scholarly journals Mapping-based genome size estimation

2019 ◽  
Author(s):  
Boas Pucker
Keyword(s):  
Arabidopsis Thaliana ◽  
Zea Mays ◽  
Vitis Vinifera ◽  
Genome Size ◽  
Solanum Lycopersicum ◽  
Beta Vulgaris ◽  
Brachypodium Distachyon ◽  
Size Estimation ◽  
Short Read ◽  
Alternative Approach

AbstractWhile the size of chromosomes can be measured under a microscope, the size of genomes cannot be measured precisely. Biochemical methods and k-mer distribution-based approaches allow only estimations. An alternative approach to predict the genome size based on high contiguity assemblies and short read mappings is presented here and optimized onArabidopsis thalianaandBeta vulgaris.Brachypodium distachyon,Solanum lycopersicum,Vitis vinifera, andZea mayswere also analyzed to demonstrate the broad applicability of this approach. Mapping-based Genome Size Estimation (MGSE) and additional scripts are available on github:https://github.com/bpucker/MGSE.

scholarly journals Average genome size estimation enables accurate quantification of gene family abundance and sheds light on the functional ecology of the human microbiome

2014 ◽  
Author(s):  
Stephen Nayfach ◽  
Katherine S Pollard
Keyword(s):  
Gene Family ◽  
Microbial Communities ◽  
Genome Size ◽  
Human Microbiome ◽  
Functional Ecology ◽  
Size Estimation ◽  
Short Read ◽  
Comparative Analyses ◽  
Metagenomics Data ◽  
Accurate Quantification

Average genome size (AGS) is an important, yet often overlooked property of microbial communities. We developed MicrobeCensus to rapidly and accurately estimate AGS from short-read metagenomics data and applied our tool to over 1,300 human microbiome samples. We found that AGS differs significantly within and between body sites and tracks with major functional and taxonomic differences. For example, in the gut, AGS ranges from 2.5 to 5.8 megabases and is positively correlated with the abundance of Bacteroides and polysaccharide metabolism. Furthermore, we found that AGS variation can bias comparative analyses, and that normalization improves detection of differentially abundant genes.

scholarly journals Genome Size Diversity in Rare, Endangered, and Protected Orchids in Poland

Genes ◽  
2021 ◽  
Vol 12 (4) ◽  
pp. 563
Author(s):  
Monika Rewers ◽  
Iwona Jedrzejczyk ◽  
Agnieszka Rewicz ◽  
Anna Jakubska-Busse
Keyword(s):  
Genome Size ◽  
Species Identification ◽  
Dna Content ◽  
Size Estimation ◽  
Orchid Species ◽  
Infraspecific Taxon ◽  
2C Dna Content ◽  
Plant Families ◽  
Liparis Loeselii ◽  
Identification And Characterization

Orchidaceae is one of the largest and the most widespread plant families with many species threatened with extinction. However, only about 1.5% of orchids’ genome sizes have been known so far. The aim of this study was to estimate the genome size of 15 species and one infraspecific taxon of endangered and protected orchids growing wild in Poland to assess their variability and develop additional criterion useful in orchid species identification and characterization. Flow cytometric genome size estimation revealed that investigated orchid species possessed intermediate, large, and very large genomes. The smallest 2C DNA content possessed Liparis loeselii (14.15 pg), while the largest Cypripedium calceolus (82.10 pg). It was confirmed that the genome size is characteristic to the subfamily. Additionally, for four species Epipactis albensis, Ophrys insectifera, Orchis mascula, Orchis militaris and one infraspecific taxon, Epipactis purpurata f. chlorophylla the 2C DNA content has been estimated for the first time. Genome size estimation by flow cytometry proved to be a useful auxiliary method for quick orchid species identification and characterization.

scholarly journals Overexpression of β-Ketoacyl-CoA Synthase From Vitis vinifera L. Improves Salt Tolerance in Arabidopsis thaliana

2020 ◽  
Vol 11 ◽  
Author(s):  
Zhen Yang ◽  
Xue Yang ◽  
Shujia Dong ◽  
Yao Ge ◽  
Xuenan Zhang ◽  
...  
Keyword(s):  
Arabidopsis Thaliana ◽  
Salt Tolerance ◽  
Vitis Vinifera ◽  
Vitis Vinifera L

First estimates of genome size in ribbon worms (phylum Nemertea) using flow cytometry and Feulgen image analysis densitometry

2014 ◽  
Vol 92 (10) ◽  
pp. 847-851 ◽  
Author(s):  
Kelly L. Mulligan ◽  
Terra C. Hiebert ◽  
Nicholas W. Jeffery ◽  
T. Ryan Gregory
Keyword(s):  
Flow Cytometry ◽  
Image Analysis ◽  
Body Size ◽  
Genome Size ◽  
Positive Relationship ◽  
Nuclear Dna ◽  
Nuclear Dna Content ◽  
Size Estimation ◽  
Size Diversity ◽  
Size Estimates

Ribbon worms (phylum Nemertea) are among several animal groups that have been overlooked in past studies of genome-size diversity. Here, we report genome-size estimates for eight species of nemerteans, including representatives of the major lineages in the phylum. Genome sizes in these species ranged more than fivefold, and there was some indication of a positive relationship with body size. Somatic endopolyploidy also appears to be common in these animals. Importantly, this study demonstrates that both of the most common methods of genome-size estimation (flow cytometry and Feulgen image analysis densitometry) can be used to assess genome size in ribbon worms, thereby facilitating additional efforts to investigate patterns of variability in nuclear DNA content in this phylum.

Desempenho de substratos alternativos na produção de mudas de hortaliças

2020 ◽  
Vol 11 (7) ◽  
pp. 64-73
Author(s):  
Aldeane Sousa Brandão ◽  
Rafael Gomes da Mota Gonçalves ◽  
Tadeu Augusto van Tol de Castro ◽  
Dione Galvão da Silva ◽  
Ricardo Luís Louro Berbara ◽  
...  
Keyword(s):  
Solanum Lycopersicum ◽  
Beta Vulgaris ◽  
Lactuca Sativa ◽  
Ricinus Communis ◽  
Lactuca Sativa L ◽  
Ricinus Communis L

A adição de calcário durante o processo de compostagem é um procedimento relatado em algumas publicações técnicas e por alguns produtores, contudo, são escassos os resultados de pesquisa que descrevem seus efeitos sobre o processo de compostagem e produção de substratos. A utilização de substratos formulados com compostos orgânicos, em substituição aos substratos comerciais, diminui a dependência dos produtores por insumos externos. Além disso, a escolha por substratos alternativos reduz os custos de produção. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da adição de diferentes doses de calcário sobre o processo de compostagem da mistura de capim elefante (Penissetum purpureum Schum) e torta de mamona (Ricinus communis L.) para a produção de substratos, avaliando suas características físicas e químicas e o desenvolvimento de mudas de hortaliças cultivadas com o substrato produzido. Foram produzidos e utilizados cinco substratos diferentes para a produção das mudas: T1 (Composto ‘Fazendinha’), T2 (Composto sem calcário), T3 (Composto + calcário equivalente a 0,05% da massa seca do composto), T4 (Composto + calcário equivalente a 0,5% da massa seca do composto) e T5 (Composto + calcário equivalente a 5,0% da massa seca do composto), sendo avaliados o pH, condutividade elétrica, teores de macronutrientes (N, P, K, Ca e Mg), densidade e porosidade de cada substrato. As espécies utilizadas como plantas indicadoras foram a alface (Lactuca sativa L.) crespa ‘Vera’, beterraba (Beta vulgaris) cultivar ‘Top Early Wonder’ e tomate (Solanum lycopersicum) ‘Perinh’ As plantas foram coletadas 28 dias após a semeadura, os parâmetros avaliados foram produção de massa fresca da parte aérea (mg), altura da parte aérea (cm), número de folhas e volume de raiz (mm3). Também foi avaliada a estabilidade dos torrões presentes nos substratos ao final do ciclo de produção das mudas, além da variação do pH e da condutividade elétrica dos substratos ao longo do desenvolvimento das mudas por meio de amostragens realizadas aos 0, 7, 14 e 21 dias após a semeadura. O pH dos compostos foi afetado pela adição de calcário, onde na maior dosagem, observou-se maiores valores de pH. Os substratos formulados com composto orgânico, independente da adição ou não de calcário, apresentaram, de maneira geral, desempenho inferior ao substrato ‘Fazendinha’ quando utilizados para produção de mudas de alface, beterraba e tomate. Os valores de pH dos tratamentos à base de composto se mantiveram dentro da faixa adequada para o crescimento vegetal, e os valores de condutividade elétrica caíram em todos os tratamentos ao longo do período de desenvolvimento das mudas.

Comparative genome size estimation of different life stages of grey mullet, Mugil cephalus Linnaeus, 1758 by flow cytometry

2021 ◽  
Author(s):  
Jani Angel J. Raymond ◽  
Mudagandur Shashi Shekhar ◽  
Vinaya Kumar Katneni ◽  
Ashok Kumar Jangham ◽  
Sudheesh Kommu Prabhudas ◽  
...  
Keyword(s):  
Flow Cytometry ◽  
Genome Size ◽  
Mugil Cephalus ◽  
Life Stages ◽  
Size Estimation ◽  
Grey Mullet ◽  
Comparative Genome

scholarly journals The Cell Wall-Derived Xyloglucan Is a New DAMP Triggering Plant Immunity in Vitis vinifera and Arabidopsis thaliana

2018 ◽  
Vol 9 ◽  
Author(s):  
Justine Claverie ◽  
Suzanne Balacey ◽  
Christelle Lemaître-Guillier ◽  
Daphnée Brulé ◽  
Annick Chiltz ◽  
...  
Keyword(s):  
Arabidopsis Thaliana ◽  
Cell Wall ◽  
Vitis Vinifera ◽  
Plant Immunity

scholarly journals Genome size estimation of Chinese cultured artemisia annua L.

2018 ◽  
Vol 1 (1) ◽  
Author(s):  
Zhixiang Liu ◽  
◽  
Shuai Guo ◽  
Jiang Xu ◽  
Yujun Zhang ◽  
...  
Keyword(s):  
Genome Size ◽  
Artemisia Annua ◽  
Size Estimation ◽  
Artemisia Annua L
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