scholarly journals Gene discovery for Mendelian conditions via social networking: de novo variants in KDM1A cause developmental delay and distinctive facial features

2015 ◽  
Author(s):  
Jessica X. Chong ◽  
Joon-Ho Yu ◽  
Peter Lorentzen ◽  
Karen M. Park ◽  
Seema M. Jamal ◽  
...  
Keyword(s):  
Social Networking ◽  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Gene Discovery ◽  
Pathogenic Variant ◽  
Facial Features ◽  
Variants Of Unknown Significance ◽  
Mendelian Gene ◽  
Unknown Significance ◽  
Share Data

ABSTRACTPurpose:The pace of Mendelian gene discovery is slowed by the “n-of-1 problem” – the difficulty of establishing causality of a putatively pathogenic variant in a single person or family. Identification of an unrelated person with an overlapping phenotype and suspected pathogenic variant in the same gene can overcome this barrier but is often impeded by lack of a convenient or widely-available way to share data on candidate variants / genes among families, clinicians and researchers.Methods:Social networking among families, clinicians and researchers was used to identify three children with variants of unknown significance in KDM1A and similar phenotypes.Results:De novo variants in KDM1A underlie a new syndrome characterized by developmental delay and distinctive facial features.Conclusion:Social networking is a potentially powerful strategy to discover genes for rare Mendelian conditions, particularly those with non-specific phenotypic features. To facilitate the efforts of families to share phenotypic and genomic information with each other, clinicians, and researchers, we developed the Repository for Mendelian Genomics Family Portal (RMD-FP). Design and development of a web-based tool, MyGene2, that enables families, clinicians and researchers to search for gene matches based on analysis of phenotype and exome data deposited into the RMD-FP is underway.

scholarly journals Gene discovery for Mendelian conditions via social networking: de novo variants in KDM1A cause developmental delay and distinctive facial features

2015 ◽  
Vol 18 (8) ◽  
pp. 788-795 ◽  
Author(s):  
Jessica X. Chong ◽  
◽  
Joon-Ho Yu ◽  
Peter Lorentzen ◽  
Karen M. Park ◽  
...  
Keyword(s):  
Social Networking ◽  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Gene Discovery ◽  
Facial Features

scholarly journals Recurrent de novo pathogenic variant of WASF1 in a Japanese patient with neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures

2021 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
Author(s):  
Keiko Shimojima Yamamoto ◽  
Tomoe Yanagishita ◽  
Hisako Yamamoto ◽  
Yusaku Miyamoto ◽  
Miho Nagata ◽  
...  
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
Neurodevelopmental Disorders ◽  
Japanese Patient ◽  
De Novo ◽  
Neurodevelopmental Disorder ◽  
Pathogenic Variant ◽  
Adult Patients ◽  
Facial Features ◽  
Initial Report

AbstractA recurrent de novo pathogenic variant of WASF1, NM_003931:c.1516C>T [p.Arg506*], was identified in a 6-year-old female Japanese patient with severe developmental delay, hypotonia, hyperkinetic behavior, and distinctive facial features. The initial report of five adult patients with WASF1 variants was the only previous report regarding variants of this gene; this is the second such report, reaffirming that rare but recurrent truncating variants of WASF1 are associated with severe neurodevelopmental disorders.

Novel de novo pathogenic variant in the ODC1 gene in a girl with developmental delay, alopecia, and dysmorphic features

2018 ◽  
Vol 176 (12) ◽  
pp. 2548-2553 ◽  
Author(s):  
Caleb P. Bupp ◽  
Chad R. Schultz ◽  
Katie L. Uhl ◽  
Surender Rajasekaran ◽  
André S. Bachmann
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Pathogenic Variant ◽  
Dysmorphic Features

scholarly journals Twenty-Five Years Experience on RET Genetic Screening on Hereditary MTC: An Update on The Prevalence of Germline RET Mutations

Genes ◽  
2019 ◽  
Vol 10 (9) ◽  
pp. 698 ◽  
Author(s):  
Rossella Elisei ◽  
Alessia Tacito ◽  
Teresa Ramone ◽  
Raffaele Ciampi ◽  
Valeria Bottici ◽  
...  
Keyword(s):  
Genetic Screening ◽  
De Novo ◽  
Germline Mutations ◽  
Pathogenic Role ◽  
Medullary Thyroid ◽  
Variants Of Unknown Significance ◽  
The Family ◽  
Unknown Significance ◽  
Hereditary Medullary Thyroid Carcinoma ◽  
Sporadic Cases

Background: Pathogenic germline mutations affecting the RET proto-oncogene underlie the development of hereditary medullary thyroid carcinoma (MTC). The aims of this study were to evaluate the prevalence of germline RET mutations in a large series of MTC, collected over the last 25 years, and to reappraise their clinical significance. Methods: We performed RET genetic screening in 2031 Italian subjects: patients who presented with sporadic (n = 1264) or hereditary (n = 117) MTC, plus 650 relatives. Results: A RET germline mutation was found in 115/117 (98.3%) hereditary and in 78/1264 (6.2%) apparently sporadic cases: in total, 42 distinct germline variants were found. The V804M mutation was the most prevalent in our cohort, especially in cases that presented as sporadic, while mutations affecting cysteine residues were the most frequent in the group of clinically hereditary cases. All M918T mutations were “de novo” and exclusively associated with MEN2B. Several variants of unknown significance (VUS) were also found. Conclusions: a) RET genetic screening is informative in both hereditary and sporadic MTC; b) the prevalence of different mutations varies with V804M being the most frequent; c) the association genotype–phenotype is confirmed; d) by RET screening, some VUS can be found but their pathogenic role must be demonstrated before screening the family.

2q23 de novo microdeletion involving the MBD5 gene in a patient with developmental delay, postnatal microcephaly and distinct facial features

2011 ◽  
Vol 155 (2) ◽  
pp. 424-429 ◽  
Author(s):  
Brian H.Y. Chung ◽  
James Stavropoulos ◽  
Christian R. Marshall ◽  
Rosanna Weksberg ◽  
Stephen W. Scherer ◽  
...  
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Facial Features

De novo pathogenic variant in TUBB2A presenting with arthrogryposis multiplex congenita, brain abnormalities, and severe developmental delay

2017 ◽  
Vol 173 (10) ◽  
pp. 2725-2730 ◽  
Author(s):  
Resham Ejaz ◽  
Anath C. Lionel ◽  
Susan Blaser ◽  
Susan Walker ◽  
Stephen W. Scherer ◽  
...  
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Pathogenic Variant ◽  
Arthrogryposis Multiplex Congenita ◽  
Brain Abnormalities

scholarly journals De novo triplication of 11q12.3 in a patient with developmental delay and distinctive facial features

2013 ◽  
Vol 6 (1) ◽  
pp. 15 ◽  
Author(s):  
Toshiyuki Yamamoto ◽  
Mari Matsuo ◽  
Shino Shimada ◽  
Noriko Sangu ◽  
Keiko Shimojima ◽  
...  
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Facial Features

A de novo interstitial deletion of 8p11.2 including ANK1 identified in a patient with spherocytosis, psychomotor developmental delay, and distinctive facial features

Gene ◽  
2012 ◽  
Vol 506 (1) ◽  
pp. 146-149 ◽  
Author(s):  
Kazushi Miya ◽  
Keiko Shimojima ◽  
Midori Sugawara ◽  
Shino Shimada ◽  
Hiroyuki Tsuri ◽  
...  
Keyword(s):  
Developmental Delay ◽  
De Novo ◽  
Interstitial Deletion ◽  
Facial Features

scholarly journals Ανίχνευση υπομικροσκοπικών χρωμοσωμικών διαταραχών σε ασθενείς με αυτιστικές διαταραχές με την μέθοδο μικροσυστοιχιών συγκριτικού γενωμικού υβριδισμού array-CGH

2017 ◽  
Author(s):  
Βασίλης Οικονομάκης
Keyword(s):  
Copy Number ◽  
Array Cgh ◽  
De Novo ◽  
Copy Number Variations ◽  
Genomic Variants ◽  
Variants Of Unknown Significance ◽  
Unknown Significance

Οι Διαταραχές Αυτιστικού Φάσματος (ΔΑΦ) ή αυτισμός είναι μία ομάδα ετερογενών ισόβιων νευροαναπτυξιακών διαταραχών που συνήθως αναπτύσσονται κατά την παιδική ηλικία και χαρακτηρίζονται από δυσκολία στην επικοινωνία, τις κοινωνικές αλληλεπιδράσεις και από επαναλαμβανόμενη συμπεριφορά, μέσα σε ένα στενό εύρος ενδιαφερόντων. Ως ηλικία έναρξης των πρώτων συμπτωμάτων ορίζεται συνήθως εκείνη πριν από τα τρία έτη με τη διάγνωση των ΔΑΦ να βασίζεται σε κριτήρια συμπεριφοράς και στη λεπτομερή κλινική εξέταση και καταγραφή των συμπτωμάτων. Το 2012, οι πιο πρόσφατες εκτιμήσεις για τον επιπολασμό στις ΗΠΑ, τοποθετούν τη συχνότητα των ΔΑΦ στο γενικό πληθυσμό σε 1/68 παιδιά ηλικίας οκτώ ετών (1,5%). Οι ΔΑΦ ανήκουν στις λεγόμενες πολυπαραγοντικές διαταραχές για τις οποίες έχουν ενοχοποιηθεί γενετικοί, επιγενετικοί, μεταβολικοί, ορμονικοί, ανοσολογικοί, νευροανατομικοί, νευροφυσιολογικοί καθώς και γαστρεντερικοί παράγοντες καθώς και άλλες συστηματικές διαταραχές και συννοσηρότητες ως πιθανοί παθογενετικοί μηχανισμοί. Η γενετική συμβολή είναι καθοριστικής σημασίας στην αιτιοπαθογένεια του αυτισμού και στην παρούσα διατριβή περιγράφονται αναλυτικά τα διάφορα μοντέλα που έχουν προταθεί για να εξηγήσουν την αυξημένη συχνότητα του αυτισμού σε συγκεκριμένες οικογένειες, καθώς επίσης και οι κύριοι νευροβιολογικοί μηχανισμοί που οδηγούν στον συγκεκριμένο φαινότυπο .Η Χρωμοσωμική Ανάλυση Μικροσυστοιχιών (ΧΑΜ) θεωρείται πλέον ως πρώτη επιλογή διαγνωστικής δοκιμασίας για την διερεύνηση ιδιοπαθών περιπτώσεων ΔΑΦ, Αναπτυξιακών Διαταραχών (ΑΔ) και Νοητικής Υστέρησης (ΝΥ). Για την παρούσα εργασία χρησιμοποιήθηκαν μικροσυστοιχίες υψηλής διακριτικής ικανότητας για τον εντοπισμό χρωμοσωμικών περιοχών αλλαγής αντιγράφων (Copy Number Variations - CNVs) σε 195 ασθενείς ΔΑΦ ελληνικής καταγωγής (126 άρρενα, 69 θήλεα). Η ΧΑΜ είχε σαν αποτέλεσμα τον εντοπισμό 65 παθολογικών CNVs, χωρίς να ληφθούν υπόψιν οι πολυμορφικές αλλαγές αριθμού αντιγράφων (Copy Number Polymorphisms - CNPs), που αλληλεπικαλύπτονται με αλληλουχίες στην ηλεκτρονική βάση δεδομένων Database of Genomic Variants (DGV), σε 51/195 ασθενείς (26,1%). Ο έλεγχος γονεϊκών γονιδιωμάτων σε 20/51 ασθενείς αποκάλυψε ότι 15 CNVs ήταν de novo, 3 ήταν πατρικής προέλευσης ενώ 2 μητρικής.Η πλειοψηφία των 65 CNVs αφορούσε μικροελλείμματα (66.1%), από τα οποία 5 βρέθηκαν στο χρωμόσωμα Χ, ενώ οι μικροδιπλασιασμοί, 7 εκ των οποίων βρέθηκαν στο χρωμόσωμα Χ, ήταν σπανιότεροι, με συχνότητα 33.8%. Τα 51 από τα 65 CNVs που βρέθηκαν στο δείγμα ελέγχου έχουν μεγάλη διαγνωστική αξία και είναι σαφώς περιγεγραμμένα στη διεθνή βιβλιογραφία, ενώ 14 CNVs (8 μικροελλείμματα και 6 μικροδιπλασιασμοί) χαρακτηρίστηκαν ως αλλαγές άγνωστης κλινικής σημασίας (Variants of Unknown Significance - VOUS) και χρήζουν περαιτέρω διερεύνησης. Από τους 51 ασθενείς 39 έφεραν ένα παθολογικό CNV, 10 έφεραν δύο παθολογικά CNVs και δύο ασθενείς έφεραν τρία παθολογικά CNVs.Επιπρόσθετα, έγινε εκτίμηση της ΧΑΜ ως διαγνωστική δοκιμασία και διερευνήθηκε η κλινική της εγκυρότητα και χρησιμότητα.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document