Bisulfite conversion-specific and methylation-specific PCR: a sensitive technique for accurate evaluation of CpG methylation

2003 ◽  
Vol 309 (2) ◽  
pp. 305-309 ◽  
Author(s):  
Masahiro Sasaki ◽  
Jason Anast ◽  
William Bassett ◽  
Toshifumi Kawakami ◽  
Noriaki Sakuragi ◽  
...  
Keyword(s):  
Cpg Methylation ◽  
Bisulfite Conversion ◽  
Accurate Evaluation ◽  
Sensitive Technique ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr

scholarly journals A newly developed age estimation method based on CpG methylation of teeth-derived DNA using real-time methylation-specific PCR

2021 ◽  
Vol 63 (1) ◽  
pp. 54-58
Author(s):  
Masahiro Kondo ◽  
Hirofumi Aboshi ◽  
Masaaki Yoshikawa ◽  
Ayano Ogata ◽  
Ryosuke Murayama ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Age Estimation ◽  
Estimation Method ◽  
Cpg Methylation ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr

Promotor Demethylation as a Mechanism of HOX11 Activation in Adult T-ALL?.

Blood ◽  
2006 ◽  
Vol 108 (11) ◽  
pp. 2288-2288
Author(s):  
Ulrike Baak ◽  
Helmut Orawa ◽  
Nicola Goekbuget ◽  
Olaf Hopfer ◽  
Thomas Burmeister ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Transcriptional Activation ◽  
Cytosine Methylation ◽  
Methylation Status ◽  
Cpg Methylation ◽  
Methylation Array ◽  
Aberrant Expression ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr ◽  
Significant Difference

Abstract Promotor demethylation of oncogenes has been associated with transcriptional activation in cancer cells. The proto-oncogene HOX11/TLX1 has been found to be aberrantly expressed in up to 30% of adult T-ALL patients. In few, a translocation between the HOX11 locus at 10q24 and the T-cell receptor locus has been identified. In the majority of cases the mechanism leading to HOX11 reactivation remains unclear. It had been proposed that an epigenetical modification by demethylation of the proximal HOX11 promotor could be responsible for an aberrant expression of HOX11. To test this hypothesis we have correlated the methylation status of CpG residues in the proximal HOX11 promotor with the gene expression status of HOX11 in adult T-ALL samples from the German Multicenter ALL Study (GMALL) 5/93 and 6/99. HOX11 expression was measured in 286 pretreatment peripheral blood and bone marrow blasts by comparative real-time RT-PCR as described previously. The methylation status was then randomly analyzed after bisulphite treatment by methylation-specific PCR (MSP) in 53 T-ALL samples with HOX11 expression (HOX11 positive) and 102 samples without HOX11 expression (HOX11 negative). Of the 150 analyzed patients only 4% of HOX11 positive patients (n=53) and 10% of HOX11 negative patients were methylated (M) in the analyzed promotor area. HOX11 negative patients were significantly more common associated with an unmethylated status (U) then HOX11 positive patients (57% vs 32%, p=0.003). The most prominent methylation phenotype in HOX11 positive patients compared to HOX11 negative samples was a mixed (MU) methylation status (55% vs. 27%, p=0.001). Interestingly, remission duration was significantly higher in pt. with the MU methylation status (M=49%, U=54% vs. MU=76%, p-logrank=0.0362). This translated also into a significant difference in the overall survival (M=55%, U=49%, MU=75%, p-logrank= 0.0202). However, in a multivariate analysis the methylation status could not be confirmed as an independent prognostic factor. The promotor-associated CpG methylation status was found to be remarkably heterogenous in the analyzed adult T-ALL patients with a predominantly unmethylated status in HOX11 negative samples and a mixed methylated/unmethylated picture in HOX11 positive samples. These findings contrast with our initial hypothesis that HOX11 expression is silenced in normal tissue by a promotor-associated CpG methylation and aberrantly reexpressed in leukemia cells by demethylation. However, various CpG residues associated with the HOX11 promotor might be of variable importance for the gene expression and intrinsic limitations of methylation-specific PCR might have influenced our analysis. Bisulphite sequencing techniques as well as the newly developed genome-wide cytosine methylation array could help overcome these issues. Understanding the role of promotor-associated methylation in HOX11 expression could clarify pathways in leukemogenesis and provide a valuable tool for better risk stratification in T-ALL.

scholarly journals Μεθυλίωση και απενεργοποίηση των γονιδίων RASSF1A και RAR-β2 στην καρκινογένεση του μαστού

2020 ◽  
Author(s):  
Νίκη Κουγιουμτσίδου
Keyword(s):  
Bisulfite Conversion ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr

Υπόβαθρο: Η DNA υπερμεθυλίωση γονιδιακών υποκινητών είναι αρκετά συχνό φαινόμενο στον Καρκίνο του Μαστού, με τις περισσότερες μελέτες μέχρι σήμερα που βασίζονται σε ιστολογικό υλικό από βιοψίες μαστού να καταδεικνύουν συχνή μεθυλίωση σε ογκοκατασταλτικά γονίδια σε κακοήθεις ιστούς σε σχέση με φυσιολογικούς ιστούς. Σκοπός αυτής της διατριβής ήταν ο προσδιορισμός της συχνότητάς μεθυλίωσης των υποκινητών των γονιδίων RAR-β2 & RASSF1A σε κυτταρολογικό υλικό από FNAB μαστού με σκοπό να διερευνηθεί εάν η κατάσταση μεθυλίωσης αυτών των 2 γονιδίων μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως βιοδεικτής για την ανίχνευση περιστατικών κακοήθειας μαστού σε ελληνικό πληθυσμό. Μεθοδολογία: Σε υλικό FNAB μαστού από 104 ασθενείς πραγματοποιήθηκε κυτταρολογική εξέταση και επιγενετική ανάλυση μεθυλίωσης. DNA απομονώθηκε από τα κλινικά δείγματα και υφίστατο τροποποίηση παρουσία όξινου θειώδους νατρίου (bisulfite conversion). Σχεδιάστηκε και εφαρμόστηκε ένα ειδικό πρωτόκολλο methylation-specific PCR (MSP) και τα τελικά MSP προϊόνταδια χωρίστηκαν με ηλεκτροφόρηση σε 2% πηκτώματα αγαρόζης. Αποτελέσματα: RASSF1A υπερμεθυλίωση παρατηρήθηκε σε 78 (75%) και RAR-β2 υπερμεθυλίωση σε 64 (61,6%) από τα συνολικά 104 περιστατικά. 84% και 78% από τα περιστατικά C5 (n=50) ήταν μεθυλιωμένα στα γονίδια RASSF1A και RAR-β2 αντιστοίχως. Μεθυλίωση στα γονίδια RASSF1A και RAR-β2 ανιχνεύτηκε επίσης σε 88,3% και 76,5% στα περιστατικά C4 (n=17) και σε 57,2% των περιστατικών C3 (n=14). Ο σχετικός κίνδυνος για κακοήθεια μαστού ήταν 4,545 σε ασθενείς με υπερμεθυλίωση του υποκινητή του γονιδίουRASSF1A και 9,167 σε ασθενείς με υπερμεθυλίωση του υποκινητή του γονιδίου RAR-β2 υποδηλώνοντας τη θετική συσχέτιση των 2 αυτών μεθυλιωμένων δεικτών με την εμφάνιση κακοήθειας μαστού. Συμπέρασμα: Για τη βελτιστοποίηση της ευαισθησίας και ειδικότητας του διγονιδιακού πάνελ μεθυλίωσης που διερευνάται στα πλαίσια αυτής της διατριβής, απαιτείται εμπλουτισμός του με περισσότερα σχετιζόμενα με τον καρκίνο του μαστού ογκοκατασταλτικά γονίδια και αξιολόγηση του σε μεγαλύτερο δείγμα μελέτης με σκοπό τα επιγενετικά δεδομένα μεθυλίωσης που θα συγκεντρωθούν από τις αναρροφήσεις FNAB μαστού να παρέχουν στους κλινικούς ιατρούς πολύτιμα εργαλεία στην διαχείριση περιστατικών κακοήθειας μαστού στην Ελλάδα.

SUV39H1-Mediated DNMT1 is Participated in the Epigenetic Regulation of Smad3 in Cervical Cancer

2020 ◽  
Vol 20 ◽  
Author(s):  
Li Zhang ◽  
Sijuan Tian ◽  
Minyi Zhao ◽  
Ting Yang ◽  
Shimin Quan ◽  
...  
Keyword(s):  
Cervical Cancer ◽  
Cell Lines ◽  
Epigenetic Regulation ◽  
Promoter Region ◽  
Methylation Status ◽  
Regulation Mechanism ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr ◽  
Immune Factor ◽  
Cancer Tissues

Background: Smad3 is a pivotal intracellular mediator for participating in the activation of multiple immune signal pathway. Objective: The epigenetic regulation mechanism of the positive immune factor Smad3 in cervical cancer remains unknown. Therefore, the epigenetic regulation on Smad3 is investigated in this study. Methods: The methylation status of SMAD3 was detected by Methylation-specific PCR (MS-PCR) and Quantitative Methylation-specific PCR (MS-qPCR) in cervical cancer tissues and cell lines. The underlying molecular mechanisms of SUV39H1-DNMT1-Smad3 regulation was elucidated using cervical cancer cell lines containing siRNA or/and overexpression system. Confirmation of the regulation of DNMT1 by SUV39H1 used Chromatin immunoprecipitation-qPCR (ChIP-qPCR). The statistical methods used for comparing samples between groups were paired t tests and one-way ANOVAs. Results: H3K9me3 protein which regulated by SUV39H1 directly interacts with the DNMT1 promoter region to regulate its expression in cervical cancer cells, resulting in the reduce expression of the downstream target gene DNMT1. In addition, DNMT1 mediates the epigenetic modulation of the SMAD3 gene by directly binding to its promoter region. The depletion of DNMT1 effectively restores the expression of Smad3 in vitro. Moreover, in an in vivo assay, the expression profile of SUV39H1-DNMT1 was found to correlate with Smad3 expression in accordance with the expression at the cellular level. Notably, the promoter region of SMAD3 was hypermethylated in cervical cancer tissues, and this hypermethylation inhibits the subsequent gene expression. Conclusion: These results indicate that SUV39H1-DNMT1 is a crucial Smad3 regulatory axis in cervical cancer. SUV39H1-DNMT1 axis may provide a potential therapeutic target for the treatment of cervical cancer.

scholarly journals Quantitative Multiplex Methylation-Specific PCR Analysis Doubles Detection of Tumor Cells in Breast Ductal Fluid

2006 ◽  
Vol 12 (11) ◽  
pp. 3306-3310 ◽  
Author(s):  
Mary Jo Fackler ◽  
Kara Malone ◽  
Zhe Zhang ◽  
Eric Schilling ◽  
Elizabeth Garrett-Mayer ◽  
...  
Keyword(s):  
Tumor Cells ◽  
Pcr Analysis ◽  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr ◽  
Ductal Fluid

scholarly journals Methods for CpG Methylation Array Profiling Via Bisulfite Conversion

2018 ◽  
pp. 233-254 ◽  
Author(s):  
Fatjon Leti ◽  
Lorida Llaci ◽  
Ivana Malenica ◽  
Johanna K. DiStefano
Keyword(s):  
Cpg Methylation ◽  
Bisulfite Conversion ◽  
Methylation Array

Methylation-Specific PCR

2009 ◽  
pp. 305-323 ◽  
Author(s):  
Julien D. F. Licchesi ◽  
James G. Herman
Keyword(s):  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr

scholarly journals Method for optimizing methylation-specific PCR

BioTechniques ◽  
2003 ◽  
Vol 35 (1) ◽  
pp. 32-33 ◽  
Author(s):  
Eric Smith ◽  
Tina Bianco-Miotto ◽  
Paul Drew ◽  
David Watson
Keyword(s):  
Methylation Specific Pcr ◽  
Specific Pcr
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document