Comparison of real‐time PCR vs PCR with fragment length analysis for the detection of CALR mutations in suspected myeloproliferative neoplasms

2019 ◽  
Vol 41 (6) ◽  
Author(s):  
Laura J. Doyle ◽  
Bryan L. Betz ◽  
Helmut C. Weigelin ◽  
Gary W. Procop ◽  
James R. Cook
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Fragment Length ◽  
Real Time Pcr ◽  
Myeloproliferative Neoplasms ◽  
Calr Mutations ◽  
Length Analysis

scholarly journals Επίδραση των πολυμορφισμών του γονιδίου της UDP γλυκουρονικής τρανσφεράσης στον μεταβολισμό της κεφτριαξόνης σε παιδιά πάσχοντα από βακτηριακές λοιμώξεις

2017 ◽  
Author(s):  
Όλγα Λιάπη
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Restriction Fragment ◽  
Fragment Length ◽  
Real Time Pcr ◽  
Length Analysis ◽  
Restriction Fragment Length

Αν και η εμφάνιση χολολιθίασης μετά τη χορήγηση κεφτριαξόνης είναι γνωστή από το 1986 (Schaad et al), ο αιτιοπαθογενετικός παραμένει ασαφής. Είναι πλέον αποδεδειγμένο ότι μετά τη χορήγηση του φαρμάκου παράγοντες, όπως η αυξημένη δόση του φαρμάκου, συμβάλλουν στην πρόκληση ψευδολιθίασης. Επιπλέον έχει φανεί ότι το λιθιασικό υλικό σε ασθενείς με ψευδολιθίαση αποτελείται κυρίως από χολερυθρινική ασβεστούχο κεφτριαξόνη. Λαμβάνοντας υπόψη ότι ανάμεσα σε μία ομάδα ασθενών με τους ίδιους παράγοντες κινδύνου (δόση, διάρκεια θεραπείας, κλπ) μόνο ένα ποσοστό θα αναπτύξει ψευδολιθίαση, το ενδεχόμενο της γενετικής προδιάθεσης φαίνεται άκρως πιθανό.Παρατηρώντας ότι τρείς ασθενείς της Κλινικής μας που εμφάνισαν ψευδολιθίαση ήταν επίσης φορείς του πολυμορφισμού UGT1A1*28 και γνωρίζοντας ότι ο παραπάνω πολυμορφισμός επηρεάζει τον μεταβολισμό της χολερυθρίνης, θεωρήσαμε ενδιαφέρον να διερευνήσουμε την πιθανή συσχέτισή τους με τη δημιουργία λιθίασης μετά τη χορήγηση κεφτριαξόνης. 120 παιδιατρικοί ασθενείς, που νοσηλεύτηκαν στην Κλινική μας και στους οποίους χορηγήθηκε κεφτριαξόνη, συμμετείχαν σε μία προοπτική μελέτη βασικής έρευνας. Δείγματα περιφερικού αίματος συλλέχθηκαν από όλους τους ασθενείς, ενώ παράλληλα προγραμματίστηκαν τακτικοί υπερηχογραφικοί έλεγχοι κατά την έναρξη, μέση και τέλος της αγωγής. Επόμενο βήμα της μελέτης ήταν η ανάλυση του πολυμορφισμού UGT1A1*28 αρχικά με τη μέθοδο Real time PCR και έπειτα με τη μέθοδο Sequencing. Επίσης μετά από βιβλιογραφική αναζήτηση, φάνηκε χρήσιμο να αναλυθεί και ο σημειακός πολυμορφισμός c.923G>A με τη μέθοδο restriction fragment length analysis (RFLA).Ανάμεσα στον πληθυσμό της μελέτης, το 23,3% εμφάνισε ψευδολιθίαση, ενώ 49,2% των ασθενών ανιχνεύτηκαν ως ετεροζυγώτες και 6,6% ως ομοζυγώτες για τον πολυμορφισμό UGT1A1*28. Η επίπτωση του πολυμορφισμού δεν διέφερε σημαντικά μεταξύ των ομάδων των ασθενών με ή χωρίς ψευδολιθίαση. Η εμφάνιση του πολυμορφισμού δεν φάνηκε να συσχετίζεται με την εμφάνιση λιθίασης μετά την χορήγηση κεφτριαξόνης. Ο πολυμορφισμός c.923G>A δεν ανιχνεύτηκε σε κανέναν από τους συμμετέχοντες στη μελέτη ασθενείς. Αν και η αρχική μας υπόθεση δεν αποδείχθηκε, ιδιαίτερα ενδιαφέροντα είναι τα επιδημιολογικά στοιχεία, που προέκυψαν δευτερευόντως μέσα από την παραπάνω έρευνα. Τέλος, το αρχικό μας ερώτημα, αν η εμφάνιση ψευδολιθίασης μετά τη χορήγηση κεφτριαξόνης είναι θέμα γενετικής προδιάθεσης παραμένει. Καθώς η απάντηση ίσως κρύβεται σε κάποιο άλλο κοντινό μονοπάτι, όπως για παράδειγμα της χοληστερόλης ή των χολικών οξέων, η παρούσα μελέτη θα μπορούσε να αποτελέσει κίνητρο για την μελέτη πολυμορφισμών άλλων γενετικών τόπων.

scholarly journals Comparison of Real-Time PCR and Droplet Digital PCR for the Determination of JAK2V617F Mutation in Ph'-Negative Myeloproliferative Neoplasms

Blood ◽  
2014 ◽  
Vol 124 (21) ◽  
pp. 5548-5548
Author(s):  
Giulia Fontanelli ◽  
Claudia Baratè ◽  
Elena Ciabatti ◽  
Francesca Guerrini ◽  
Riccardo Morganti ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Standard Method ◽  
Real Time Pcr ◽  
Myeloproliferative Neoplasms ◽  
Digital Pcr ◽  
Droplet Digital Pcr ◽  
Jak2v617f Mutation ◽  
Rt Pcr ◽  
Jak2 Mutation ◽  
Allele Burden

Abstract Myeloproliferative neoplasms (MPNs) are a group of clonal diseases associated with JAK2 mutation (V617F) in a percentage varying from 50% (Essential Thrombocytemia ET, and Primary Myelofibrosis PMF) to 95% (Polycitemia Vera, PV). The standard method for determining the V617F mutation is today represented by the Real Time PCR (RT-PCR). However, in recent years some studies have focused attention on a new method, the Droplet Digital PCR (DD-PCR), that allows an absolute quantitation of the mutated allele without any reference curve. The main objective of this study was the comparison of two PCR methods (RT-PCR and DD-PCR) for the analysis of the JAK2V617F mutation in order to assess the sensitivity, specificity and feasibility of the two techniques. In the study 225 patients with MPNs JAK2V617F-positive were enrolled; in 99 cases, DNA was still available for further assays and so DD-PCR tests were performed and compared with the results coming from RT-PCR (MutaQuant kit, Ipsogen, Luminy Biotech, Marseille, France). The results show a good sensitivity for both methods; nevertheless, after appropriate dilution tests, the DD-PCR was able to detect the JAK2V617F mutation in the 5x10-4 dilution versus 5x10-3 for the RT-PCR, in front of a fully comparable specificity. A linear regression analysis showed an absolute correlation between the 2 methods (R2=0.91), and the median mutated allele burden was not different when measured by the DD-PCR or the RT-PCR (p=0.67), with the highest median allele burden observed in secondary myelofibrosis (86% by RT-PCR and 91% by DD-PCR) and the lowest one in ET (23% by RT-PCR and 25% by DD-PCR) (see Figure 1 and Figure 2), as expected. Figure 1 Figure 1. Figure 2 Figure 2. Our study demonstrates that a new molecular technique, the DD-PCR, may represent a new frontier in the world of molecular techniques for the detection of JAK2 mutation with a high sensitivity and specificity. In addition the method allows obtain two types of information, qualitative and quantitative, with one analysis, saving time and at a lower cost than the standard method. Disclosures No relevant conflicts of interest to declare.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document