scholarly journals Estimation of odds ratios of genetic variants for the secondary phenotypes associated with primary diseases

2011 ◽  
Vol 35 (3) ◽  
pp. 190-200 ◽  
Author(s):  
Jian Wang ◽  
Sanjay Shete
Keyword(s):  
Genetic Variants ◽  
Odds Ratios ◽  
Secondary Phenotypes

scholarly journals Association of UGT1A1*6,*28 or ABCC2 c.3972C>T genetic polymorphisms with irinotecan induced toxicity in Asian cancer patients: Meta-analysis

2021 ◽  
Author(s):  
Chalirmporn Atasilp ◽  
Mohitosh Biswas ◽  
Pimonpan Jinda ◽  
Nutthan Nuntharadthanaphong ◽  
Jiratha Rachanakul ◽  
...  
Keyword(s):  
Cancer Patients ◽  
Genetic Polymorphisms ◽  
Genetic Variants ◽  
Genetic Variant ◽  
Meta Analysis ◽  
Odds Ratios ◽  
P Values ◽  
Increased Risk

Abstract: Background: Effects of UGT1A1*6 and UGT1A1*28 genetic polymorphisms on irinotecan-induced severe toxicities in Asian cancer patients are inconclusive. Also, ABCC2 c.3972C>T may affect toxicity of irinotecan. It was aimed to assess the aggregated risk of neutropenia or diarrhea in Asian cancer patients taking irinotecan and inherited UGT1A1*6, UGT1A1*28 or ABCC2 c.3972C>T genetic variants. Methods: Literature was searched in PubMed for eligible studies. Odds ratios (ORs) were measured using RevMan software where P-values<0.05 were statistically significant. Results: Patients inherited both UGT1A1*6 and UGT1A1*28 genetic variants (heterozygous:UGT1A1*1/*6+*1/*28 and homozygous:UGT1A1*6/*6+*28/*28) were significantly associated with increased risk of neutropenia and diarrhea compared to patients with UGT1A1*1/*1 (Neutropenia: OR 2.89; 95% CI 1.97–4.23; P<0.00001; Diarrhea: OR 2.26; 95% CI 1.71–2.99; P<0.00001). Patients carried homozygous variants had much stronger effects in developing toxicities (Neutropenia: OR 6.23; 95% CI 3.11–12.47; P<0.00001; Diarrhea: OR 3.21; 95% CI 2.13–4.85; P<0.00001) than with heterozygous variants. However, patients carried ABCC2 c.3972C>T genetic variant were not significantly associated with neutropenia (OR 1.67; 95% CI 0.98–2.84; P=0.06) but reduced diarrhea significantly (OR 0.31; 95% CI 0.11–0.81; P=0.02). Conclusions: Both UGT1A1*6 and UGT1A1*28 genetic variants should screen in Asian cancer patients to reduce substantially irinotecan-induced severe toxicities.

scholarly journals Genotyping for NOD2 Genetic Variants and Crohn Disease: a Metaanalysis

2009 ◽  
Vol 55 (11) ◽  
pp. 1950-1957 ◽  
Author(s):  
Shiva Yazdanyar ◽  
Maren Weischer ◽  
Børge G Nordestgaard
Keyword(s):  
Risk Factors ◽  
Systematic Review ◽  
Crohn Disease ◽  
Genetic Variants ◽  
Web Of Science ◽  
Test Results ◽  
Inclusion Criteria ◽  
Odds Ratios ◽  
Compound Heterozygotes ◽  
Oligomerization Domain

Abstract Background: Arg702Trp, Gly908Arg, and Leu1007fsinsC variants of the NOD2 gene (nucleotide-binding oligomerization domain containing 2; alias, CARD15) influence the risk of Crohn disease. Methods: We conducted a systematic review to examine whether Arg702Trp, Gly908Arg, and Leu1007fsinsC are equally important risk factors for Crohn disease. In addition, we used studies for which combined information from all genotypes was available to compare risks in simple heterozygotes, compound heterozygotes, and homozygotes. PubMed, EMBASE, and Web of Science were searched. Seventy-five articles (18 727 cases and 17 102 controls) met the inclusion criteria and contributed data to the metaanalyses. Results: The odds ratios per allele for Crohn disease were 2.2 (95% CI, 2.0–2.5) for Arg702Trp, 2.6 (2.2–2.9) for Gly908Arg, and 3.8 (3.4–4.3) for Leu1007fsinsC (z-test results: Arg702Trp vs Gly908Arg, P = 0.03; Arg702Trp vs Leu1007fsinsC, P &lt; 0.001; Gly908Arg vs Leu1007fsinsC, P &lt; 0.001). When all 3 genotypes were combined, odds ratios for Crohn disease were 2.4 (95% CI, 2.0–2.8) for simple heterozygotes, 9.0 (6.0–13.5) for compound heterozygotes, and 6.7 (4.1–10.9) for homozygotes, compared with noncarriers (z-test results: simple heterozygotes vs compound heterozygotes, P &lt; 0.001; simple heterozygotes vs homozygotes, P &lt; 0.001; compound heterozygotes vs homozygotes, P = 0.18). Conclusions: The per-allele risk of Crohn disease was markedly higher for Leu1007fsinsC than for Arg702Trp and Gly908Arg. Combining all genotypes revealed the risks of Crohn disease for compound heterozygotes and homozygotes to be similar and markedly higher than for simple heterozygotes.

Genetic Variation: Impact on Folate (and Choline) Bioefficacy

2010 ◽  
Vol 80 (45) ◽  
pp. 319-329 ◽  
Author(s):  
Allyson A. West ◽  
Marie A. Caudill
Keyword(s):  
Carbon Metabolism ◽  
Genetic Variants ◽  
Plasma Homocysteine ◽  
Water Soluble ◽  
Gene Interactions ◽  
Dietary Folate ◽  
Methyl Donors ◽  
Common Genetic Variants ◽  
One Carbon Metabolism ◽  
The Impact

Folate and choline are water-soluble micronutrients that serve as methyl donors in the conversion of homocysteine to methionine. Inadequacy of these nutrients can disturb one-carbon metabolism as evidenced by alterations in circulating folate and/or plasma homocysteine. Among common genetic variants that reside in genes regulating folate absorptive and metabolic processes, homozygosity for the MTHFR 677C > T variant has consistently been shown to have robust effects on status markers. This paper will review the impact of genetic variants in folate-metabolizing genes on folate and choline bioefficacy. Nutrient-gene and gene-gene interactions will be considered along with the need to account for these genetic variants when updating dietary folate and choline recommendations.

Zusammenhang zwischen verschiedenen Glücksspielformen und glücksspielassoziierten Problemen

2012 ◽  
Vol 58 (5) ◽  
pp. 333-345 ◽  
Author(s):  
Wolfgang Haß ◽  
Boris Orth ◽  
Peter Lang
Keyword(s):  
Odds Ratios ◽  
South Oaks Gambling Screen

Fragestellung: Anhand der Daten aus drei in den Jahren 2007, 2009 und 2011 durchgeführten Repräsentativbefragungen zum Glücksspielverhalten der 16- bis 65-jährigen Bevölkerung in Deutschland werden Zusammenhänge zwischen der Nutzung einzelner Glücksspiele, der Glücksspielgesamtaktivität und dem Auftreten von glücksspielassoziierten Problemen untersucht. Methodik: Erhebung der Teilnahme an den verbreitetsten Glücksspielformen in Deutschland in den zurückliegenden 12 Monaten per Telefonbefragung (CATI), standardisierte Instrumente: South Oaks Gambling Screen (SOGS) zum Screening auf Glücksspielsucht, bi- und multivariate logistische Regressionsanalysen, abhängige Variable: Problemspielverhalten (problematische oder pathologische Ausprägung nach SOGS). Ergebnisse: Problemspieler geben im Vergleich zu problemfreien Glücksspielern bei den meisten Glücksspielen (außer Lotterien) erheblich häufiger an, diese in den zurückliegenden 12 Monaten gespielt zu haben. Zudem weisen sie eine höhere Glücksspielanzahl (GSA) auf, haben also mehr verschiedene Glücksspiele genutzt. Die höchsten Problemspieleranteile finden sich unter Befragten, die Casinospiele im Internet, das kleine Spiel in der Spielbank, Geldspielautomaten in Spielhallen, Gaststätten etc., Sportwetten privater Anbieter, das große Spiel oder Keno angegeben haben (Anteile in abnehmender Reihenfolge: 11,7 % bis 6,5 %). Entsprechend ergeben sich bei diesen Glücksspielen in bivariaten Regressionsanalysen in annähernd gleicher Reihenfolge auch die höchsten Risiken für Problemspielverhalten. Wird zusätzlich die GSA statistisch kontrolliert, reduzieren sich die Risiken zwar deutlich, bleiben aber bei den genannten Glücksspielen (Ausnahme: großes Spiel) signifikant. Auch bei simultaner Betrachtung aller Glücksspiele im multivariaten Modell, womit zusätzlich die individuelle Spieleauswahl berücksichtigt wird, ergeben sich die höchsten Risiken für Geldspielautomaten, gefolgt von Casinospielen im Internet (Odds Ratios 4,77 bzw. 3,75). Vergleichsweise niedrige Risiken finden sich dagegen, modellunabhängig, für die Lotterien. Schlussfolgerungen: Aufgrund des häufig multiplen Spielverhaltens von Problemspielern sollte bei der Analyse von Zusammenhängen zwischen dem Auftreten problematischen Spielverhaltens und der Nutzung einzelner Glücksspielformen die Glücksspielgesamtaktivität einbezogen werden. Regulierungs- und Präventionsmaßnahmen erscheinen den Analysen zufolge insbesondere in Hinsicht auf Geldspielautomaten und Casinospiele im Internet indiziert.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document