Precursor ion independent algorithm for top-down shotgun proteomics

Yihsuan S. Tsai; Alexander Scherl; Jason L. Shaw; C. Logan MacKay; Scott A. Shaffer; Patrick R. R. Langridge-Smith; David R. Goodlett

doi:10.1016/j.jasms.2009.07.024

The Power of Three in Cannabis Shotgun Proteomics: Proteases, Databases and Search Engines

Proteomes ◽

10.3390/proteomes8020013 ◽

2020 ◽

Vol 8 (2) ◽

pp. 13

Author(s):

Delphine Vincent ◽

Keith Savin ◽

Simone Rochfort ◽

German Spangenberg

Keyword(s):

Search Engines ◽

Cannabis Sativa ◽

Protein Extraction ◽

Shotgun Proteomics ◽

Search Algorithms ◽

Protein Digestion ◽

Top Down ◽

Model Species ◽

Intact Proteins ◽

Proteomics Experiment

Cannabis research has taken off since the relaxation of legislation, yet proteomics is still lagging. In 2019, we published three proteomics methods aimed at optimizing protein extraction, protein digestion for bottom-up and middle-down proteomics, as well as the analysis of intact proteins for top-down proteomics. The database of Cannabis sativa proteins used in these studies was retrieved from UniProt, the reference repositories for proteins, which is incomplete and therefore underrepresents the genetic diversity of this non-model species. In this fourth study, we remedy this shortcoming by searching larger databases from various sources. We also compare two search engines, the oldest, SEQUEST, and the most popular, Mascot. This shotgun proteomics experiment also utilizes the power of parallel digestions with orthogonal proteases of increasing selectivity, namely chymotrypsin, trypsin/Lys-C and Asp-N. Our results show that the larger the database the greater the list of accessions identified but the longer the duration of the search. Using orthogonal proteases and different search algorithms increases the total number of proteins identified, most of them common despite differing proteases and algorithms, but many of them unique as well.

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Top-Down Processing and Visual Reorientation Illusions in a Virtual Reality Environment

Swiss Journal of Psychology ◽

10.1024/1421-0185.63.3.143 ◽

2004 ◽

Vol 63 (3) ◽

pp. 143-149 ◽

Cited By ~ 3

Author(s):

Fred W. Mast ◽

Charles M. Oman

Keyword(s):

Virtual Reality ◽

Visual Processing ◽

Line Length ◽

Perceptual Cues ◽

Virtual Reality Environment ◽

Top Down ◽

Test Conditions ◽

The Subject ◽

Processing Mechanisms

The role of top-down processing on the horizontal-vertical line length illusion was examined by means of an ambiguous room with dual visual verticals. In one of the test conditions, the subjects were cued to one of the two verticals and were instructed to cognitively reassign the apparent vertical to the cued orientation. When they have mentally adjusted their perception, two lines in a plus sign configuration appeared and the subjects had to evaluate which line was longer. The results showed that the line length appeared longer when it was aligned with the direction of the vertical currently perceived by the subject. This study provides a demonstration that top-down processing influences lower level visual processing mechanisms. In another test condition, the subjects had all perceptual cues available and the influence was even stronger.

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Functional Anatomy of Intensity Aspects of Attention

Zeitschrift für Neuropsychologie ◽

10.1024/1016-264x.14.3.181 ◽

2003 ◽

Vol 14 (3) ◽

pp. 181-190 ◽

Cited By ~ 2

Author(s):

Walter Sturm

Keyword(s):

Right Hemisphere ◽

Functional Anatomy ◽

Fmri Data ◽

Functional Networks ◽

Top Down ◽

Stimulus Modality ◽

Spatial Orienting ◽

Phasic Alertness ◽

Co Activation ◽

Attention System

Abstract: Behavioral and PET/fMRI-data are presented to delineate the functional networks subserving alertness, sustained attention, and vigilance as different aspects of attention intensity. The data suggest that a mostly right-hemisphere frontal, parietal, thalamic, and brainstem network plays an important role in the regulation of attention intensity, irrespective of stimulus modality. Under conditions of phasic alertness there is less right frontal activation reflecting a diminished need for top-down regulation with phasic extrinsic stimulation. Furthermore, a high overlap between the functional networks for alerting and spatial orienting of attention is demonstrated. These findings support the hypothesis of a co-activation of the posterior attention system involved in spatial orienting by the anterior alerting network. Possible implications of these findings for the therapy of neglect are proposed.

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Auswirkungen eines Aufmerksamkeitstrainings auf die aphasische Symptomatik bei Schlaganfallpatienten

Zeitschrift für Neuropsychologie ◽

10.1024/1016-264x/a000027 ◽

2011 ◽

Vol 22 (1) ◽

pp. 21-32 ◽

Cited By ~ 2

Author(s):

Julia Graf ◽

Hartwig Kulke ◽

Christa Sous-Kulke ◽

Wilfried Schupp ◽

Stefan Lautenbacher

Keyword(s):

Top Down

Aufmerksamkeit kann als Kontrollsystem neuronaler Aktivität verstanden werden, welches Neuroplastizität top-down modulieren hilft. Bisher wurde selten versucht, durch deren gezielte Förderung Funktionswiederherstellungen nach Hirnschädigung zu begünstigen. In vorliegender Studie wurde dies am Beispiel der Aphasie erprobt. 15 Schlaganfallpatienten erhielten ein dreiwöchiges Training der selektiven Aufmerksamkeit mit den PC-Programmen CogniPlus und „Konzentration“ bei fünf Sitzungen pro Woche zusätzlich zur Standardtherapie, 13 weitere bildeten eine Kontrollgruppe ohne Aufmerksamkeitstraining. Zur Effektivitätskontrolle dienten zwei Versionen des Untertests Go/Nogo (Testbatterie zur Aufmerksamkeitsprüfung) und die Kurze Aphasieprüfung. Nach dem Training manifestierte sich zwischen den Untersuchungsgruppen kein Unterschied in Aufmerksamkeits- und Sprachfunktionen; das zusätzliche Aufmerksamkeitstraining war also wirkungslos. Allerdings zeigten Patienten mit deutlichen Aufmerksamkeitsverbesserungen tendenziell weniger Aphasie-Symptome, was die Hypothese aufmerksamkeitsvermittelter Plastizitätsmodulation nach Hirnschädigung partiell stützt.

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Aufmerksamkeitswechsel und Konzentration: Von den Funktionen zum Mechanismus

Zeitschrift für Psychologie / Journal of Psychology ◽

10.1026//0044-3409.209.1.34 ◽

2001 ◽

Vol 209 (1) ◽

pp. 34-53 ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

Rainer Bösel

Keyword(s):

Top Down ◽

Eeg Alpha

Zusammenfassung. Aufmerksamkeit wird sowohl als Selektivität in der bewußter Verarbeitung oder auch als selektive neuronale Aktivierung verstanden. Die neuronalen Strukturen, die Objektdiskrimination ermöglichen, erlauben eine Interaktion von datengetriebenen und endogenen top-down Prozessen, die zu einer selektiven Bereitstellung von Verarbeitungs-Ressourcen führen. Zielgerichtetes Verhalten erfordert manchmal einen Wechsel in der Ressourcen-Bereitstellung und eine Konzentration von mentaler Aktivität. Aufmerksamkeitswechsel kann als ein zweiphasiger Prozeß verstanden werden, der aus einer breiten Mobilisierung von Gedächtnis-Ressourcen besteht (angezeigt durch EEG-Theta), gefolgt von einer re-organisierenden Einengung neuronaler Aktivität (angezeigt durch langsames EEG-Alpha). Dieser Beitrag unterstützt die Annahme, daß die Analyse des gekoppelten Wechselspiels aus Mobilisierung und Konzentration in bestimmten Teilen der posterioren und anterioren Rindenregionen ein Schlüssel für das Verständnis von Aufmerksamkeitswechsel sein könnte.

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