DommiMOE: An implementation of ligand field molecular mechanics in the molecular operating environment

2004 ◽  
Vol 26 (2) ◽  
pp. 123-130 ◽  
Author(s):  
Robert J. Deeth ◽  
Natalie Fey ◽  
Benjamin Williams-Hubbard
Keyword(s):  
Molecular Mechanics ◽  
Ligand Field ◽  
Operating Environment ◽  
Molecular Operating Environment

Integration of Ligand Field Molecular Mechanics in Tinker

2015 ◽  
Vol 55 (6) ◽  
pp. 1282-1290 ◽  
Author(s):  
Marco Foscato ◽  
Robert J. Deeth ◽  
Vidar R. Jensen
Keyword(s):  
Molecular Mechanics ◽  
Ligand Field

scholarly journals ФАРМАКОФОРНЕ МОДЕЛЮВАННЯ РЯДУ 3,5-ДИЗАМІЩЕНИХ ПОХІДНИХ (4-МЕТИЛ/R-ФЕНІЛ-3H-ТІАЗОЛ-2-ІЛІДЕН)-R1-ФЕНІЛ/ЦИКЛОГЕКСИЛ-АМІНІВ ІЗ КАРДІОПРОТЕКТОРНОЮ АКТИВНІСТЮ

2019 ◽  
pp. 11-18
Author(s):  
I. V. Drapak
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Operating Environment ◽  
Molecular Operating Environment

Мета роботи. Фармакофорне моделювання для ряду 3,5-дизаміщених похідних (4-метил/R-феніл-3H-тіазол-2-іліден)-R1-феніл/циклогексил-амінів із встановленими кардіопротекторними властивостями. Матеріали і методи. Об’єктами дослідження були 3,5-дизаміщені похідні (4-метил/R-феніл-3H-тіазол-2-іліден)-R1-феніл/циклогексил-амінів із встановленою кардіопротекторною активністю. Фармакофорне моделювання проводили в програмному середовищі для обчислювальних хімічних досліджень Molecular Operating Environment (MOE) версії 2007.09. У даному дослідженні використовували силове поле MMFF94x, оптимізацію геометрії конформерів проводили методом стохастичного пошуку. Результати й обговорення. У процесі фармакофорного моделювання розроблено 8 моделей, які характеризуються різним складом та координатами фармакофорних центрів, а також точністю класифікації. У всіх моделях ключову роль відіграють наявні в активних молекулах акцептори водневого зв’язку та гідрофобні області. Створена фармакофорна модель містить дві пари фармакофорних центрів, які знаходяться на протилежних краях та однієї гідрофобної області розташованої біля центру фармакофора. Кожна з цих пар сформована з близько розташованих (відстані 2,85 та 3,79 Å відповідно) гідрофобного фармакофорного центру та проекції донора водневого зв’язку. Висновки. Проведене фармакофорне моделювання ряду 3,5-дизаміщених похідних (4-метил/R-феніл-3H-тіазол-2-іліден)-R1-феніл/циклогексил-амінів з дослідженими in vivo кардіопротекторними властивостями дало змогу виділити можливий фармакофор, що складається із трьох гідрофобних областей та двох проекцій акцепторів водневого зв’язку. Точність класифікації активних та неактивних сполук даною моделлю становить 0,73. На основі аналізу узгодженої з фармакофорною моделлю конформації сполуки з найбільшою кардіопротекторною активністю висунуто гіпотезу про участь ацетильної групи, іміно-групи та можливо дистального атома Нітрогену піперазинового фрагменту у взаємодії з амінокислотами – донорами Гідрогену біомішені. Подальші дослідження потрібні для ідентифікації біомішені, відповідальної за прояв кардіопротекторних властивостей. Одержана фармакофорна модель буде в подальшому використовуватись для in silico скринінгу молекулярних баз даних з метою ідентифікації віртуальних хітів та цілеспрямованого пошуку нових кардіопротекторів.

scholarly journals PENELUSURAN MEKANISME FLAVONOID KULIT JERUK KEPROK (Citrus reticulata) SEBAGAI AGEN KEMOPREVENTIF MELALUI DOCKING MOLEKULER PADA PROTEIN TARGET CYP1A2

2010 ◽  
Vol 1 (1) ◽  
Author(s):  
Perdana Adhi Nugroho, Dyani P Sukamdi, Andita Pra Darma, Riris Istighfari Jenie, Edy Meiyanto
Keyword(s):  
Molecular Docking ◽  
Citrus Reticulata ◽  
Operating Environment ◽  
Molecular Operating Environment ◽  
Protein Target

Subklas flavonoid khususnya golongan polimetoksiflavon menunjukan aktivitas kemopreventif pada berbagai sel kanker secara in vitro dan beberapa studi in vivo. Pada tahapan inisiasi kanker, bioaktivasi karsinogen polisiklik aromatik hidrokarbon secara signifikan dapat direduksi oleh senyawaan polimetoksiflavon melalui penghambatan sistem enzim sitokrom P450 (CYP) dalam level transkripsi gen maupun interaksi langsung dengan enzim tersebut. Pada tahapan promosi kanker, berbagai studi menunjukan bahwa proliferasi sel kanker dihambat lebih kuat oleh golongan metoksiflavon dibandingkan hidroksiflavon. Tangeretin, nobiletin, naringin dan hesperidin adalah beberapa senyawa polimetoksiflavon dari kulit jeruk keprok yang dilaporkan memiliki efek kemopreventif melalui modulasi aktivitas CYP1A2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui afinitas, konformasi dan interaksi senyawa berkerangka polimetoksiflavon kulit jeruk keprok (Citrus reticulata) terhadap protein target CYP1A2 menggunakan molecular docking. Optimasi geometri struktur polimetoksiflavon dilakukan dengan piranti lunak Molecular Operating Environment for Windows. Konformasi optimum struktur polimetoksiflavon dihasilkan menggunakan metode semiempirik AMBER99. Kemudian dilakukan proses docking senyawa uji dengan bindingsite CYP1A2 (PDB ID:2HI4) menggunakan piranti lunak Molecular Operating Environment for Windows dalam kondisi tanpa air. Hasil docking senyawa golongan polimetoksiflavon dibandingkan dengan native ligan pada target CYP1A2, menunjukkan interaksi polimetoksiflavon yang lebih kuat dibanding interaksi ligan pembanding á-naphtoflavon.  Kata kunci: Citrus reticulata, polimetoksiflavon, molecular docking, CYP1A2

Modeling of the Various Minima on the Potential Energy Surface of Bispidine Copper(II) Complexes: A Further Test for Ligand Field Molecular Mechanics

2008 ◽  
Vol 47 (20) ◽  
pp. 9518-9527 ◽  
Author(s):  
Alexander Bentz ◽  
Peter Comba ◽  
Robert J. Deeth ◽  
Marion Kerscher ◽  
Björn Seibold ◽  
...  
Keyword(s):  
Potential Energy ◽  
Potential Energy Surface ◽  
Molecular Mechanics ◽  
Energy Surface ◽  
Ligand Field
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document