του μικροοργανισμού υπολογίζονται σε περίπου μία στις 6 γυναίκες στη Βόρεια Ελλάδα, με το υψηλότερο ποσοστό στην αναπαραγωγική ηλικία. Οι κινολόνες θα πρέπει να χρησιμοποιούνται με περίσκεψη και αν υπάρχει η δυνατότητα επιλογής, συνιστάται η οφλοξασίνη. Τα στελέχη που απομονώθηκαν από ασθενείς και φορείς δεν διέφεραν στατιστικά ως προς την ευαισθησία στις κινολόνες. Ανιχνεύθηκαν νέοι πολυμορφισμοί που αναφέρονται για πρώτη φορά διεθνώς. Διαπιστώθηκε ότι στελέχη με την ίδια φαινοτυπική ευαισθησία παρουσιάζουν διαφορετικές μεταλλάξεις, που οδηγούν στην υπόθεση ότι όλες οι μεταλλάξεις δεν σχετίζονται ισχυρά με ανθεκτικότητα. Επίσης, η σημασία της παρουσίας του γονιδίου tetM αξιολογείται με περίσκεψη. Συμπερασματικά: α) η χορηγούμενη θεραπευτική αγωγή καλόν είναι να βασίζεται στον έλεγχο φαινοτυπικής ευαισθησίας του μικροοργανισμού, αντί της εμπειρικής θεραπείας που συνήθως δίνεται στην καθ’ημέρα κλινική πράξη β) για την επιδημιολογική επιτήρηση του U.urealyticum spp. έχει σημασία η συσχέτιση της φαινοτυπικής ανθεκτικότητας με το γονοτυπικό του προφίλ.


2018 ◽  
Vol 62 (3) ◽  
pp. 204-208 ◽  
Author(s):  
Vivek Gupta ◽  
Arvind Bhake

Background: Enlarged lymph nodes in adult patients often present a diagnostic challenge. In the absence of granuloma or necrosis, the cytology/tissue findings are misleading and relate the enlarged lymph nodes to reactive lymphoid hyperplasia (RLH), because granuloma formation is an immunological response that usually takes 14–100 days to develop. This study assesses the role of real-time (RT)-PCR in the diagnosis of the Mycobacterium complex (MTBC) in lymph node aspirates compared with culture in cases of RLH. Methods: A cross-sectional study was conducted on 112 patients, aged 15–74 years, with a diagnosis of RLH on cytology. RT-PCR for MTBC detection and culture on Löwenstein-Jensen medium for tubercular bacilli was done on lymph node aspirates. Comparative values with reference to culture were calculated. The χ2 value, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), and likelihood ratios (LR) were calculated. Results: Out of 112 RLH cases, 35 (31%) were positive on both RT-PCR and culture. RT-PCR was positive in 43 cases and culture was positive in 44 cases. The χ2 test was found to be highly significant. PPV, NPV, positive LR, and negative LR were 81.4%, 87%, 6.76, and 0.23, respectively. Conclusion: RT-PCR for MTBC proves to be useful in arriving at a conclusive diagnosis in patients with a cytological diagnosis of RLH.


Author(s):  
Olga Lucia Herrán Ramírez ◽  
Huarrisson Azevedo Santos ◽  
Patrícia Gonzaga Paulino ◽  
Carolina Soares van der Meer ◽  
José Luis Rodríguez Bautista ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 5 (3) ◽  
Author(s):  
Eka Kurniawan ◽  
Raveinal Raveinal ◽  
Fauzar Fauzar ◽  
Zulkarnain Arsyad

 AbstrakTuberkulosis (TB) paru adalah penyakit menular yang disebabkan oleh kuman Mycobacterium tuberkulosis. TB masih tetap menjadi masalah kesehatan dunia karena lebih kurang 1/3 penduduk dunia terinfeksi oleh kuman ini dan sumber penularannya berasal dari Basil Tahan Asam (BTA) positif maupun negatif. TB paru BTA negatif didiagnosis berdasarkan gambaran klinis dan rontgen torak yang sesuai TB serta pertimbangan dokter sehingga hal ini dapat menimbulkan under atau over diagnosis TB. GeneXpert merupakan pemeriksaan molekuler dengan metode “real time“ PCR dan merupakan penemuan terobosan untuk mendiagnosis TB secara cepat. Tujuan penelitiian ini adalah melakukan penilaian validitas GeneXpert pada TB paru BTA negatif dibandingkan dengan kultur Loweinstein Jensen. Desain penelitian uji diagnostik ini adalah cross sectional study. Penelitian dilakukan terhadap 40 orang pasien TB paru BTA negatif di Puskesmas sekitar kota Padang dan pasien yang dirawat di Bagian Penyakit Dalam RS dr. M. Djamil Padang. Dilakukan pemeriksaan sputum dengan GeneXpert dan dibandingkan dengan kultur Loweinstein Jensen. Hasil uji diagnostik dengan GeneXpert untuk mendiagnosis TB paru BTA negatif didapatkan sensitivitas 83.33%, spesifisitas 95.46%, nilai prediksi positif 93.75%, nilai prediksi negatif 87.5% dan akurasi 90% serta hasil uji kappa didapatkan 0.796. Disimpulkan GeneXpert memiliki sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif, nilai prediksi negatif dan akurasi yang tinggi pada TB paru BTA negatif.Kata kunci: nilai diagnostik, TB paru BTA negatif, GeneXpert AbstractPulmonary tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis. TB is still a global health problem. Approximately one third of the world population is infected by Mycobacterium tuberculosis and the source of infection came from smear positive and negative patient. Smear negative pulmonary TB can be considered based on clinical symptom and chest x-ray as well as description of TB and it’s depend on doctor's decision, so this can lead to under or over-diagnosis. Molecular examination with real time PCR method of GeneXpert is a breakthrough invention to diagnose TB quickly. The objective of this study was to assess the validity of GeneXpert in smear negative pulmonary TB and it’s compared with Loweinstein Jensen culture. Study design was diagnostic test with cross sectional study. Research conducted on 40 patients with smear negative pulmonary TB in public health centers around the city of Padang and the patients who were treated at the Internal Medicine department of dr. M. Djamil hospital Padang. Sputum examination conducted by GeneXpert compared with Loweinstein Jensen culture. Diagnostic value of GeneXpert for diagnosing smear negative pulmonary tuberculosis are sensitivity 83.33%, specificity 95.46%, positive predictive value 93.75%, negative predictive value 87.5% and accuracy 90%. Kappa value is 0.796. GeneXpert has a high sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value and accuracy on smear negative pulmonary tuberculosis.Keywords: diagnostic value, smear negative pulmonary tuberculosis, GeneXpert


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document