scholarly journals The arabidopsis information resource: Making and mining the “gold standard” annotated reference plant genome

genesis ◽  
2015 ◽  
Vol 53 (8) ◽  
pp. 474-485 ◽  
Author(s):  
Tanya Z. Berardini ◽  
Leonore Reiser ◽  
Donghui Li ◽  
Yarik Mezheritsky ◽  
Robert Muller ◽  
...  
Keyword(s):  
Gold Standard ◽  
Information Resource ◽  
Plant Genome ◽  
Arabidopsis Information Resource ◽  
Reference Plant

Using The Arabidopsis Information Resource (TAIR) to Find Information About Arabidopsis Genes

2010 ◽  
Vol 30 (1) ◽  
Author(s):  
Philippe Lamesch ◽  
Kate Dreher ◽  
David Swarbreck ◽  
Rajkumar Sasidharan ◽  
Leonore Reiser ◽  
...  
Keyword(s):  
Information Resource ◽  
Arabidopsis Information Resource

scholarly journals Sustainable funding for biocuration: The Arabidopsis Information Resource (TAIR) as a case study of a subscription-based funding model

Database ◽  
2016 ◽  
Vol 2016 ◽  
pp. baw018 ◽  
Author(s):  
Leonore Reiser ◽  
Tanya Z. Berardini ◽  
Donghui Li ◽  
Robert Muller ◽  
Emily M. Strait ◽  
...  
Keyword(s):  
Information Resource ◽  
Funding Model ◽  
Arabidopsis Information Resource

scholarly journals ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.)

2018 ◽  
Vol 5 (1) ◽  
pp. 98
Author(s):  
Devit Purwoko ◽  
Imam Civi Cartealy ◽  
Teuku Tajuddin ◽  
Diny Dinarti ◽  
Sudarsono Sudarsono
Keyword(s):  
Sequence Analysis ◽  
Genome Sequence ◽  
Glutamate Decarboxylase ◽  
Information Resource ◽  
Sequencing Analysis ◽  
Serine Threonine Kinase ◽  
Putative Gene ◽  
Threonine Kinase ◽  
Arabidopsis Information Resource ◽  
Metroxylon Sagu

WEB-based bioinformatic analysis on partial genome sequence of Sago (Metroxylon sagu Rottb.)ABSTRACTSago genome sequencing analysis is still very limited. This study is a preliminary study of sago sequence analysis obtained from NGS technology to understand and identify new genetic sequences that have homology to genes in the NCBI database. Sequences were analyzed using Blast2Go to determine the genetic function annotation, putative gene identification was performed on the Arabidopsis database using the BLASTx program with a 10-3 e-value limit on The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (http://www.arabidopsis.org/index.jsp). Gene interactions were analyzed using DAVID and GeneMania programs. Based on sequence analysis with Blast2Go, 33 sequences with Blastx hit consisting of: 29 sequences had a high homology. The sago sequences with a similarity of ≥ 90% are glutamate decarboxylase and HT1-like serine threonine kinase with hit number 10. The distribution of interactions between genes from GeneMania analysis is known to be mostly interconnected in the 65.13% protein domain, predicted 19.83%, genes with 14.47% shared expression and the remaining 0.57% had localization together.Keywords: bioinformatics, gene annotation, gene ontology, genome sequence, Metroxylon sagu ABSTRAKKajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama. Kata Kunci: anotasi gen, bioinformatika, Metroxylon sagu, ontologi gen, sekuen genome 

scholarly journals The Arabidopsis Information Resource (TAIR): gene structure and function annotation

2007 ◽  
Vol 36 (Database) ◽  
pp. D1009-D1014 ◽  
Author(s):  
D. Swarbreck ◽  
C. Wilks ◽  
P. Lamesch ◽  
T. Z. Berardini ◽  
M. Garcia-Hernandez ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Structure ◽  
Structure And Function ◽  
Information Resource ◽  
Function Annotation ◽  
Arabidopsis Information Resource ◽  
And Function

scholarly journals Analisa “In Silico” Gen Kakao (Theobroma cacao L.) yang Terlibat dalam Sistem Ketahanan Terhadap Hama dan Penyakit

2016 ◽  
Vol 5 (2) ◽  
Author(s):  
Muhammad Budi Agung ◽  
I Made Budiarsa ◽  
I Nengah Suwastika
Keyword(s):  
Arabidopsis Thaliana ◽  
Oryza Sativa ◽  
In Silico ◽  
Theobroma Cacao ◽  
Information Resource ◽  
Genome Database ◽  
Arabidopsis Information Resource ◽  
Theobroma Cacao L

Biji kakao adalah salah satu komoditas utama di dunia yang hingga saat ini masih memiliki masalah penurunan produksi yang mayoritas disebabkan oleh serangan hama dan penyakit. Mengembangkan kultivar kakao yang secara genetik tahan terhadap serangan hama dan penyakit adalah salah satu solusi yang ideal dalam mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui gen-gen Theobroma cacao pada database genom kakao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan terhadap hama dan penyakit pada tumbuhan lain melalui analisis in silico. Survei informasi dasar dan identifikasi gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan model Arabidopsis thaliana dan Oryza sativa dilakukan pada GenBank dan The Arabidopsis Information Resource. Analisa in silico yang dilakukan berupa BLAST urutan protein, uji homologi protein kandidat masing-masing gen, dan identifikasi gen homolog pada Cacao Genome Database menggunakan sumber data genom “Theobroma cacao cv. Matina 1-6 v1.1”. Berdasarkan hasil identifikasi, gen Thecc1EG006332t1 (PR-1), Thecc1EG024509t1 (PR-2), Thecc1EG024514t1 (PR-2), Thecc1EG026942t1 (CTL1), Thecc1EG021326t1 (CTL1), dan Thecc1EG033984t1 (PR-5) pada Cacao Genome Database (CGD) adalah gen Theobroma cacao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan terhadap hama dan penyakit, serta kemungkinan besar memiliki fungsi yang sama dengan gen homolognya masing-masing.

scholarly journals The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools

2011 ◽  
Vol 40 (D1) ◽  
pp. D1202-D1210 ◽  
Author(s):  
Philippe Lamesch ◽  
Tanya Z. Berardini ◽  
Donghui Li ◽  
David Swarbreck ◽  
Christopher Wilks ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Annotation ◽  
Information Resource ◽  
Arabidopsis Information Resource
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document